剛剛過(guò)去的2021年，帶給我們艱險(xiǎn)、挑戰(zhàn)和顛覆感，也賦予了我們勇氣、韌性和創(chuàng)新力。在這個(gè)不平凡的一年，博奧單細(xì)胞平臺(tái)始終堅(jiān)持以完善的服務(wù)助力科學(xué)研究，支持客戶發(fā)表了38篇單細(xì)胞高分文章，其中免疫方向12篇、腫瘤相關(guān)7篇、疾病相關(guān)8篇、發(fā)育方向11篇。

— 免疫篇?—

1.利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示皮膚自身免疫機(jī)制

Anatomically distinct fibroblast subsets determine skin autoimmune patterns

【發(fā)表期刊】Nature

【影響因子】49.962

【發(fā)表時(shí)間】2021.12

【發(fā)表單位】北京生命科學(xué)研究所/清華大學(xué)生物醫(yī)學(xué)交叉研究院，北京醫(yī)院

通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序?qū)遵帮L(fēng)致病機(jī)理的研究重點(diǎn)集中到成纖維細(xì)胞這一細(xì)胞類型上，結(jié)合大量體內(nèi)體外實(shí)驗(yàn)，首次詳細(xì)描述了成纖維細(xì)胞與 CD8+ T 細(xì)胞形成的互作系統(tǒng)在自身免疫病中的關(guān)鍵作用。值得關(guān)注的是，其他自身免疫疾病也具有部位偏好性和對(duì)稱性分布特征，而成纖維細(xì)胞又在人體組織器官中廣泛存在，那么其他組織器官的自身免疫疾病是否也受到這種成纖維細(xì)胞與 CD8+ T 細(xì)胞互相作用的調(diào)控呢？這還有待更多的深入研究和驗(yàn)證。總之，該研究為理解自身免疫疾病的機(jī)理提供了開(kāi)創(chuàng)性的新思路，對(duì)治療自身免疫疾病具有重要指導(dǎo)意義

2.SARS-CoV-2 可通過(guò)嗅覺(jué)途徑感染恒河猴的中樞神經(jīng)系統(tǒng)

The olfactory route is a potential way for SARS-CoV-2 to invade the central nervous system of rhesus monkeys

【發(fā)表期刊】Signal Transduction and Targeted Therapy

【影響因子】18.182

【發(fā)表時(shí)間】2021.04

【發(fā)表單位】中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院

通過(guò)建立的 COVID-19 非人類靈長(zhǎng)類（NHP）動(dòng)物模型探索 SARS-CoV-2 影響神經(jīng)系統(tǒng)的機(jī)制研究。研究發(fā)現(xiàn)在恒河猴中，SARS-CoV-2 主要通過(guò)嗅球侵入中樞神經(jīng)系統(tǒng)。此后病毒迅速傳播到中樞神經(jīng)系統(tǒng)的功能區(qū)，如海馬、丘腦和延髓。SARS-CoV-2 的感染可能通過(guò)靶向中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的神經(jīng)元、小膠質(zhì)細(xì)胞和星形膠質(zhì)細(xì)胞來(lái)誘導(dǎo)炎癥。體外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn) SARS-CoV-2 在體外感染神經(jīng)衍生的 SK-N-SH、神經(jīng)膠質(zhì)衍生的 U251 和腦微血管內(nèi)皮細(xì)胞。本研究為 SARS-CoV-2 的 CNS 相關(guān)發(fā)病機(jī)制提供了重要的見(jiàn)解。

3.阿茲夫定是一種胸腺歸巢的抗新冠病毒藥物

Azvudine is athymus-homing anti-SARS-CoV-2 drug effective in treating COVID-19 patients

【發(fā)表期刊】Signal Transduction and Targeted Therapy

【影響因子】18.187

【發(fā)表時(shí)間】2021.12

【發(fā)表單位】中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所/北京協(xié)和醫(yī)院、河南師范大學(xué)、武漢大學(xué)

Azvudine（FNC）是一種核苷類似物，可在細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)化為 FNC 三磷酸并抑制病毒 RNA 依賴性 RNA 聚合酶（RdRp）。本研究發(fā)現(xiàn)口服 FNC 可以在很大程度上以活性形式將藥物集中在胸腺中，在體內(nèi)有效抑制 SARS-CoV-2 復(fù)制，保護(hù)胸腺免疫功能，并快速治愈 COVID-19 患者，其研究成果正在申請(qǐng)專利。FNC 的發(fā)現(xiàn)對(duì)于應(yīng)對(duì)當(dāng)前的 COVID-19 和未來(lái)的冠狀病毒流行非常重要。

4.新抗原疫苗誘導(dǎo) EGFR 突變型 NSCLC 的臨床免疫應(yīng)答

Neoantigen vaccination induces clinical and immunologic responses in non-small cell lung cancer patients harboring EGFR mutations

【發(fā)表期刊】Journal for ImmunoTherapy of Cancer

【影響因子】13.75

【發(fā)表期刊】2021.07

【影響因子】中國(guó)天津北辰醫(yī)院

利用單細(xì)胞免疫組庫(kù)測(cè)序研究新抗原疫苗接種誘導(dǎo)的 EGFR 突變型 NSCLC 的免疫應(yīng)答反應(yīng)。該研究發(fā)現(xiàn) PPV 注射后，帶有 EGFR 突變的患者出現(xiàn)不同程度的臨床免疫應(yīng)答，其外周血中高表達(dá) NeoAg 特異性 CD8+ T 細(xì)胞，表明個(gè)性化 NeoAg 疫苗在晚期 NSCLC 治療中有顯著效果且安全可用，PPV 與 EGFR 抑制劑的聯(lián)合治療有望應(yīng)用到臨床。

5.單細(xì)胞分析揭示了產(chǎn)生肝臟 IFN-γ 的 γδ T 細(xì)胞的起源和肝內(nèi)發(fā)育

Single-cell analysis reveals the origins and intrahepatic development of liver-resident IFN-γ-producing γδ T cells

【發(fā)表期刊】Cellular & Molecular Immunology

【影響因子】11.531

【發(fā)表時(shí)間】2021.03

【發(fā)表單位】山東大學(xué)齊魯醫(yī)學(xué)院

細(xì)胞分群分析、擬時(shí)間序列分析揭示了 γδ T 細(xì)胞的發(fā)育軌跡，發(fā)現(xiàn)肝臟含有 γδ T 細(xì)胞前體。體外共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)和體內(nèi)過(guò)繼移植實(shí)驗(yàn)，證實(shí)了肝 γδ T 前體細(xì)胞的發(fā)育潛能。胸腺切除小鼠模型顯示，產(chǎn)生 IFN-γ 的 γδ T 細(xì)胞以胸腺獨(dú)立的方式來(lái)源于肝臟 LSM 細(xì)胞。這些結(jié)果表明，肝造血祖 LSM 細(xì)胞能夠分化為 pre-γδ T 細(xì)胞和功能成熟的 γδ T 細(xì)胞，表明這些細(xì)胞參與了一個(gè)獨(dú)立于胸腺來(lái)源的 γδ T 細(xì)胞的發(fā)育通路。

6.新冠病毒受體結(jié)合域與 S 蛋白疫苗可分別誘導(dǎo)小鼠體內(nèi)產(chǎn)生不同的 BCR 抗體庫(kù)

Distinct BCR repertoires elicited by SARS-CoV-2 RBD and S vaccinations in mice

【發(fā)表期刊】Cell Discovery

【影響因子】10.481

【發(fā)表時(shí)間】2021.10

【發(fā)表單位】中科院微生物研究所

新冠肺炎疫情自2019年底發(fā)生以來(lái)一直持續(xù)至今，不僅給全球公共衛(wèi)生安全造成極大挑戰(zhàn)，也給世界經(jīng)濟(jì)發(fā)展造成了巨大影響。目前全球多款疫苗已獲批緊急使用或附條件上市，除滅活疫苗使用全病毒作為免疫原外，其余疫苗均選擇新冠病毒受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白（RBD）或刺突蛋白 S 作為免疫原。然而，鮮有研究對(duì) RBD 和 S 兩種免疫原所誘導(dǎo)的抗體庫(kù)進(jìn)行系統(tǒng)比較。本研究利用 mRNA 疫苗開(kāi)發(fā)技術(shù)平臺(tái)，制備了 RBD 和 S 兩種 mRNA 疫苗免疫小鼠。將新冠特異記憶 B 細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和單細(xì)胞免疫組庫(kù)測(cè)序，研究了兩種抗原所誘導(dǎo)的抗體庫(kù)差異。研究發(fā)現(xiàn) RBD 疫苗調(diào)動(dòng)的抗體基因座非常集中，抗體庫(kù)中14.6%抗體都使用 VH9-3:KV5-45 基因座；S 疫苗調(diào)動(dòng)的體基因座比較分散，抗體庫(kù)中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)占比很高的基因座組合。該研究進(jìn)一步獲取了兩個(gè)抗體庫(kù)中排名前100的高頻抗體，并研究了它們的中和活性差異。

7.結(jié)腸炎患者中鑒定新的群體特異性細(xì)胞亞群

Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing

【發(fā)表期刊】Cell Mol Gastroenterol Hepatol

【影響因子】9.222

【發(fā)表時(shí)間】2021.02

【發(fā)表單位】北京朝陽(yáng)醫(yī)院

本研究對(duì)12例結(jié)腸炎（UC）患者和中國(guó)漢族健康對(duì)照組的結(jié)腸活檢單細(xì)胞RNA測(cè)序，細(xì)胞分群鑒別出兩個(gè)新的漿細(xì)胞亞群。在UC患者的上皮細(xì)胞譜系和免疫細(xì)胞譜系中均觀察到Th17來(lái)源的激活，表明Th17驅(qū)動(dòng)的免疫活動(dòng)發(fā)生了系統(tǒng)性的改變。確定了新的群體特異性漿細(xì)胞分子特征。UC風(fēng)險(xiǎn)基因在患者炎癥和非炎癥組織的免疫細(xì)胞中均顯示出一致的表達(dá)改變，而對(duì)疾病的轉(zhuǎn)錄反應(yīng)僅在炎癥上皮/基質(zhì)細(xì)胞中有局部作用。本研究為 UC 的分子機(jī)制提供了新視角。

8.單細(xì)胞測(cè)序揭示自身免疫病B細(xì)胞圖譜

B-Cell Compartmental Features and Molecular Basis for Therapy in Autoimmune Disease

【發(fā)表期刊】Neurology-neuroimmunology & Neuroinflammation

【影響因子】8.483

【發(fā)表時(shí)間】2021.08

【發(fā)表單位】天津醫(yī)科大學(xué)，北京天壇醫(yī)院

該研究通過(guò)11名患者和3名正常人外周血，腦脊液和脊髓 B 細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和免疫組庫(kù)結(jié)合分析，全面地闡述了視神經(jīng)脊髓炎譜系疾病 B 細(xì)胞的促炎特性，表明外周血 B 細(xì)胞合成抗體而神經(jīng)中樞中 B 細(xì)胞表達(dá)抗體和促炎作用且具有典型的 I 型干擾素標(biāo)記，I 型干擾素通路可能是導(dǎo)致疾病的重要發(fā)病機(jī)制。

9.人復(fù)發(fā)性流產(chǎn)蛻膜免疫細(xì)胞圖譜

Single-cell Immune Landscape of Human Recurrent Miscarriage

【發(fā)表期刊】GPB

【影響因子】7.691

【發(fā)表時(shí)間】2021.01

【發(fā)表單位】中科院動(dòng)物所

利用10x 單細(xì)胞測(cè)序和流式分選技術(shù)構(gòu)建了復(fù)發(fā)性流產(chǎn)患者的蛻膜及外周血的免疫細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，并系統(tǒng)比較了外周血和蛻膜免疫細(xì)胞在復(fù)發(fā)流產(chǎn)和正常妊娠孕婦中的差異。實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了蛻膜免疫細(xì)胞亞群 dNK1 是處于 dNK 分化的早期階段。利用免疫熒光技術(shù)對(duì) dNK1，dNK3 和 dNK4 在母胎界面進(jìn)行詳細(xì)的定位，通過(guò)流式技術(shù)對(duì) dNK 在復(fù)發(fā)流產(chǎn)病人及正常妊娠孕婦的細(xì)胞比例情況進(jìn)行了驗(yàn)證。對(duì)于復(fù)發(fā)流產(chǎn)后續(xù)的診斷以及治療提供了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

10.破譯協(xié)調(diào)分娩的圍生期蛻膜組織細(xì)胞間通訊網(wǎng)

Deciphering the Intercellular Communication Network of Peripartum Decidua that Orchestrates Delivery

【發(fā)表期刊】Frontiers in Cell and Developmental Biology

【影響因子】6.684

【發(fā)表期刊】2021.11

【影響因子】中南大學(xué)湘雅醫(yī)院

本研究基于圍產(chǎn)期蛻膜 scRNA 測(cè)序，通過(guò) cellcall 算法重建了一個(gè)蛻膜細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果表明，子宮內(nèi)膜細(xì)胞（EECs）和絨毛外滋養(yǎng)層在分娩前（DBD）和分娩后（DAD）的蛻膜中傳遞了大部分常見(jiàn)的細(xì)胞間信號(hào)。內(nèi)皮細(xì)胞和 EEC 控制著許多與 WNT 信號(hào)相關(guān)的細(xì)胞間通訊因子，這些因子在 DBD 和 DAD 間存在差異，其中一些可能是診斷分娩的候選生物標(biāo)記物。對(duì)于 T 細(xì)胞相關(guān)的細(xì)胞間通訊進(jìn)行分析，確定母胎免疫耐受相關(guān)的通訊網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)單細(xì)胞TCR/BCR 測(cè)序進(jìn)一步探討了 B 細(xì)胞受體和T細(xì)胞受體的特征。結(jié)果顯示，DAD 和 DBD 質(zhì)檢的 B/T 細(xì)胞克隆擴(kuò)增沒(méi)有顯著差異，表明分娩期間母胎界面的適應(yīng)性免疫沒(méi)有顯著變化。研究結(jié)果提供了圍產(chǎn)期蛻膜細(xì)胞間通訊景觀的綜合視圖，并確定了一些與分娩和母嬰免疫耐受相關(guān)的關(guān)鍵細(xì)胞間通訊。本研究為理解妊娠機(jī)制提供了有價(jià)值的線索，并為分娩起始提供了可能的診斷策略。

11.肺孢子菌感染后 T 細(xì)胞受體庫(kù)特征

Single-Cell TCR Sequencing Reveals the Dynamics of T Cell Repertoire Profiling During Pneumocystis Infection

【發(fā)表期刊】Frontiers in Microbiology

【影響因子】5.642

【發(fā)表時(shí)間】2021.04

【發(fā)表單位】北京朝陽(yáng)醫(yī)院

本研究采用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞免疫組庫(kù)（TCR）測(cè)序技術(shù)，對(duì)肺孢子蟲(chóng)感染不同時(shí)期的小鼠肺組織中 CD45+ 細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序，綜合分析了感染后不同時(shí)間點(diǎn) T 細(xì)胞的組成和特點(diǎn)、TCR 的多樣性、CDR3 長(zhǎng)度的分布、TCRβ VDJ 基因片段的使用頻率和組合方式。研究描述了肺孢子蟲(chóng)感染不同階段 TCR 的動(dòng)態(tài)變化和多樣性，有助于闡明宿主適應(yīng)性免疫和發(fā)現(xiàn)新的治療靶點(diǎn)。

12.肺孢子菌感染后 B 細(xì)胞受體庫(kù)特征

Signatures of B Cell Receptor Repertoire Following Pneumocystis Infection

【發(fā)表期刊】Frontiers in Microbiology

【影響因子】5.642

【發(fā)表時(shí)間】2021.05

【發(fā)表單位】北京朝陽(yáng)醫(yī)院

研究整合了肺孢子蟲(chóng)未感染狀態(tài)和感染后1-4周小鼠肺免疫細(xì)胞的單細(xì)胞 RNA 測(cè)序和單細(xì)胞 BCR 測(cè)序，從感染后細(xì)胞亞群組成比例、BCR 組合比例、克隆多樣性、亞群分子表達(dá)特征等方面進(jìn)行分析，對(duì)感染期間 B 細(xì)胞反應(yīng)的動(dòng)態(tài)特征進(jìn)行了描繪。研究提供了肺孢子蟲(chóng)感染背景下B細(xì)胞轉(zhuǎn)錄變化和 BCR 序列特征的詳細(xì)圖譜，為尋找診斷生物標(biāo)志物和開(kāi)發(fā)潛在的免疫治療靶點(diǎn)提供了有價(jià)值的信息。

— 腫瘤篇?—

1.MET 擴(kuò)增通過(guò)抑制 STING 減弱肺腫瘤對(duì)免疫治療的反應(yīng)

MET amplification attenuates lung tumor response to immunotherapy by inhibiting STING

【發(fā)表期刊】Cancer Discovery

【影響因子】39.394

【發(fā)表時(shí)間】2021.06

【發(fā)表單位】湖北省腫瘤醫(yī)院

通過(guò)81名非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者免疫檢查治療（ICB）前后比較發(fā)現(xiàn) MET 擴(kuò)增的患者對(duì) ICB 耐藥，利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn)肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體（MET）擴(kuò)增通過(guò) UPF1 蛋白降低了 STING 的表達(dá)，弱化了 IFN 反應(yīng)，影響了抗腫瘤免疫的產(chǎn)生。而 MET 抑制劑與抗 PD-1 抑制劑聯(lián)合使用，能增強(qiáng)抗腫瘤免疫，有助于腫瘤消退。本研究首次表明 MET 拷貝數(shù)是影響肺癌患者對(duì) ICB 反應(yīng)的一個(gè)關(guān)鍵因素，并有希望快速轉(zhuǎn)化到臨床應(yīng)用中。

2.單細(xì)胞測(cè)序解析前列腺癌腫瘤微環(huán)境的動(dòng)態(tài)重組

Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types that contribute to human prostate cancer progression

【發(fā)表期刊】Nature Cell Biology

【影響因子】28.82

【發(fā)表時(shí)間】2021.01

【發(fā)表單位】上海長(zhǎng)海醫(yī)院

該研究對(duì)13個(gè)前列腺腫瘤36,424個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了分析，確定了疾病侵襲性的上皮細(xì)胞。腫瘤微環(huán)境顯示了多個(gè)進(jìn)展相關(guān)轉(zhuǎn)錄組程序的激活。驗(yàn)證了癌細(xì)胞具有改變T細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的能力。發(fā)現(xiàn)一個(gè)內(nèi)皮亞群，與腫瘤細(xì)胞活躍有關(guān)，可促進(jìn)癌細(xì)胞的侵襲。該項(xiàng)研究對(duì)前列腺癌新型治療策略和腫瘤生物標(biāo)記物的開(kāi)發(fā)具有重大價(jià)值。

3.肝內(nèi)膽管癌 IDH 突變亞型的高異質(zhì)性及冷腫瘤微環(huán)境特征

IDH Mutation Subgroup Status Associates with Intratumor Heterogeneity and the Tumor Microenvironment in Intrahepatic Cholangiocarcinoma

【發(fā)表期刊】Advanced Science

【影響因子】16.802

【發(fā)表時(shí)間】2021.7

【發(fā)表單位】北京大學(xué)人民醫(yī)院，北京大學(xué)

通過(guò)對(duì)14例肝內(nèi)膽管癌（ICC）患者的73個(gè)組織的全外顯子測(cè)序、56個(gè)組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和4例患者的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，全面描繪了ICC在基因組、轉(zhuǎn)錄組和微環(huán)境層面的異質(zhì)性。該研究首次證實(shí)ICC異質(zhì)性在多個(gè)組學(xué)層面均顯著高于肝細(xì)胞癌（HCC），揭示 IDH 突變亞型的高異質(zhì)性“冷腫瘤”微環(huán)境特征。對(duì)優(yōu)化 ICC 的臨床診斷、預(yù)后和治療提供了重要信息。

4.下丘腦 Rax+ 伸展細(xì)胞同時(shí)具有再生和致瘤潛能

Hypothalamic Rax+ tanycytes contribute to tissue repair and tumorigenesis upon oncogene activation in mice

【發(fā)表期刊】Nature Communications

【影響因子】14.912

【發(fā)表期刊】2021.04

【影響因子】中科院遺傳發(fā)育所

研究人員利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等技術(shù)發(fā)現(xiàn)下丘腦 ME 中的 Rax+ 伸展細(xì)胞在正常生理?xiàng)l件下為靜息狀態(tài)，但在神經(jīng)損傷后轉(zhuǎn)化為活躍狀態(tài)，很快進(jìn)入細(xì)胞周期并進(jìn)行自我更新和再生；更重要的是，引入 Braf 原癌突變能導(dǎo)致 Rax+ 伸展細(xì)胞轉(zhuǎn)化為活躍分裂的腫瘤細(xì)胞，驅(qū)動(dòng)腫瘤形成，該研究清楚地揭示了乳頭型顱咽管瘤的細(xì)胞起源。這展現(xiàn)了下丘腦伸展細(xì)胞具有天使的一面，即自我更新的再生性，也具有惡魔的一面，即產(chǎn)生腫瘤的惡性潛能。本研究可能為中樞神經(jīng)系統(tǒng)的再生醫(yī)學(xué)和癌癥治療開(kāi)辟一條道路。

5.惡性胸腔積液中多種免疫表型的單細(xì)胞分析

Single-cell analysis of diverse immune phenotypes in malignant pleural effusion

【發(fā)表期刊】Nature Communications

【影響因子】14.912

【發(fā)表時(shí)間】2021.11

【發(fā)表單位】北京朝陽(yáng)醫(yī)院

不同免疫細(xì)胞間的復(fù)雜相互作用在惡性胸腔積液（MPE）的發(fā)生發(fā)展中有重要作用。本研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，繪制了 MPE 中浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的單細(xì)胞圖譜，并詳細(xì)的對(duì)細(xì)胞組成、譜系和功能狀態(tài)進(jìn)行分析。與血液中的相應(yīng)細(xì)胞類型相比，MPE 中的免疫細(xì)胞顯示出許多富含調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞、 B 細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄特征。輔助 T、細(xì)胞毒性 T、Treg 和濾泡輔助 T 細(xì)胞表達(dá)多個(gè)免疫檢查點(diǎn)或共刺激分子。與 CD8+T 細(xì)胞相比，細(xì)胞間相互作用分析發(fā)現(xiàn)調(diào)節(jié)性 B 細(xì)胞與 CD4+T 細(xì)胞的相互作用更多。巨噬細(xì)胞在轉(zhuǎn)錄上是異質(zhì)的，符合 M2 極化特征。此外， MPE 中的免疫細(xì)胞顯示出與缺氧相關(guān)的糖酵解相關(guān)基因的普遍上調(diào)。這些發(fā)現(xiàn)有助于加深對(duì)進(jìn)展期非小細(xì)胞肺癌潛在診斷和治療靶點(diǎn)的了解。

6.單細(xì)胞測(cè)序解析亞實(shí)性肺腺癌結(jié)節(jié)腫瘤微環(huán)境特征

Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing

【發(fā)表期刊】Science Advances

【影響因子】14.133

【發(fā)表時(shí)間】2021.01

【發(fā)表單位】北京大學(xué)人民醫(yī)院，北京大學(xué)

該研究基于高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，詳細(xì)刻畫(huà)了 SSN 的 TME 中腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞類型，組成特點(diǎn)，轉(zhuǎn)錄組狀態(tài)和細(xì)胞間互作等特征。揭示了 SSN 惡性發(fā)生發(fā)展的特點(diǎn)，在單細(xì)胞尺度上解釋了為何 SSN 具有相對(duì)惰性的生物學(xué)特征和較好的臨床預(yù)后特點(diǎn)。對(duì) SSN 和肺腺癌相關(guān)的分子基礎(chǔ)研究，臨床治療和藥物研發(fā)等方面具有重要意義和價(jià)值。

7.胃肝樣腺癌基因組和轉(zhuǎn)錄組特征分析

Genomic and transcriptomic profiling of hepatoid adenocarcinoma of the stomach

【發(fā)表期刊】Oncogene

【影響因子】9.863

【發(fā)表時(shí)間】2021.07

【發(fā)表單位】北京大學(xué)腫瘤醫(yī)院、北京大學(xué)

該研究首次從基因組、轉(zhuǎn)錄組和微環(huán)境層面描繪了胃肝樣腺癌。從基因組層面證實(shí)該腫瘤不同形態(tài)的成分實(shí)則起源于單一的腫瘤克隆。該研究還首次系統(tǒng)研究了胃肝樣腺癌的基因表達(dá)特征，揭示其高腫瘤干性、高甲硫氨酸相關(guān)通路活性的分子特征。該研究成果對(duì)探索肝樣腺癌的診斷和治療提供了重要信息。

— 疾病篇?—

1.抑制 DSCAM/PAK1 通路可逆轉(zhuǎn) DS 患者 iPSC 衍生的腦類器官中的神經(jīng)缺陷

Suppressing the DSCAM/PAK1 pathway reverses neurogenesis deficits in Down Syndrome patient iPSC-derived cerebral organoids

【發(fā)表期刊】J Clin Invest

【影響因子】14.802

【發(fā)表時(shí)間】2021.06

【發(fā)表單位】南京醫(yī)科大學(xué)

研究人員利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)?lái)自4例二倍體和3例唐氏綜合征（DS） iPSCs 誘導(dǎo)分化產(chǎn)生的早期腦類器官及進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)皮層下區(qū)域皮層神經(jīng)元增殖的減少和II及IV層標(biāo)志物的減少使得神經(jīng)發(fā)生受到顯著影響，從而導(dǎo)致三體 iPSCs 形成的類器官尺寸減小。另外，通過(guò) CRISPR/Cas9，CRISPRi 及小分子治療抑制（PAK1 抑制劑）結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等試驗(yàn)證明抑制DSCAM / PAK1 通路可逆轉(zhuǎn) DS 患者 iPSC 衍生的腦類器官中的神經(jīng)缺陷。

2.單細(xì)胞測(cè)序揭示 TRPV4-eNOS 為治療高血壓的重要靶點(diǎn)

Endothelial TRPV4-eNOS coupling as a vital therapy target for treatment of hypertension

【發(fā)表期刊】British Journal of Pharmacology

【影響因子】8.739

【發(fā)表時(shí)間】2021.11

【發(fā)表單位】江南大學(xué)

本研究利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在小鼠主動(dòng)脈中發(fā)現(xiàn)了CD106+TRPV4highNOS3high 內(nèi)皮細(xì)胞，它們可以通過(guò) TRPV4-eNOS 相互作用，并通過(guò)定點(diǎn)突變發(fā)現(xiàn)其結(jié)合位點(diǎn)。進(jìn)一步開(kāi)發(fā)了一種小分子藥物 JNc-463，它可以增加 TRPV4-eNOS 相互作用，增強(qiáng)血管擴(kuò)張，并在小鼠中發(fā)揮降壓作用。本研究是第一個(gè)整合單細(xì)胞 RNA 序列，單細(xì)胞功能研究和主動(dòng)脈藥物篩選的研究。

3.單細(xì)胞測(cè)序揭示高脂飲食下升主動(dòng)脈細(xì)胞異質(zhì)性

Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the ascending aortas of normal and high-fat diet-fed mice

【發(fā)表期刊】Experimental & Molecular Medicine

【影響因子】8.71

【發(fā)表時(shí)間】2021.09

【發(fā)表單位】江南大學(xué)

該研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序24,001個(gè)升主動(dòng)脈細(xì)胞，分析發(fā)現(xiàn)小鼠高脂飲食后升主動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞亞群重組且高表達(dá)收縮基因；平滑?。⊿MC）亞群出現(xiàn)功能和表型異質(zhì)性，胞外基質(zhì)降解基因和促炎基因上調(diào)；巨噬細(xì)胞占比增多，血源巨噬細(xì)胞高度表達(dá)促炎細(xì)胞因子。該研究為主動(dòng)脈炎癥疾病的發(fā)育和進(jìn)展研究提供了理論基礎(chǔ)。

4.鹽誘導(dǎo)高血壓小鼠主動(dòng)脈的單細(xì)胞分析揭示細(xì)胞異質(zhì)性和狀態(tài)變化

Single-cell analysis of salt-induced hypertensive mouse aortae reveals cellular heterogeneity and state changes

【發(fā)表期刊】Experimental & Molecular Medicine

【影響因子】8.71

【發(fā)表期刊】2021.12

【影響因子】江南大學(xué)

本研究對(duì)喂食高鹽食物的 C57BL/6J 小鼠的主動(dòng)脈弓進(jìn)行單細(xì)胞 RNA 測(cè)序。鑒定了代表12個(gè)譜系的19個(gè)不同細(xì)胞群，包括平滑肌細(xì)胞（SMC）、成纖維細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞（ECs）、B 細(xì)胞和 T 細(xì)胞。早高血壓進(jìn)展過(guò)程中、三個(gè) SMC 亞群、兩個(gè) EC 亞群和 T 細(xì)胞的比例增加。在兩個(gè) EC 亞群中，活性氧相關(guān)酶，膠原和收縮力基因的表達(dá)上調(diào)?；蚋患治鲲@示三個(gè) SMC 亞群經(jīng)歷了內(nèi)皮細(xì)胞向間質(zhì)細(xì)胞的轉(zhuǎn)化。構(gòu)建了細(xì)胞間網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)高血壓患者主動(dòng)脈細(xì)胞間的細(xì)胞通訊更為頻繁，并且一些信號(hào)通路在高血壓期間被激活。最后，將公開(kāi)的全基因組關(guān)聯(lián)研究數(shù)據(jù)和肌細(xì)胞的 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)聯(lián)合分析鑒定了內(nèi)皮細(xì)胞、平滑肌細(xì)胞和成纖維細(xì)胞中高血壓易感基因的表達(dá)，并揭示了21個(gè)與高鹽誘導(dǎo)高血壓的發(fā)生和發(fā)展有關(guān)的基因。本研究闡明了與高血壓相關(guān)的主動(dòng)脈血管細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄情況，并解釋了高血壓進(jìn)展過(guò)程中細(xì)胞組成和細(xì)胞間通訊的顯著變化。

5.通過(guò)單細(xì)胞 RNA-seq 分析比較骨關(guān)節(jié)炎、大骨節(jié)病和健康軟骨細(xì)胞的主要細(xì)胞群

Comparison of the major cell populations among osteoarthritis, Kashin-Beck disease and healthy chondrocytes by single-cell RNA-seq analysis

【發(fā)表期刊】Cell Death & Disease

【影響因子】8.46

【發(fā)表時(shí)間】2021.12

【發(fā)表單位】西安交大

研究人員對(duì)大骨節(jié)?。↘BD）、骨關(guān)節(jié)炎（OA）及健康對(duì)照中的軟骨組織進(jìn)行了單細(xì)胞測(cè)序，共鑒定了10個(gè)細(xì)胞亞群，鑒定了軟骨細(xì)胞群及其基因特征，發(fā)現(xiàn)穩(wěn)態(tài)軟骨細(xì)胞群（MT1X+MT2A+）和線粒體軟骨細(xì)胞群（MT-ND1+MT-ATP6+）在KBD中顯著擴(kuò)增，調(diào)節(jié)性軟骨細(xì)胞群（CHI3L+）在 OA 中顯著擴(kuò)增。利用免疫組化和 qRT-PCR 進(jìn)行了驗(yàn)證。研究揭示了 KBD 和 OA 中軟骨細(xì)胞的異質(zhì)性，并為這兩種疾病的發(fā)病機(jī)制差異提供了新的證據(jù)。

6.單細(xì)胞測(cè)序揭示阿爾茨海默病的免疫特征

Single-cell RNA sequencing of peripheral blood reveals immune cell signatures in Alzheimer's disease

【發(fā)表期刊】Frontiers in Immunology

【影響因子】7.561

【發(fā)表時(shí)間】2021.08

【發(fā)表單位】宣武醫(yī)院

本研究對(duì)3名 AD 患者和2名正常對(duì)照的 PBMC 進(jìn)行單細(xì)胞5’轉(zhuǎn)錄組和免疫組庫(kù)測(cè)序，發(fā)現(xiàn)了5個(gè)免疫細(xì)胞亞群，對(duì)正常與疾病樣本間細(xì)胞亞群比例和基因表達(dá)模式進(jìn)行了比較。對(duì)免疫組庫(kù)結(jié)果進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn)患者中T細(xì)胞和B細(xì)胞中存在高頻擴(kuò)增克隆型，T 細(xì)胞多樣性降低。由于克隆擴(kuò)增提示針對(duì)特定抗原的適應(yīng)性免疫反應(yīng)被激活，推測(cè)T細(xì)胞介導(dǎo)的外周適應(yīng)性免疫反應(yīng)可能在 AD 的發(fā)病機(jī)制中起作用。本研究可能有助于進(jìn)一步研究疾病機(jī)制和免疫相關(guān)生物標(biāo)記物或治療的發(fā)展。

7.單細(xì)胞測(cè)序揭示血流擾動(dòng)下頸動(dòng)脈細(xì)胞異質(zhì)性

Single-cell RNA-seq reveals cellular heterogeneity of mouse carotid artery under disturbed flow

【發(fā)表期刊】Cell Death Discovery

【影響因子】5.243

【發(fā)表時(shí)間】2021.07

【發(fā)表單位】蘇州大學(xué)

研究人員通過(guò)部分頸動(dòng)脈結(jié)扎（PCL）來(lái)在體內(nèi)產(chǎn)生 d-flow，對(duì)結(jié)扎7天后的PCL組和對(duì)照組的9條左頸動(dòng)脈進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，發(fā)現(xiàn)10個(gè) d-flow 相關(guān)亞群，分析表明 Dkk2hi 內(nèi)皮細(xì)胞亞群具有機(jī)械敏感性，并可能在 d-flow 下從 Klk8hi 內(nèi)皮細(xì)胞轉(zhuǎn)化而來(lái)。同時(shí)也鑒定了 d-flow 誘導(dǎo)的平滑肌細(xì)胞亞群和免疫細(xì)胞亞群，并確定一個(gè)巨噬細(xì)胞亞群為動(dòng)脈粥樣硬化的潛在貢獻(xiàn)者。該研究建立了一個(gè)完整的 d-flow 下頸動(dòng)脈細(xì)胞圖譜，并提示了特定細(xì)胞亞群的基因特征和特殊功能。

8.單細(xì)胞測(cè)序揭示血管畸形疾病中的細(xì)胞異質(zhì)性和免疫微環(huán)境

Cellular heterogeneity and immune microenvironment revealed by single-cell transcriptome in venous malformation and cavernous venous malformation

【發(fā)表期刊】Journal of Molecular and Cellular Cardiology

【影響因子】5.001

【發(fā)表時(shí)間】2021.09

【發(fā)表單位】上海交通大學(xué)

通過(guò)對(duì)5例血管畸形組織單細(xì)胞測(cè)序35,245個(gè)細(xì)胞，作者發(fā)現(xiàn)海綿狀靜脈畸形（CVM）主要包含動(dòng)脈細(xì)胞，而靜脈畸形（VM）由靜脈細(xì)胞構(gòu)成；VM 內(nèi)皮細(xì)胞中炎癥通路被激活，CVM 平滑肌細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)生肌通路；CVM 和 VM 的單核細(xì)胞中血管再生通路被激活；單核細(xì)胞與內(nèi)皮細(xì)胞通過(guò) VEGFA 受體配體緊密聯(lián)系。該研究解析了 VM 和 CVM 發(fā)展中的細(xì)胞組分，關(guān)鍵通路和免疫微環(huán)境。

— 發(fā)育篇?—

1.單細(xì)胞測(cè)序揭示上皮損傷腸道類器官模型發(fā)育調(diào)控機(jī)制

Establishment of intestinal organoid cultures modeling injury-associated epithelial regeneration

【發(fā)表期刊】Cell Research

【影響因子】25.61

【發(fā)表時(shí)間】2021.01

【發(fā)表單位】北京大學(xué)

研究組利用一個(gè) 8C 培養(yǎng)系統(tǒng)，在體外建立了具有損傷再生特征的增生性小腸類器官（Hyper 類器官）。利用單細(xì)胞 RNA 測(cè)序鑒定了類器官中不同的再生干細(xì)胞亞群。進(jìn)一步分析鑒定了基因組重編程和再生的關(guān)鍵小分子 VPA 和 EPZ6438，并發(fā)現(xiàn)它們是通過(guò)表觀調(diào)控 YAP 信號(hào)傳導(dǎo)來(lái)發(fā)揮作用。這項(xiàng)工作為研究上皮組織器官再生提供了新型的體外模型，同時(shí)也揭示了表觀遺傳調(diào)控在器官再生中的重要性。

2.單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組揭示小鼠胎肝造血干細(xì)胞擴(kuò)增功能單元

Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics

【發(fā)表期刊】Cell Research

【影響因子】25.61

【發(fā)表時(shí)間】2021.08

【發(fā)表單位】中國(guó)科學(xué)院動(dòng)物研究所

該研究對(duì)4個(gè)時(shí)間點(diǎn)的小鼠胎肝進(jìn)行單細(xì)胞分析，解析了發(fā)育過(guò)程中 HSCs/MPPs 的轉(zhuǎn)錄組動(dòng)態(tài)變化，結(jié)合 E14.5 胎肝的4張空間轉(zhuǎn)錄組切片繪制了胎肝單細(xì)胞時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜，驗(yàn)證了細(xì)胞間的相互作用，鑒定了干細(xì)胞擴(kuò)增單元，并解析了擴(kuò)增單元促進(jìn)干細(xì)胞擴(kuò)增的機(jī)制，最后通過(guò)跨物種單細(xì)胞數(shù)據(jù)比較，表明造血干細(xì)胞擴(kuò)增結(jié)構(gòu)和分子機(jī)制的保守性。

3.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn)下丘腦神經(jīng)元多樣性起源的新規(guī)律

Cascade diversification directs generation of neuronal diversity in the hypothalamus

【發(fā)表期刊】Cell Stem Cell

【影響因子】24.63

【發(fā)表時(shí)間】2021.04

【發(fā)表單位】中科院遺傳發(fā)育所

利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)合譜系追蹤對(duì)胚胎11天（E11）、14天（E14）及產(chǎn)后0天（P0）、7天（P7）共4個(gè)時(shí)期的43,261個(gè)發(fā)育中的下丘腦特異性標(biāo)記工具小鼠下丘腦細(xì)胞進(jìn)行了分析，共鑒定出8大群神經(jīng)細(xì)胞。成功描繪出RGCs、IPCs、新生神經(jīng)元和肽能神經(jīng)元在下丘腦神經(jīng)譜系中的發(fā)育軌跡,鑒定出關(guān)鍵細(xì)胞類群的分子特征和發(fā)育潛能，并最終闡明了下丘腦神經(jīng)元的復(fù)雜性來(lái)源，揭示了新規(guī)律，拓展了下丘腦發(fā)育的研究邊界。

4.單細(xì)胞測(cè)序揭示隨機(jī)基因表達(dá)驅(qū)動(dòng)葉肉原生質(zhì)體再生

Stochastic gene expression drives mesophyll protoplast regeneration

【發(fā)表期刊】Science Advances

【影響因子】14.133

【發(fā)表期刊】2021.08

【影響因子】中科院遺傳所

該研究確定了 WUS 與 DRN 兩種轉(zhuǎn)錄因子異位激活能促進(jìn)原生質(zhì)體再生。該研究使用實(shí)時(shí)成像和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，發(fā)現(xiàn)原生質(zhì)體分離誘導(dǎo)基因組增強(qiáng)表達(dá)變化和染色體可及性，進(jìn)而提高基因表達(dá)的隨機(jī)激活和原生質(zhì)體的再生。研究認(rèn)為細(xì)胞間的轉(zhuǎn)錄組混亂和增強(qiáng)的基因表達(dá)變異，為再生細(xì)胞創(chuàng)造了一種細(xì)胞水平上的演化驅(qū)動(dòng)力。這一突破性研究解析了植物細(xì)胞重獲多能性以及再生的分子機(jī)制。

5.單細(xì)胞測(cè)序揭示胎盤(pán)來(lái)源的造血內(nèi)皮細(xì)胞從頭產(chǎn)生巨噬細(xì)胞

De novo generation of macrophage from placenta-derived hemogenic endothelium

【發(fā)表期刊】Dev Cell

【影響因子】12.27

【發(fā)表時(shí)間】2021.06

【發(fā)表單位】中科院動(dòng)物所

利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)描繪了小鼠胎兒胎盤(pán)發(fā)育的單細(xì)胞圖譜，并結(jié)合功能分析和細(xì)胞命運(yùn)圖譜等，解碼小鼠胚胎胎盤(pán)造血的過(guò)程，同時(shí)鑒定了獨(dú)特的胎盤(pán)生血內(nèi)皮（HE）細(xì)胞，并建立了一個(gè)新的報(bào)告細(xì)胞系來(lái)追蹤胎盤(pán) 內(nèi)皮細(xì)胞（EC）及其衍生物，最后發(fā)現(xiàn) HBC-like（Hofbauer cell）細(xì)胞來(lái)源于 Hoxa13+ ECs，促進(jìn)血管生成和吞噬作用。本研究成果對(duì)解決 HBC 起源的爭(zhēng)議問(wèn)題提供了重要的信息。

6.單細(xì)胞水平揭示斑馬魚(yú)造血干細(xì)胞擴(kuò)增發(fā)育圖譜

A single-cell resolution developmental atlas of hematopoietic stem and progenitor cell expansion in zebrafish

【發(fā)表期刊】PNA

【影響因子】11.2

【發(fā)表時(shí)間】2021.04

【發(fā)表單位】中科院動(dòng)物所

研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組比較了三個(gè)階段 CHT 的細(xì)胞組成和基因表達(dá)變化，解析了細(xì)胞 HSPC 亞群之間的分化關(guān)系，通過(guò)細(xì)胞互作網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)微環(huán)境細(xì)胞協(xié)同 HSPC 發(fā)育，通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了內(nèi)皮細(xì)胞特異性因子 Gpr182 在造血擴(kuò)增中的重要作用。最后，該研究團(tuán)隊(duì)揭示了人類胎肝與斑馬魚(yú) CHT 之間發(fā)育性造血的保守性和差異性，為建立體外 HSPC 擴(kuò)增提供了研究基礎(chǔ)。

7.多能干細(xì)胞體外分化為人類囊胚

Generation of human blastocyst-like structures from pluripotent stem cells

【發(fā)表期刊】Cell Discovery

【影響因子】10.481

【發(fā)表時(shí)間】2021.09

【發(fā)表單位】北京大學(xué)第三醫(yī)院

研究人員通過(guò)人多能干細(xì)胞 3D 培養(yǎng)，誘導(dǎo)分化出類囊胚。作者從形態(tài)學(xué)實(shí)驗(yàn)和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序闡明類囊胚與8-10天體外培養(yǎng)的胚胎在結(jié)構(gòu)、細(xì)胞譜系和轉(zhuǎn)錄圖譜上高度相似，這項(xiàng)研究成功構(gòu)建了穩(wěn)定的人類囊胚培養(yǎng)系統(tǒng)，對(duì)早期發(fā)育缺陷引起的移植失敗研究提供了模型。

8.單細(xì)胞分析揭示人類骨髓發(fā)育過(guò)程中神經(jīng)細(xì)胞的動(dòng)態(tài)變化

Single-cell analysis reveals dynamic changes of neural cells in developing human spinal cord

【發(fā)表期刊】EMBO Reports

【影響因子】8.804

【發(fā)表時(shí)間】2021.10

【發(fā)表單位】中科院遺傳所

本研究對(duì)胚胎和胎兒期的人類脊髓細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞 RNA 測(cè)序，包含了神經(jīng)元生成、星形膠質(zhì)細(xì)胞和少突膠質(zhì)細(xì)胞分化過(guò)程。繪制了脊髓中感受神經(jīng)發(fā)生和膠質(zhì)發(fā)生的時(shí)間線。進(jìn)一步鑒定了一組 EGFR 表達(dá)的過(guò)渡期膠質(zhì)細(xì)胞、在膠質(zhì)發(fā)生開(kāi)始時(shí)呈放射狀，之后逐漸獲得分化的角質(zhì)細(xì)胞特征。使用 CellphoneDB 進(jìn)行的細(xì)胞通訊分析表明，EGFR 膠質(zhì)細(xì)胞在發(fā)育過(guò)程中可以通過(guò) Delta-Notch 和 EGFR 信號(hào)持續(xù)與其他神經(jīng)細(xì)胞相互作用。本研究結(jié)果解釋了人類幾歲發(fā)育過(guò)程中神經(jīng)細(xì)胞的階段性特征和動(dòng)力學(xué)。

9.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示擬南芥雌性生殖細(xì)胞系分化軌跡

High-throughput single-cell transcriptomics reveals the female germline differentiation trajectory in Arabidopsis thaliana

【發(fā)表期刊】Communications Biology

【影響因子】6.262

【發(fā)表時(shí)間】2021.10

【發(fā)表單位】福建農(nóng)林大學(xué)

本研究對(duì)三個(gè)發(fā)育階段擬南芥胚珠原基共16872個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，利用已知的標(biāo)記基因鑒定出 AC.1、MMC1.10 和 MMC2.6 三個(gè)生殖種系相關(guān)細(xì)胞群。聚類和亞聚類分析顯示胚珠原基在種系細(xì)胞特化過(guò)程中細(xì)胞類型的異質(zhì)性。構(gòu)建了雌性生殖細(xì)胞群的發(fā)育軌跡，對(duì) MMC 特化過(guò)程中基因的動(dòng)態(tài)表達(dá)進(jìn)行了描述，同時(shí)鑒定了一系列與生殖細(xì)胞分化軌跡變化一致的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)；多樣本整合分析也得到與單樣本分群一致的結(jié)論，鑒定雌性生殖細(xì)胞群的特征基因，揭示了 MMC 發(fā)育過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)。

10.單細(xì)胞測(cè)序研究卵子發(fā)生早期細(xì)胞周期過(guò)渡的物種差異

Single cell RNA sequencing reveals species-specific time spans of cell cycle transitions in early oogenesis

【發(fā)表期刊】Human Molecular Genetics

【影響因子】6.153

【發(fā)表期刊】2021.02

【影響因子】中科院動(dòng)物所

本研究對(duì)小鼠，猴子和人類的不同階段女性生殖細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 測(cè)序。細(xì)胞周期分析表明，不同物種間細(xì)胞周期的轉(zhuǎn)變周期和程度存在顯著差異。此外，關(guān)鍵細(xì)胞周期基因的分層聚類和細(xì)胞周期調(diào)控因子的相互作用網(wǎng)絡(luò)也表現(xiàn)出不同物種的模式。因此細(xì)胞周期轉(zhuǎn)換的調(diào)節(jié)上的差異可能是不同物種間雌性生殖細(xì)胞發(fā)育的異時(shí)性的基礎(chǔ)。本研究對(duì)細(xì)胞生殖細(xì)胞發(fā)育時(shí)間跨度的種間差異提供新的見(jiàn)解。

11.解碼皮質(zhì)膠質(zhì)細(xì)胞的發(fā)育

Decoding Cortical Glial Cell Development

【發(fā)表期刊】Neurosci Bull

【影響因子】5.204

【發(fā)表時(shí)間】2021.02

【發(fā)表單位】復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院

研究發(fā)現(xiàn)從 E16.5 開(kāi)始，新皮層開(kāi)始產(chǎn)生高表達(dá) ASCL1+EGFR+ 的頂端多能中間祖細(xì)胞（MIPCs），然后分化成表達(dá) ASCL1、EGFR、OLIG2 和 MKI67 的 MIPCs。這些 MIPCs 經(jīng)過(guò)幾輪分裂，產(chǎn)生了大部分皮質(zhì)少突膠質(zhì)細(xì)胞和星形膠質(zhì)細(xì)胞以及 OB 中間神經(jīng)元亞群。最后，單細(xì)胞 ATAC-Seq 證實(shí)了皮質(zhì)膠質(zhì)細(xì)胞和 OB 中間神經(jīng)元分化的遺傳邏輯模型，揭示了皮層徑向膠質(zhì)細(xì)胞的形成過(guò)程。

—?博奧單細(xì)胞空間測(cè)序平臺(tái)?—

博奧生物旗下博奧晶典作為國(guó)內(nèi)第一家引進(jìn)10x Genomics平臺(tái)的公司，率先在國(guó)內(nèi)開(kāi)展上萬(wàn)級(jí)通量的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)。目前已經(jīng)完成了10000多例樣品、幾百種不同樣品類型的服務(wù)，覆蓋的物種和樣品類型包括人和小鼠的肝臟、肺臟、皮膚、心臟、腦、腎臟、血液、卵巢、神經(jīng)，以及雞、斑馬魚(yú)、豬、水稻、擬南芥、油菜、白菜、橄欖等，是目前國(guó)內(nèi)大規(guī)模單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)極豐富的公司。

博奧晶典于2019年12月同時(shí)獲得了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，單細(xì)胞ATAC，單細(xì)胞免疫組庫(kù)3個(gè)服務(wù)產(chǎn)品的官方CSP認(rèn)證，并于2020年9月獲得了空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品的官方CSP認(rèn)證，成為目前國(guó)內(nèi)唯一一家同時(shí)獲得4項(xiàng)10x Genomics平臺(tái)服務(wù)官方認(rèn)證的公司。

博奧晶典支持單細(xì)胞測(cè)序文章分別發(fā)表在?Nature、Cell、Cancer Discovery、Circulation、Cell Stem Cell、Journal of Hepatology、Cell Research、Nature Immunology、Nature Cell Biology、GUT、Advanced Science?等期刊，應(yīng)用領(lǐng)域涉及細(xì)胞圖譜繪制、類器官、生殖發(fā)育、干細(xì)胞、血管老化、血管異質(zhì)性、腫瘤異質(zhì)性、腫瘤免疫治療、疾病機(jī)制研究等。至此，博奧晶典已累計(jì)支持客戶發(fā)表單細(xì)胞高分文章69篇，影響因子982分，是目前國(guó)內(nèi)支持發(fā)文最多、累計(jì)影響因子最高的公司。

■?博奧晶典目前可開(kāi)展以下單細(xì)胞測(cè)序產(chǎn)品和服務(wù)：