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R可視化——ggplot2包繪制火山圖

2022-08-12 09:14 作者:科研那點(diǎn)事兒  | 我要投稿

火山圖(Volcano plot是一種將統(tǒng)計(jì)測(cè)試中的統(tǒng)計(jì)顯著性量度(如p value)和變化幅度相結(jié)合,從而能夠幫助快速直觀地識(shí)別那些變化幅度較大且具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的數(shù)據(jù)點(diǎn)(基因等)的散點(diǎn)圖,因圖形與火山噴發(fā)相似而得名。

加載數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)主要由三行構(gòu)成——基因名稱列、Log2FoldChange(差異倍數(shù))、pvalue(p值)。

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基本火山圖繪制

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設(shè)置閾值并用不同顏色顯示

1、設(shè)置閾值

2、繪圖

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3、添加輔助線

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4、主題設(shè)置

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添加標(biāo)簽

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完整代碼及數(shù)據(jù)可在微信公眾號(hào)【科研后花園】后臺(tái)回復(fù)“火山圖”獲?。?/strong>

R可視化——ggplot2包繪制火山圖的評(píng)論 (共 條)

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