N端是一個(gè)蛋白質(zhì)或多肽的起點(diǎn)。它影響蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞分布、降解和轉(zhuǎn)化率。因此，蛋白n端序列分析對(duì)于蛋白質(zhì)功能研究具有重要意義。此外，在藥物蛋白質(zhì)中經(jīng)常觀察到一些N端的變化，包括N端信號(hào)序列的不完全處理、焦谷氨酸鹽的形成、以及N端甲硫氨酸殘基的去除缺乏。因此，N端測(cè)序是一項(xiàng)重要的質(zhì)量控制分析。ICH Q6B也要求對(duì)藥物進(jìn)行N端序列確認(rèn)。

Edman降解法N端測(cè)序：Edman測(cè)序反應(yīng)是一個(gè)循環(huán)過(guò)程，N端氨基酸殘基被反復(fù)裂解，可使用色譜法對(duì)分離出的氨基酸進(jìn)行鑒定。因偶聯(lián)和裂解反應(yīng)的效率不是100%，限制了可測(cè)序的殘基數(shù)。

優(yōu)點(diǎn)：1. 可以準(zhǔn)確分析N端氨基酸序列，特別是能辨別異亮氨酸和亮氨酸、谷氨酰胺和賴氨酸；2.直接分析氨基酸信息，不需要任何蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)。因此，它可以識(shí)別未登記在數(shù)據(jù)庫(kù)中的未知蛋白質(zhì)；

缺點(diǎn)：1. N端已被化學(xué)修飾或封閉的肽不可用；2. 低通量分析。

關(guān)于樣品：蛋白質(zhì)可以以SDS或天然聚丙烯酰胺凝膠片的形式在溶液中，或印跡到PVDF膜上提交。

溶液中：樣品應(yīng)無(wú)干擾緩沖液、鹽和洗滌劑。如果干擾緩沖液、鹽不可避免，清理后仍有可能對(duì)材料進(jìn)行測(cè)序。應(yīng)避免緩沖液中的胺(如Tris、乙醇胺和甘氨酸)。

凝膠中：將感興趣的凝膠切片切下來(lái)，放入微量離心管中。蛋白質(zhì)可以從聚丙烯酰胺中洗脫下來(lái)。凝膠染色盡量使用考馬斯藍(lán)R-250或G-250代替銀染色劑。

PVDF膜上：將SDS-PAGE分離的蛋白質(zhì)印跡在PVDF膜上。蛋白質(zhì)可以用考馬斯藍(lán)R-250、酰胺黑、胭脂紅S或Sypro Ruby染色(不建議銀染)。