我的掙扎 與 TBtools 的開發(fā)
到底還是寫了一篇推文，卻著實(shí)想不到一個合適的題目?？赡苓@是我寫過最長的一篇推文，約莫萬字。這篇推文的主要內(nèi)容應(yīng)該包括：
TBtools 開發(fā)為了什么？
TBtools 是怎么開發(fā)出來的？
TBtools 版本迭代歷史？
JIGplot <- JJplot2 <- JJplot 的迭代過程？
我是如何接觸生信的？
本碩博均是園藝果樹專業(yè)，如何一步一步自學(xué)并入門生信。
一份生信編程入門書籍清單 和 社群與論壇推薦。
一些不堪回首的往事。
感謝陪伴我和幫助過我的人。
PS：推文在 TBtools 文稿 Online 前后，已經(jīng)基本成型。原定在期刊官方公號推文后再行推出，但一周以來，身邊和用戶朋友一再催促。也罷，推文也是我碩博生活至今小結(jié)，就此推出，用互聯(lián)網(wǎng)幫我記住這些經(jīng)歷。
寫在前面
2020年06月22日，TBtools 終于還是發(fā)表在正式期刊（Molecular Plant）上。
這不僅僅是我一個人的開心，而是一小群人的快樂。這群人，或者對 TBtools 的開發(fā)極度支持，或者看著 TBtools 一步一步，一步又一步成長成現(xiàn)在模樣。五年有余，說長不長，可以覆蓋了一部分用戶的碩士博士階段。說短，其實(shí)也不短。軟件開發(fā)不同于濕實(shí)驗(yàn)開展，前者周期往往足夠短，甚至兩三個月可以完成和測試。文稿的撰寫到發(fā)表，從某個角度來說，是在用戶朋友和生信小圈子一些朋友的催促下完成?？偟膩碚f，這應(yīng)也算一個工作的階段性成果，所以值得記錄一下。華南農(nóng)大園藝學(xué)院果樹系，本科 --> 碩士 --> 博士，Emmm，是我常常不務(wù)正業(yè)的十年。而我折騰的與生信擦邊的各項(xiàng)，正好也是TBtools 的開發(fā)過程。以下，用相對碎片化的方式，整理一下這些那些我還記得的片段。
遇到了第一個生信坑
2014年前后，在碩士導(dǎo)師何業(yè)華教授的建議下，我們做了一個轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目。那個項(xiàng)目算是學(xué)院里面較早開展。導(dǎo)致這一項(xiàng)目數(shù)據(jù)沒有及時撰寫并發(fā)表成文的原因有很多。其中一點(diǎn)或許是，我從結(jié)題報告中看到，植物的測序數(shù)據(jù)卻可能含有真菌或其他微生物序列污染。那會年輕，過不了這道坎。于是還是決心，自己從原始數(shù)據(jù)開始，折騰這套污染了的數(shù)據(jù)?；蛟S也是這個原因，接觸生信至今，我始終保持警惕，確保避開可能的坑。
Emmm... 年代久遠(yuǎn)這套數(shù)據(jù)，后來就打水漂了。想想還是有點(diǎn)對不起碩導(dǎo)。不過一起簽合同的其他項(xiàng)目，最后還是整理了并發(fā)了一個 PLOS One，似乎也還好。
我覺得我這些圖表，其實(shí)還做得不錯。這已經(jīng)是2016年的事情了。
合伙買了二手服務(wù)器
折騰數(shù)據(jù)，必然是需要計算資源。正好那會浩哥（即 TBtools 論文二作）也計劃開始搞分析，于是我們二人合伙從淘寶搞了一個二手服務(wù)器。如果我沒記錯，加上我們自己買的民用硬盤和其他，大概也就五六千。配置是相對奇葩的狀態(tài)，似乎是1T還是3T，內(nèi)存排滿72G，線程16個。那會這個配置其實(shí)可以滿足轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的需求了，所以我們用得還是開心。
服務(wù)器的費(fèi)用是兩人各出一半，即每人3k左右。那會園藝學(xué)院碩士補(bǔ)助，多半是100~200。所以，或許很多人不知道 ，我出的這一半其實(shí)是我碩士三年的補(bǔ)助，或者說飯錢（估計浩哥也不知道 ）。以至于，后來有那么大半個月，我其實(shí)是靠著我女朋友的飯卡吃飯的（沒有更好的方式）。
學(xué)習(xí)了 Perl 語言
解讀公司的結(jié)題報告，是一件麻煩的事情。2014年那會，其實(shí)做科研服務(wù)的公司很多，但都不太成熟 。公司返回的結(jié)果，往往是一些大文件或者大表格。整理起來比較麻煩。于是，多少學(xué)習(xí)編程語言成為必須。那會沒有太多糾結(jié)，在浩哥的推薦下，我學(xué)起了perl。如果我沒有記錯，有那么一段時間，可能是個把月，我就只呆在宿舍，常常門也不出，等著其他人給我?guī)э?。我只是刷編程書（其?shí)后來我還看了不少perl相關(guān)電子書，不過大駱駝我是買的紙質(zhì)書），試試運(yùn)行代碼，反反復(fù)復(fù)。用perl寫了不少腳本，做了不少有趣的事情。我甚至只用 perl CGI 架了一個小網(wǎng)站，提供序列批量獲取和BLAST的功能（命名為xxxblast，對標(biāo) wwwblast；我沒有用框架，因?yàn)榇_實(shí)也不夠機(jī)智）。
我印象深刻的，或許還是寫出來的第一個我自認(rèn)為有用的腳本。那個腳本的功能非常簡單，批量提取Fasta序列。說起來還是有點(diǎn)搞笑（公眾號也曾提及），那天晚上我寫到凌晨三點(diǎn)，終于認(rèn)為腳本穩(wěn)定且正確，具體邏輯是：
用一個腳本把原始的Fasta序列整理成一行ID一行序列的格式
使用另一個腳本讀取一個ID列表，然后遍歷1. 中格式化好的序列，匹配的輸出
這個功能的低能實(shí)現(xiàn)，讓我興奮了好一會。
現(xiàn)在想想還是有趣，因?yàn)?Perl腳 本我早已不寫，而 Perl 只活在我的命令行里面。批量提起Fasta序列？我早已能夠隨手寫一行 perl 命令搞定。不僅僅是批量提取序列，甚至包括更為復(fù)雜的分析。
Emmm，回想起來，我甚至已經(jīng)忘了，到底那本 Perl入門經(jīng)典小駱駝，是浩哥的，還是我的。多半應(yīng)是他的，而我忘了也沒打算還他了。
學(xué)習(xí) Linux
那是一個寒假，我第一次沒有回家里過年。借了浩哥的一本《鳥哥的Linux私房菜》，硬是啃了一個星期（還是兩個星期?）?？型昃驼垓v服務(wù)器，邊折騰邊重新啃，來來回回，應(yīng)是翻了不下三遍，書中也被我用鉛筆寫滿的標(biāo)注。也因此，我自認(rèn)為現(xiàn)在的 Linux 基礎(chǔ)起碼比不少自稱搞生信的要扎實(shí)一點(diǎn)。
當(dāng)然，這還得益于另外一些 Linux 操作相關(guān)書籍的閱讀。Linux的學(xué)習(xí)，似乎主要還是對文件系統(tǒng)的了解。其次才是一些shell下的 工具或命令。由于我先學(xué)了 perl，所以更多工作我會寫 perl 單行來完成，而不會用 awk 或者 sed 等。說得自大一點(diǎn)，我認(rèn)識的人里面，沒有一個 perl 單行寫得比我更好。一是我寫得早，二是我寫得久，三是我天天寫。
學(xué)習(xí) R 語言
Perl 學(xué)了，Linux 也基本掌握了，那么生信數(shù)據(jù)分析的文本處理，已經(jīng)基本得到解決?？梢暬蔀楫?dāng)務(wù)之急。事實(shí)上，那會我和小庭子有大體的分工，我搞Perl，他學(xué)R語言，后面合伙就可以更快地做點(diǎn)事情。當(dāng)然，后來各自課題和生活上事情較多，我還是自己學(xué)了一下。提起R語言入門，我從來推薦《R語言初學(xué)者指南》。
Emmm，那么到底這本書是我的還是浩哥的，我還是忘記了。不過，可以認(rèn)為這本書確實(shí)是簡單?？赐炅?，再看看 《ggplot2:數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》，那么似乎真的沒什么統(tǒng)計圖表是不能在短時間內(nèi)完成的。后來我發(fā)現(xiàn)，R語言真正方便的應(yīng)該是統(tǒng)計，而可視化是附加的事情。只能說生態(tài)賦予了R在統(tǒng)計可視化上的完美優(yōu)勢。
開發(fā)了密碼子偏好性分析流程 R2CUB
很少人知道我做過密碼子偏好性分析。因?yàn)槲业恼n題中并沒有這一部分，而那會只是一時興起。應(yīng)是研二研三了，我估摸著花了個把星期的時間，開發(fā)了一個流程。這個流程在數(shù)據(jù)分析上是純粹的 Perl 語言 naive 實(shí)現(xiàn)，所以并沒有任何其他依賴，只需要電腦上安裝基礎(chǔ)版本的 Perl 語言解釋器即可。文檔，手冊等等，我也整理完善，甚至喊了其他朋友測試魯棒性。
是的，這是那會我把文章都寫了，最后似乎沒有投稿。DIAMOND，那會才剛剛出來，網(wǎng)絡(luò)上沒看到多少應(yīng)用（如果說看到廣泛使用的，那至少也一年后了）?？赡芤彩俏矣玫迷?，所以對他當(dāng)時版本的局限有一定的了解。后面我再也沒有關(guān)注，主要還是用回 BLAST。分析結(jié)果出來的，RSCU 和 ENI 等數(shù)值計算出來了，那么可視化就用 R 腳本。
可以看到具體到科屬還是分得比較好的，單純只用RSCU做了一個聚類。其實(shí)這個流程還是不錯的。我曾經(jīng)在園藝學(xué)院生物技術(shù)所（現(xiàn)在似乎已經(jīng)改成其他名字了）組會上，開始分享進(jìn)展時，回車一鍵化流程，分享結(jié)束了，也就可以看結(jié)果（其實(shí)跑起來一個物種也就幾分鐘）。當(dāng)然，最后我并沒有從中看出有用的生物學(xué)意義 ，所以流程和文稿都打入冷宮，不再啟用。鼓搗了這個流程，我便意識到一個問題，即常規(guī)流程，命令行運(yùn)行，實(shí)在太麻煩。
學(xué)習(xí)界面化軟件開發(fā)
這里涉及到一個點(diǎn)，為什么我一定要搞界面化軟件。前述已經(jīng)提及，碩士生活補(bǔ)助全部投到了服務(wù)器（換句話說，其實(shí)已經(jīng)不夠錢吃飯），所以在一段時間內(nèi)，我做過一些現(xiàn)在看起來有點(diǎn)坑的業(yè)務(wù)，比如代寫 Perl/R 腳本，五塊或者十塊錢一個，接了不少。而后來，接轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析業(yè)務(wù)，才發(fā)現(xiàn)其實(shí)搞分析原來沒那么廉價。當(dāng)然，做這些事情，是其他更為艱難的生存無奈所迫，具體便不做開展?；氐街黝}，了解我的人，知道我做買賣有兩個原則：
只賣我覺得好的東西
只賣給有需要的人
既然接了一些分析業(yè)務(wù)，常常就會遇到客戶問題（當(dāng)然，自己分析結(jié)果自己課題組使用起來，也一樣）。其中最經(jīng)典的就是Fasta序列提取?，F(xiàn)在回想起來，我仍然想不明白，那會做生信擦邊課題的人真的很多，而搞科研服務(wù)的公司也有不少，為什么就沒有人做一個界面友好，功能實(shí)用的小軟件。僅僅是從轉(zhuǎn)錄組組裝結(jié)果中批量提取Fasta序列（如某幾個差異表達(dá)基因的序列），就必須要求客戶安裝 Perl 解釋器，然后用 perl 腳本....
于是，我還是決定下來寫界面化工具。我沒有記錯的話，那會我買了一本Java 入門書籍和一本 C++ 入門經(jīng)典教材。
翻了一天多Java，用notepad++，寫了簡單的界面化軟件，大體是一個sci-hub鏈接自動獲取的功能（Emmm，是的，沒有用IDE，這主要是我之前寫perl的習(xí)慣沒有調(diào)整過來；sci-hub在國內(nèi)似乎才剛剛興起，并不像現(xiàn)在這樣到處是文獻(xiàn)獲取神器）。
總體上，感覺寫Java代碼的效率明顯不如perl。于是，我又翻了兩天C++。
寫了幾個命令行小工具，卻沒有搞明白如何更好地打界面，尤其是打造跨平臺的界面化軟件（注意，我們永遠(yuǎn)無法確定用戶到底是Windows，MacOS，還是Linux）。在這樣的背景下，我又重新轉(zhuǎn)向Java，然后寫了一個簡單的序列提取工具，隨后釋放到網(wǎng)絡(luò)上。
那會可以釋放的地方極少，大體上就是：
bioinformatics*中國 QQ交流群
PLOB
沒有了。整體上，其實(shí)還得到不少有趣的評價。
界面非常簡單，Jar包是22Kb。不小也不大。
開發(fā)一點(diǎn)相對有用的工具
掌握了基本的界面化軟件開發(fā)，我想到的第一件事就是如何更好地分發(fā)已有的教程或者簡便操作。在這段時間，我操作系統(tǒng)轉(zhuǎn)向ubuntu（Linux的一個發(fā)行版，這似乎是我第一次嘗試在工作中不使用windows）。用Java寫了一個感覺比較有趣的東西，大體就是可以方便地將任何命令行轉(zhuǎn)換成界面工具。比如，只要編寫一個配置文件，那么就可以把 BLAST 命令轉(zhuǎn)換成界面化工具
自動轉(zhuǎn)換界面
事實(shí)上，這個小工具可以認(rèn)為是簡單的插件化軟件開發(fā)，或者是一個通用的界面化工具，比如我們只需要編寫簡單的配置文件，就可以把perl單行，一些命令行調(diào)用的工具，或者是 perl 和 R 畫圖腳本轉(zhuǎn)換成界面工具。
是的，我甚至還在一個服務(wù)器上部署了插件中心....
圖中一語成讖，后來，我碩士確實(shí)延期了一年，現(xiàn)在博士也延期了【微笑臉】^_^。
后來，就沒有后來了。EasyGUI 的這個工具無法很好地自動布局界面。另外實(shí)用性其實(shí)不太高，畢竟他只是一個純粹的自動界面化接口。
在這之前，有傳言 blast2go（一個強(qiáng)大且通用的GO注釋軟件）要開始收費(fèi)，或者說不再提供免費(fèi)版本。我大體看了下 blast2go 的文章以及他所使用的數(shù)據(jù)庫，基本了解了主要邏輯后，自己寫了一個 perl 版本的 idmapping，功能即將NR等蛋白序列庫注釋轉(zhuǎn)換為GO注釋。事實(shí)上，用起來還是不錯。看著bioinformatics*群不時討論到GO注釋相關(guān)問題，一時興起，我又寫了一個 Java 界面化工具，并直接命名為 blast3go。
這個工具，還是比較有趣，GO注釋邏輯是自己實(shí)現(xiàn)。而富集分析以及可視化，使用的是 R 語言包，包括 GOstats 和 topGO （那會我還沒認(rèn)識大濕兄，也不知道 ClusterProfiler）。效果圖如下，
是的，打包的就是我自己寫好的腳本....我嘗試了幾乎所有可用的 java 和 R 語言交互接口，最后發(fā)現(xiàn)效果都不如直接調(diào)用 Rscript。這段經(jīng)歷，事實(shí)上也讓我徹底對打包 R 甚至使用 R 語言失去偏好。
認(rèn)識大佬，初識生信
上述，我提及數(shù)次，bioinformatics*中國 這一 QQ 社群。在那里，我認(rèn)識了一群人，真正意識到生物信息其實(shí)不是我認(rèn)知的樣子。他們之中，有專門做算法開發(fā)的，軟件設(shè)計的，流程部署的，科研應(yīng)用的。這些人，改變了我對生信的認(rèn)知，甚至是讓我真正明白，什么是生信入門。由于我個人相對積極地參與群里的交流討論，后來做了群管，并擔(dān)任了一屆群主（后來由于 TBtools 社群管理需要，屆滿我就退群了）。期間，我們在群里舉辦了兩三年每周 seminar，一次20期（可惜那會沒有做充分的錄屏）。四五年前的事情，我自認(rèn)為那至少是國內(nèi)最早開展的生信交流網(wǎng)絡(luò)直播。后面過了一些時日，才看到各類公司或者社群搞起類似的事情?？偟膩碚f，我從其中學(xué)習(xí)了很多?？上У氖牵@個社群那會早已滿2000人，所以對入群感興趣的，可能早就沒有機(jī)會（因?yàn)椋易约阂不夭蝗チ耍?。由于我們只想做精不想做大，所以清理人出群是我們的日常工作。這一習(xí)慣，現(xiàn)在沿襲到所有 TBtools使用交流群。
值得提的是，在這期間，我有幸在 Zinky (趙齊，現(xiàn)任職于中腫)的帶領(lǐng)下，蹭了中山大學(xué)任間教授課題組的兩三次組會。我也因此明白，其實(shí)生信軟件開發(fā)，有非常多值得做的事情，而 Java 這門語言，似乎存在很大希望（雖然，五年后的今天，傳言他們已經(jīng)幾乎不再使用 Java 做界面化軟件開發(fā)了，可能 python+Qt？或者專注網(wǎng)頁工具）。
偶然合作，共同開發(fā) EasyCodeML
如果讓我一定要推薦質(zhì)量高的生信交流QQ社群的話，那么有且只有兩個:
bioinformatics*中國
生物軟件交流群
后者應(yīng)是福建農(nóng)林大學(xué)高芳鑾老師（Raindy）組建并后續(xù)由幾位大佬一起維護(hù)的QQ群。前者重點(diǎn)在大數(shù)據(jù)，后者重點(diǎn)在群體演化以及傳統(tǒng)的生信數(shù)據(jù)分析。在一次偶然的討論中，Raindy 提到正選擇位點(diǎn)分析，是常見分析，但很多做進(jìn)化分析的朋友，卻常常搞不清楚如何操作，單純正確的分析邏輯，可能需要數(shù)周甚至上月入門。降低門檻，讓這類分析不再困難，于是他提出了 CodeML 分析的界面化可能。那會我正好沒有手上沒有更多值得開發(fā)的項(xiàng)目，也就一拍即合。當(dāng)然，后來的事情就顯得復(fù)雜。因?yàn)槲也]有進(jìn)化分析的背景，所以我們經(jīng)過了艱難的溝通，才勉強(qiáng)完成了第一個使用版本(圖示為最終版本，圖片來源：http://wap.sciencenet.cn/blog-460481-1163040.html?mobile=1)。
關(guān)于 EasyCodeML 的開發(fā)，我其實(shí)測試了不少方法。單純在進(jìn)化樹可視化以及分支選擇上，我直接使用了 JavaScript 的 D3.js 庫，從零畫樹，并實(shí)現(xiàn)瀏覽器的交互。第一版 EasyCodeML，其實(shí)是 Java 同時打包一個 Chrome 的瀏覽器驅(qū)動，用戶進(jìn)行分支選取，其實(shí)是調(diào)用本地 Chrome，在網(wǎng)頁瀏覽器搞定。隨后才跳轉(zhuǎn)回 Java 界面?？梢宰⒁獾剑?/p>
從交互的角度，R 語言出圖自然是不行的，那也沒什么合適的 R 語言進(jìn)化樹可視化包
從便利的角度來談，調(diào)用本地網(wǎng)頁瀏覽器，讓人很難受 。
當(dāng)然，這是最早期的版本....早已廢棄。我們合作的最新版本，在2018年已經(jīng)發(fā)表。這也是我第一篇共一以及共通訊的生信軟件類文章。
著手開發(fā)自己的繪圖引擎
在幾乎相同的時間上，由于課題的需要，我也受夠了 blast3go 的不實(shí)用性。開始了 BioCJava 項(xiàng)目，主要實(shí)現(xiàn)了序列批量提取和GO注釋，以及GO富集分析的功能（這個時候 ，富集分析已經(jīng)是我自己純粹的Java實(shí)現(xiàn)，所以跟 R語言不再有交集）。
一方面EasyCodeML的進(jìn)化樹分支選取上需要更好地實(shí)現(xiàn)，另一方面 BioCJava 項(xiàng)目只能做純粹的文本處理，實(shí)用性不高。似乎還是一個寒假，甚至又是過年在家的時候 ，我讀了《The Grammer of Graphics》這本書，重新理解了圖層語法。
那時的我，覺得圖層語法實(shí)在太流弊。Java也應(yīng)該有一個。于是我自己著手寫了 JJplot （參考R語言ggplot2的名字）。如果我沒記錯話，我為此還畫了一些UML，畢竟實(shí)現(xiàn)還是沒那么簡單。說是圖層語法，其實(shí)實(shí)現(xiàn)下來還是naive。不過足夠我用于完成 EasyCodeML 的進(jìn)化樹分支可視化選取 以及 GO Level 2 注釋可視化。
TBtools 開發(fā)伊始
所有的無奈，全部的認(rèn)知，讓我在 TBtools 的實(shí)現(xiàn)，有更細(xì)致的思考。參考前述，一開始 TBtools 的名字是 BioCJava。但兩三次被認(rèn)為是 biojava 的界面打包后（不能怪別人看不到 CJ 二字，但實(shí)在不爽）我臨時決定修改程序名字為 TBtools，意指 Tools for Biologists。后來在大群釋放后 ，被傳布成了 Tao Bao tools，意思是?淘寶工具。嗯，多少可以蹭點(diǎn)淘寶熱度，其實(shí)也不錯。誤打誤撞，我也沒有再修改他的名字。
這是一個相對早期版本的 BioCJava，時間是 2015年08月31日（項(xiàng)目開始的一個月后）
注意到，這個時候 TBtools 的 Logo 已經(jīng)存在。這個 Logo 還是有點(diǎn)故事，主要貢獻(xiàn)的人是前述提到的女朋友，即借我飯卡，我白吃白喝了個把月的那個。也可以看到，BioCJava 只有三個基本功能，誰也不會想到，五年后的幾天，TBtools 界面上就是 140+ 個功能（更不提背后的 360+ 個命令行功能）。那會用戶其實(shí)非常少，應(yīng)不到10個人，主要還是找我?guī)兔Ψ治鰯?shù)據(jù)的老師或者課題組同學(xué)。
TBtools 開發(fā)第一年
在這個時間點(diǎn)上，我仍然還在大群（即 bioinformatics*中國）活躍。所以 TBtools 主要推廣還是在大群。基于群里的交流討論，我也不斷改進(jìn)和開發(fā) TBtools。
這已經(jīng)是開發(fā)約莫一年后的樣子。主要只是拓展了GO注釋，富集分析，以及GO層級統(tǒng)計的功能。為什么一年時間才寫這些功能？因?yàn)槲乙灿猩飳W(xué)實(shí)驗(yàn)和其他課題要開展，TBtools 的開發(fā)從始至終，可以說是一個上班摸魚或業(yè)余消磨時間的方式 。當(dāng)然，這一年的跨度，可能還是在 JJplot 的開發(fā)上。
TBtools 開發(fā)第二年
這一年，我碩士延期了。不過這個延期是我自己要求的。因?yàn)槲覄倓偨鉀Q了一些不得不解決的現(xiàn)實(shí)問題，可以開始更有尊嚴(yán)的活著。于是，我那會打算是爭取出國（當(dāng)然，最后沒有出去有另外的原因，包括身體，家庭，去向以及offer來得太晚）。無論如何，這一年卻也是 TBtools 成長飛快的一年。我暑期在家，想明白了一點(diǎn)事情，于是將 JJplot 全盤推倒，重新寫了一個更具圖層語法意義，支持全圖縮放和交互的 JJplot2。于是才會有系列其它可視化內(nèi)容，包括韋恩圖以及共線性可視化等。
值得一提的是，Omicshare.com 論壇開設(shè)不久，我也就跑到論壇上做了一些宣傳，最后還當(dāng)了一個版塊的版主（當(dāng)然，現(xiàn)在還是）?，F(xiàn)在，我沒有繼續(xù)主動在上面推廣 TBtools，原因主要是論壇重點(diǎn)在于生信討論，不太適合過多推廣TBtools。無論如何，我覺得 Omicshare 論壇，仍然是我極力推薦的生信論壇（可能得到充分的公司資金支持，所以可以較好地運(yùn)轉(zhuǎn)）。感興趣的可以點(diǎn)擊這個鏈接?http://www.omicshare.com/user/register.php?uhash=1659401951，跳轉(zhuǎn)并注冊賬號。
對應(yīng)的也有一些云平臺免費(fèi)或者收費(fèi)的小工具可以使用。
在論壇上，仍然可以搜索到一些非常早期的 TBtools 教程。當(dāng)然，更多的，大家或許可以討論一些生信相關(guān)話題。不時看到一些我感興趣的話題，我仍然有在回復(fù)。
在此期間，我也發(fā)現(xiàn)論壇并不太適合我個人與 TBtools 用戶的溝通與交流，主要在于時效性。此外，QQ群里，用戶也可以相互討論交流。于是，我建立了第一個 TBtools 使用交流群。
在兩三年后，大體是這樣（注意到，保持每天請出QQ群的習(xí)慣）；而現(xiàn)在，8群也滿...
JIGplot 的到來
轉(zhuǎn)眼就是2017年，我注冊了并開始運(yùn)營《生信札記》微信公眾號（當(dāng)然用心經(jīng)營是一年后）。在上面撰寫了一些生信學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)，而后來便主要用于分享TBtools 使用實(shí)例。TBtools 社群在接下來的一年間快速增長，很快便滿人。有了bioinformatics*中國的管理和發(fā)展經(jīng)驗(yàn)，我試圖嘗試另外的發(fā)展方式，即若有必要，就開設(shè)新群。但很快，兩個2000人群的名額已經(jīng)用完，大群任期也臨近。我便換屆卸任，將重心轉(zhuǎn)移到接下來的博士課題和TBtools社群管理上。
或許2017年的整整一年，是我相對輕松的一年，那邊碩士畢業(yè)沒有問題，這邊博士也定了去處。我重新思考了繪圖引擎的實(shí)現(xiàn)。值得提及，這段時間，大濕兄（Y蜀黍，現(xiàn)任職于南方醫(yī)科大，博導(dǎo)）在他的公號上不時更新了一些推送。我現(xiàn)在只有大體模糊的記憶，其中一句話，對我的觸動相對較多，總結(jié)一下，所有的計算機(jī)圖形可視化，都可用 點(diǎn) 決定。兩個點(diǎn)就是一條線，三個點(diǎn)就是一個圖形。這本身只是一個初中幾何知識，但我卻用了兩三年才想明白。于是，在接下來的半年到一年內(nèi)，我又一次完全推翻了 JJplot2 實(shí)現(xiàn)，開發(fā)了 JIGplot。
這一次，我不再執(zhí)著于圖層語法的實(shí)現(xiàn)，當(dāng)然思想上我依然有所參考。相應(yīng)實(shí)現(xiàn)的思考，在一個PPT（腳注未展示），我可能已經(jīng)打開，思考，調(diào)整，關(guān)閉了不下百次（Emmm，我不小心都快被自己感動哭了）。所有的思考和努力，熔鑄在 JIGplot。
從此，TBtools 的可視化相關(guān)功能得到絕對地拓展。
博士研究生階段
時間飛逝，碩士一年的延期結(jié)束，我也開始了博士研究生生活。在這一期間，碩士課題組做了一部分菠蘿基因家族分析的工作，同時博士課題組（我尚未畢業(yè)）也在做一些家族分析工作。我看著他們做一些結(jié)構(gòu)域預(yù)測可視化，MEME motif可視化，甚至于基因結(jié)構(gòu)可視化時，總是難受。因?yàn)樾收娴奶停赡芨阃炅艘獌扇?。既然有了JJplot2，我反手就是一個生物序列可視化功能，無論是結(jié)構(gòu)域，MEME還是基因結(jié)構(gòu)，直接繼承一個類，于是變成三個獨(dú)立可視化功能。Emmm，感覺這個功能一下子幫大家省了不少時間。
JJplot2 的實(shí)現(xiàn)，并不支持拼圖。而 JIGplot 天生就是圖層化。博士期間我進(jìn)一步開發(fā)的 MetaGeneStructurePlot，支持一鍵化，一張圖同時展示 ，進(jìn)化樹，MEME motif，基因結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)域，甚至其他。
當(dāng)然，可能也是這個功能的推廣，TBtools一度（或者甚至一直）被人認(rèn)為就是專門做基因家族分析的工具。對于這個，我也很無奈。
博士研究生這三四年，事情確實(shí)多了許多，課題也多了很多。TBtools 的開發(fā)主要是基于我個人或者課題組課題需要，所以功能也在不斷豐富。其中包括一些比較基因組相關(guān)工具。當(dāng)然，更多的其實(shí)并沒有開放出來，所以可能知道的人不是很多?？偟膩碚f，雖然這兩三年沒有非常明顯的階段性突破（如還再推翻繪圖引擎 JIGplot），但更多功能得到開發(fā)，優(yōu)化，增強(qiáng)和拓展。如果說我碩士階段對應(yīng)了 TBtools 的出生和兒童時期，那么博士階段對應(yīng)的則是 TBtools 長大成人，并辦了成人禮（TBtools文章終于有了歸宿）。
TBtools 功能現(xiàn)狀
TBtools 能夠有如此豐富的功能，有賴于我所在課題組（博士-夏瑞教授課題組和碩士-何業(yè)華教授課題組），TBtools 三十多位群管 以及 目前 2萬有余用戶的意見和建議。相關(guān)的推送已經(jīng)有很多，這里附上一張簡圖，
目前已開放的GUI功能140+，而這個數(shù)字，事實(shí)上還在增長。
TBtools 投稿經(jīng)歷
前述已基本理清 TBtools 項(xiàng)目開發(fā)始末?？梢哉f，TBtools 從一開始就是我個人課題或者分析需求導(dǎo)向開發(fā)；說得直白一點(diǎn)，那么是順手寫一寫。未曾想過他會走到今天，更沒想過將其撰寫成文并發(fā)表。
第一次撰寫成文，已經(jīng)是2018年年初（開發(fā)了約三年），在較多用戶的催促下，草草整理了一份 PDF 文檔。文檔相對粗糙，我花了兩三天就做完，就放到 bioRxiv，因?yàn)槠渌n題也在開展。
其中的圖表是這樣的
可以看到，基因結(jié)構(gòu)的圖片也只是朋友華南植物園王潔雨（演化生物學(xué)-公眾號那個老王）畫的，我截圖拿來用了。圖中還帶著水印。很明顯，那會的想法只是放上去，不要再被用戶懟說鏈接不好引用。
就這樣，過了半年，我們手上項(xiàng)目暫有停歇，另外多少我對論文發(fā)表有了新的認(rèn)知，應(yīng)是包括《園藝研究》主編程宗明老師的一次報告提及，既然工作做了，就還是要發(fā)表。我與夏老師商量后，決定還是花點(diǎn)時間，盡量投了。我們又花了幾天，寫了一篇感覺還不錯的短文，application Note，投到《Bioinformatics》。大體是這個狀態(tài)（這些可以在 bioRxiv查看到）
其實(shí)這張圖表也挺好看的。若是做一點(diǎn)生物信息的，多少還是有一種執(zhí)念，即發(fā)一篇《Bioinformatics》（ 二區(qū) ），那時我也有（此前，已有一區(qū)刊物的朋友邀請投稿，我們婉拒了）。沒有太多意外，Bioinformatics 編輯回信，大體是“我們稿件太多，懶得理你”。明顯只是客套話，但也沒辦法（后來Bioinformatics分?jǐn)?shù) IF 一跌再跌，也就再也沒想法更新并投過去了）。值得注意的是，投過去時，JIGplot已經(jīng)開發(fā)并放進(jìn)去了，我對 TBtools 的工作其實(shí)比較有信心，至少創(chuàng)新點(diǎn)是有的。但悲劇是沒辦法的。我與夏老師就這個事情討論過一次，大體原因是，文稿內(nèi)容和圖片確實(shí)無法反應(yīng)出 TBtools 的創(chuàng)新點(diǎn)和優(yōu)勢所在，換句話說，怪不了別人。此后不久，我們接到了另一個生信相關(guān)期刊（三區(qū)）邀請投稿，我們婉拒了；也接到國內(nèi)國外其他期刊約稿，我們還是婉拒了。期間，不少朋友給了這些那些的建議，可惜，那時的我確實(shí)不在狀態(tài)。
就這樣，又過了一年。2019年年末，我家中有事離開學(xué)校，于是有了一段相對長的空余時間可以做點(diǎn)事情。夏老師和我前前后后討論了數(shù)次，多半是“激烈討論”（其實(shí)這個對我們兩個是常態(tài)，但無論如何爭吵，在課題或者學(xué)術(shù)的角度上，目標(biāo)是一致的）。最終，我們努力打磨，加上一起參與到 TBtools 界面，文檔，文稿工作的老張（張翼），Margaret 和 Hanna，終于還是得到一個不錯結(jié)果，新的文稿基本可以展示 TBtools 的部分主要特性。
一共是三個圖，這也是某種意義上的 TBtools 文稿完全重寫的第三版。當(dāng)然，更為幸運(yùn)的是，分子植物期刊（Molecular Plant）的編委老師們愿意花時間了解 TBtools 相關(guān)工作，我們終于也得到了文稿送審的機(jī)會。在編輯和審稿人的建議下，我們再次完全重寫了TBtools文稿（這應(yīng)算作第四版），并補(bǔ)充了兩張圖。前前后后，我們幾個人花了挺多時間和精力。最新的這版文稿，展示了 TBtools 更多的特性。靜態(tài)圖片終歸是靜態(tài)圖片，無法完全展示，但我覺得這應(yīng)該已經(jīng)是極限。
經(jīng)過了大半年的努力，文稿被接收發(fā)表。對于這四個 TBtools 文稿版本，感興趣的可以直接在 bioRxiv 上下載并與 Mol Plant 期刊的文稿對比。
爭了一口氣
生活，或許如此。我們不需要過多理會別人的看法，而只堅(jiān)持做自己覺得值得的事情。TBtools 開發(fā)早期，遇到過不少質(zhì)疑，甚至是詆毀。甚至于一些人身攻擊。五六年前的事情，也不值得詳細(xì)提及。不過，看不上 TBtools 的，依然大有人在。這是一件理所當(dāng)然的事情。從 TBtools 表面上能做的事情來說，確實(shí)并沒有多少明顯的超越。因?yàn)槲乙恢笨粗氐氖?span style="box-sizing: border-box;font-weight: 600;">降低甚至抹除數(shù)據(jù)分析的門檻，節(jié)省生物科研工作者的時間。所以 TBtools 主要開發(fā)目標(biāo)一直是，將繁雜的分析過程簡約化，常用的分析自動化。TBtools 里面幾乎每一個功能都包含了我個人思考，即使是 BLAST 等界面化功能，我也專門做了序列類型的預(yù)判，從而節(jié)省了軟件參數(shù)設(shè)置的時間。相應(yīng)的優(yōu)化還有很多，但是這些并不能被評判者們所看到。
有時候想想，你的汗水，你的努力結(jié)果，都在大多數(shù)人看不到的地方，那么并不能怪別人看不上你。只能說，可能你做的東西，本身就不容易被認(rèn)可。當(dāng)然，我運(yùn)氣比較好，一是 TBtools 用戶朋友看得到，二是 博士導(dǎo)師和碩士導(dǎo)師的幫忙，三是 Molecular Plant 期刊的編委和審稿人愿意花時間了解 TBtools 的工作。三者結(jié)合，即天時地利人和，于是 TBtools 終于得以見刊。
當(dāng)我知道文稿被接受的時候，多少我是松了一口氣（甚至有早期用戶與我提及他都要哭了）?；蛟S這是因?yàn)?span style="box-sizing: border-box;font-weight: 600;">我們已經(jīng)自認(rèn)優(yōu)秀太久，終于還是爭了一口氣。我們打了那些看不上我們的人一記響亮的耳光，我們也不再需要承受無理的質(zhì)疑：都沒發(fā)文章，軟件能用嗎？預(yù)印本靠譜嗎，不敢引用云云....
感謝
TBtools 的開發(fā)，完善，到現(xiàn)在階段性的成果出來。事實(shí)上，需要感謝的人或者社群很多。以下我大體列舉出來，但依然會存在遺漏，請注意到的朋友提醒下我。順序按我腦海里浮現(xiàn)的順序排列，不對應(yīng)感謝的份量：
華南農(nóng)業(yè)大學(xué)何業(yè)華教授，2009年本科入學(xué)，當(dāng)年十月份，我便進(jìn)入他的課題組，組培，分子，大田都接觸了不少。碩士也順利推免，此間一些我個人無奈但也不可抗拒的事情發(fā)生。何老師給與了我充分的自由，讓我得以有足夠的時間鼓搗數(shù)據(jù)分析，并最終找到解決辦法。
湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳浩博士，跟著浩哥走，于是我有機(jī)會學(xué)習(xí)并了解生物信息數(shù)據(jù)分析。
貴州師范學(xué)院吳亞，前述提起多次的女朋友（現(xiàn)在是我的妻子），我們一起經(jīng)歷了生病卻不夠錢買藥的階段，一起租過半夜漏水的房子。每每想起，覺得委屈了她。她幫我設(shè)計了Logo，在早期界面設(shè)計和圖形配色上給與了不少建議（比如MEME motif 可視化的配色方案）。
bioinformatics*中國 QQ交流群的所有群管，如果沒有他們，或許我從未明白生信分析到底是啥。千言萬語，不如我們在群里開車的默契。此處不做展開。
中山大學(xué)的任間教授以及我齊哥（Zinky），他們讓我看到 Java 開發(fā)可視化工具的無限可能。或許沒有他們，那么我在 Java 學(xué)習(xí)上，可能一直無法入門。
南方醫(yī)科大學(xué)余光創(chuàng)教授（我大濕兄，你們Y蜀黍），他不停地在博客或者公眾號上分享的計算機(jī)繪圖邏輯，觸發(fā)了我的思考，從而才有 JIGplot 的充分實(shí)現(xiàn)。
華南農(nóng)業(yè)大學(xué)夏瑞教授，TBtools 的完善得益于博士課題以及課題組其他成員的需求，建議和意見。TBtools 文稿構(gòu)思，寫作，投稿甚至于最終發(fā)表，我們一起耗費(fèi)了大量時間和精力。前前后后 ，一個軟件，鼓搗了兩年文稿，全部推倒重寫了三版。同時還要感謝張翼，Margaret 和 Hanna 在其中的時間和精力付出。
TBtools 三十多位群管，當(dāng) TBtools 在交流群里，在其他社群里，在公眾號上被懟的時候，是他們一直鼓勵我，相信我，并支持我，于是我得以堅(jiān)持下去。
OmicShare論壇及其各個版主，雖然我退群有兩三年，不過OmicShare活躍的那段日子，同樣也是回憶，也是 TBtools 成長的一個階段。我仍然相信，OmicShare論壇可以也值得一直辦下去。必要的商業(yè)化，是保證公益可持續(xù)不可或缺的部分。
早期曾經(jīng)捐助過 TBtools 開發(fā)的用戶朋友，我印象中至少有三個人，現(xiàn)在應(yīng)該都在高校工作了吧，他們捐助了加和起來估計有 500 塊錢，那會正是我經(jīng)濟(jì)窘迫，而 TBtools 開發(fā)不被認(rèn)可，孤助無援的時候。他們讓我覺得這些工作，其實(shí)還是值得。我認(rèn)為，一定的物質(zhì)激勵，或許恰恰是成事的關(guān)鍵。這里還需要感謝南京大學(xué)的一個老師，我們來來回回聊了幾次，他似乎習(xí)慣把我拉黑，以至于我確實(shí)沒搞清楚，他到底是姓湯還是姓周？
SCAU生物信息交流群，這是我和浩哥一起組建的華南農(nóng)大生物信息交流群。其中成員仍然不多。浩哥和我開始做生信的時候，我們自認(rèn)為校內(nèi)并沒有做生信的老師。六年后的今天則有所不同。五年大招人和人才引進(jìn)，華南農(nóng)現(xiàn)在應(yīng)是有一些側(cè)重生信數(shù)據(jù)分析相關(guān)研究的課題組。當(dāng)然，這并不影響我們組建的這個社群存在的意義，雖然他一直沒有太多人。但， TBtools 的開發(fā)，尤其是菜單的重構(gòu)，我有印象是在群里討論中有了決定。
支持并幫助推廣 TBtools 的系列公眾號，這里不便一一列舉，但我認(rèn)為你們應(yīng)該知曉。
參與 TBtools使用 和 基因家族分析 講演的朋友們，你們的資助使得我有足夠的資金購置安裝器授權(quán)，使得所有用戶尤其是新手用戶，有更好的 TBtools 安裝和使用體驗(yàn)。
TBtools 的 2萬+ 用戶。TBtools 的開發(fā)和完善，得益于社群的使用意見和反饋。如果沒有用戶的意見或建議，TBtools 不可能有現(xiàn)在的狀態(tài)。
寫在最后
洋洋灑灑，不小心就碼了一個長文?；ヂ?lián)網(wǎng)，是有記憶的。多年以后，我回頭來看，這篇推文，或許會更為有趣。感謝冥冥中，你著實(shí)讓我相信，一切搞不死你的，會讓你變得更強(qiáng)。
最后，還是用我的 QQ 簽名作為結(jié)束語吧。
