你是否還沒有選好研究方向？

你知道有哪些熱點(diǎn)方向還不內(nèi)卷的？

內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激會(huì)給你帶來驚喜！

國自然這個(gè)月下旬就要放榜啦，到時(shí)候又是幾家歡喜幾家愁。中標(biāo)的就可以輕松一下啦，沒中的也別灰心，花點(diǎn)時(shí)間好好準(zhǔn)備，而且還有小云每天給你分享好的研究思路，總有一款適合你！

小云認(rèn)為選好研究方向就成功了一大半，那今天就來說一說“內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激”這個(gè)熱點(diǎn)方向。內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激一直以來都是頂級(jí)期刊、基金資助、藥物研發(fā)靶點(diǎn)、臨床研究的熱點(diǎn)，與多種疾病有關(guān)，還與腫瘤微環(huán)境、自噬、蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)等相關(guān)。因此，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激是一個(gè)不錯(cuò)的課題方向，很值得研究，可以作為課題的一個(gè)起點(diǎn)。

問題是：如何開始做內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激呢？最簡單的方法就是從生信分析開始，初步分析不同疾病中內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因的變化及其與疾病的相關(guān)性。然后通過細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)深入探究調(diào)控內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激的分子機(jī)制，最后可以向臨床轉(zhuǎn)化，開發(fā)靶向調(diào)控內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激進(jìn)而干預(yù)疾病的藥物。

接下來小云帶你看一篇分析內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激的生信文章

文章題目：內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)標(biāo)記預(yù)測透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌的預(yù)后和藥物反應(yīng)

發(fā)表雜志：Frontiers in pharmacology

影響因子：IF=5.988

發(fā)表時(shí)間：2022年7月

數(shù)據(jù)信息

研究思路

通過對(duì)295個(gè)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因的共識(shí)聚類將TCGA中透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌（ccRCC）樣本分為C1和C2亞型。分析不同亞型患者的預(yù)后、免疫細(xì)胞浸潤水平、與抑制性免疫檢查點(diǎn)相關(guān)的基因表達(dá)水平以及藥物反應(yīng)。基于兩組之間的差異表達(dá)基因(DEGs)構(gòu)建了與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型，并驗(yàn)證該預(yù)測風(fēng)險(xiǎn)模型的準(zhǔn)確性。最后分析Connectivity Map (CMap)數(shù)據(jù)庫，篩選出潛在的治療化合物。

主要研究結(jié)果

1.根據(jù)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因的共識(shí)聚類鑒定兩種ccRCC亞群

根據(jù)295個(gè)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因的共識(shí)聚類，將TCGA數(shù)據(jù)集中的ccRCC樣本形成了C1 (n = 360)和C2 (n = 166)兩個(gè)亞群(圖1A)。C2亞群患者的生存期OS比C1亞群患者的OS更短(圖1J)。

2.針對(duì)C1和C2亞群的分析內(nèi)容

3.構(gòu)建內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型

對(duì)C1和C2亞群之間的差異表達(dá)基因（DEGs)進(jìn)行單因素Cox回歸分析、LASSO回歸分析，得到19個(gè)基因(圖3A-C)。對(duì)這些基因進(jìn)行多因素Cox回歸分析，構(gòu)建了一個(gè)包含11個(gè)基因的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型(圖3D)。根據(jù)中位風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將ccRCC樣本分為高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組。

4.針對(duì)高、低風(fēng)險(xiǎn)組進(jìn)行分析

??總結(jié)

這篇文章的就是基于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)基因進(jìn)行的分析，還構(gòu)建了預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，并分析了潛在的治療藥物。

除此之外，還可以分析內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)的lncRNA，比如這篇“一種內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)lncRNA標(biāo)記用于膠質(zhì)瘤的預(yù)后預(yù)測和免疫治療”。

而且，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激與多種疾病都密切相關(guān)，包括神經(jīng)退行性變、腎病、非酒精性脂肪肝等等，所以除了腫瘤，在非腫瘤疾病中也可以分析哦，例如這篇“綜合分析顱內(nèi)動(dòng)脈瘤的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激”。

如果你還沒有選好研究方向，或者對(duì)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激感興趣又不知如何入手的小伙伴快來聯(lián)系小云吧！