一篇介紹了mQTL和共定位分析，可以將SNP和甲基化聯(lián)系起來。但是，在SNP → Methy → Phenotype這個模型中，到底誰是原因，誰是結(jié)果呢？因此，需要進行因果關(guān)聯(lián)分析。

1. 因果推斷檢驗（CIT）分析

找到差異甲基化位點之后，如果想進一步判斷差異甲基化位點是否對疾病等表型起因果決定作用，可以進行因果推斷檢驗（CIT）分析。其通過4個假設(shè)條件的檢驗，找到類似于SNP→Methy→Phenotype的中間調(diào)控作用關(guān)系。這4個假設(shè)分別是：

i）SNP與Phenotype具有顯著關(guān)聯(lián)；

ii）SNP與Methy具有顯著關(guān)聯(lián)（在校正Phenotype的影響之后）；

iii）Methy與Phenotype具有顯著關(guān)聯(lián)（在校正SNP的影響之后）；

iv）SNP與Phenotype相互獨立（在校正Methy的影響之后）；

如果上述4個條件同時滿足，則SNP→Methy→Phenotype的關(guān)系在當(dāng)前實驗數(shù)據(jù)下具有統(tǒng)計顯著性。其中第4個條件尤為值得注意，其驗證SNP與Phenotype相互獨立，從而排除了SNP同時影響Phenotype和Methy且后兩者并無直接關(guān)聯(lián)的情況。

2. 孟德爾隨機化分析（MR）

除了CIT分析外，也可以進一步進行孟德爾隨機化分析（MR）。

孟德爾隨機化分析也是一種檢驗因果關(guān)聯(lián)關(guān)系的方式。該方法的側(cè)重點在于檢驗“甲基化 -> 性狀”的因果關(guān)聯(lián)顯著性。而CIT分析則是檢驗“SNP -> 甲基化 -> 性狀”的因果關(guān)聯(lián)顯著性。不過孟德爾隨機化分析需要引入instrument變量，即同時對甲基化和性狀產(chǎn)生影響的變量，一般即為SNP。在instrument變量的前提下，進行統(tǒng)計分析。

注：CHR：染色體；CpG pos：CpG位點編號；TEST：統(tǒng)計模型種類；Effective Size：效應(yīng)量；STAT：回歸系數(shù)檢驗統(tǒng)計量；P：因果分析P值；

通過上述兩種方法的分析，我們對甲基化，SNP，性狀三者的關(guān)系有了進一步的了解，把表觀遺傳，基因組遺傳和外在表型的關(guān)系聯(lián)系了起來。如果一個研究能做到這一步，發(fā)現(xiàn)好的結(jié)果，那么離成功就很近了。