1. Edman降解法：Edman降解是肽鏈或蛋白質(zhì)N端氨基酸序列分析技術(shù)之一。蛋白質(zhì)在弱堿性條件下與PITC反應(yīng)，然后用酸處理將肽鏈的氨基酸殘基以PTH-AA的形式釋放出來用于序列分析的過程。

優(yōu)點：1. 能夠確定確切的N端氨基酸；2 釋放的氨基酸用色譜法即可進(jìn)行鑒定和定量；3. 可測定混合物中蛋白質(zhì)的N端序列。

缺點：1. 不能測定n端被化學(xué)修飾的序列；2. 遇到非α氨基酸，測序?qū)⑼Ｖ梗?. 較大的蛋白質(zhì)不能用Edman降解法進(jìn)行測序；4. Edman降解法一般不能確定二硫鍵的位置。

2. 肽圖譜分析：肽圖譜分析是快速定位蛋白質(zhì)序列的一種有效方法，也是蛋白質(zhì)鑒定中的一種常用方法。該技術(shù)采用質(zhì)譜分析肽，將獲得的圖譜與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行搜庫分析，以獲得氨基酸序列信息。

優(yōu)點：1. 高特異酶消化產(chǎn)生的肽片段大小（m/z）從400到5000不等，對應(yīng) ?4-45個氨基酸殘基，具有足夠的特異性，與常用質(zhì)譜分析儀的掃描范圍一致；2. 結(jié)合特異性和非特異性蛋白酶，實現(xiàn)100%覆蓋任何蛋白質(zhì)or多肽。

缺點：1. 僅測定肽段的質(zhì)量，其它蛋白質(zhì)的污染可能會影響分析的準(zhǔn)確性；2. 只有數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)存在的蛋白質(zhì)能被鑒定。

3. 蛋白質(zhì)從頭測序：蛋白質(zhì)從頭測序是一種基于酶裂解肽的方法，肽在質(zhì)譜中表現(xiàn)出規(guī)則的斷裂，從規(guī)則質(zhì)譜峰的質(zhì)量差中獲取氨基酸信息。

優(yōu)點：1. 不需要參考數(shù)據(jù)庫，直接從實驗串聯(lián)質(zhì)譜圖譜推導(dǎo)全長或部分基于標(biāo)簽的肽序列；2. 可鑒定新的多肽、未測序的生物和抗體藥物。

缺點：1. 樣品污染、同位素峰干擾、肽段不完全解離導(dǎo)致的大部分圖譜中重要b-離子峰或y-離子峰丟失；2. n端和c端信息丟失以及各種噪聲干擾。都會導(dǎo)致從頭測序方法準(zhǔn)確性下降，難以獲得正確的肽序列信息。