粉絲小Q：上期聽了你們腫瘤復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移與耐藥的培訓(xùn)班，收獲滿滿啊！我想做腫瘤耐藥的生信分析，可是我想做的癌種沒有耐藥相關(guān)臨床樣本公共數(shù)據(jù)，這該咋辦？只能做一些藥敏性分析了嗎？

小云：這種數(shù)據(jù)確實比較少，一般如果沒有耐藥和敏感對比的臨床樣本公共數(shù)據(jù)集的話，大部分就是最后做一下藥敏性分析，但是這樣研究的主體就不是耐藥了。

粉絲小Q：哈？那怕是不行啊，老板要求做得耐藥方向，還有什么新思路推薦嗎？

小云：摸摸頭，不要捉急，您的問題確實也是想做腫瘤耐藥生信分析朋友面臨的一個困境，小云再去找找新思路，等我公眾號分享吧！‘’

有付出還是有收獲滴，不枉我在pubmed中泡了那么久，還真找到了1個能解決這個困境的思路：

那就是“用耐藥和敏感的親本細(xì)胞樣本對比數(shù)據(jù)篩選耐藥相關(guān)基因，將這些耐藥基因作為一個基因集合，與GEO或TCGA臨床隊列得到的差異/預(yù)后基因取交集，得到耐藥相關(guān)差異基因，然后就可以往后進行各種常規(guī)分析了”。耐藥細(xì)胞的公共數(shù)據(jù)比臨床樣本的要多一些，這樣就能解決一些癌種找不到數(shù)據(jù)集的難題啦！

研究背景

目前，EGFR-TKI治療是肺腺癌的一線治療(LUAD) 患者。雖然 EGFR-TKI 一開始取得了很好的效果，但大多數(shù) LUAD 患者最終獲得了耐藥性。EGFR-TKI 耐藥性的發(fā)展被廣泛認(rèn)為與腫瘤免疫逃逸、侵襲性腫瘤生長和轉(zhuǎn)移有關(guān)。許多研究都集中在耐藥相關(guān)基因?qū)?LUAD 進展和治療的影響，但很少有研究TKI 耐藥相關(guān)差異表達(dá)基因（TRRDEGs）在預(yù)測 LUAD 患者預(yù)后和臨床病理中的作用。因此，迫切需要闡明 LUAD 中 TKI 抗性和免疫之間的潛在關(guān)系，以確定更有效的治療策略。

數(shù)據(jù)來源

研究流程及主要結(jié)果

通過分析吉非替尼耐藥LUAD細(xì)胞GSE數(shù)據(jù)集中基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)篩選吉非替尼（典型TKI）耐藥相關(guān)DEGs（GRRDEGs），并進行聚類分析、功能富集分析。接下來，將 TCGA 數(shù)據(jù)庫中與 LUAD 預(yù)后相關(guān)的基因與選定的 GRRDEG 取交集獲得預(yù)后相關(guān)GRRDEGs。對 61個預(yù)后相關(guān)GRRDEGs 進行多變量回歸分析建立基于3個基因的預(yù)后模型，進行生存分析和預(yù)測性能評估并構(gòu)建列線圖?；陬A(yù)后特征進行功能富集和免疫浸潤分析，以及對化療和靶向治療反應(yīng)預(yù)測（生信part：也可單獨成文）。最后通過實驗證實了FSCN1促進了 LUAD 進展的功能和通路（實驗part：包含功能和一點機制，可繼續(xù)深入做課題）。

文章小結(jié)

看完思路有沒有覺得豁然開朗呢？不用再為沒有耐藥臨床樣本數(shù)據(jù)集發(fā)愁了，只要能找到耐藥的細(xì)胞樣本公共數(shù)據(jù)集，與GEO/TCGA臨床隊列一關(guān)聯(lián)，照樣可以就可以構(gòu)建預(yù)后模型。

9分+的生信+實驗，生信部分亮點在于篩選的預(yù)后相關(guān)耐藥差異基因，換個癌種，只要能找到細(xì)胞數(shù)據(jù)集就能復(fù)現(xiàn)思路，生信分析也可單獨成文（很多癌種受數(shù)據(jù)集限制不好做耐藥生信分析，所以用這個思路的創(chuàng)新性也很不錯喲）。

實驗部分可以繼續(xù)延伸作為大論文或者基金項目課題，一個思路解決文章和課題，絕絕子！

選分析方向可以從最新發(fā)表文獻(xiàn)入手，當(dāng)然最便捷的方法當(dāng)然還是持續(xù)關(guān)注小云公眾號中的生信思路推薦，想定制創(chuàng)新性思路歡迎直接call小云。