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科研代碼分享|你還在用散點(diǎn)圖來(lái)可視化數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性?

2022-05-31 16:01 作者:爾云間  | 我要投稿

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真香提示:文末可以知道如何獲取代碼~??

提到相關(guān)性,小伙伴們是不是第一反應(yīng)就是下邊這些平平無(wú)奇的散點(diǎn)圖,一眼望過(guò)去,小編覺(jué)得SCI又無(wú)望了!

直到小編看到了下邊這張花里胡哨的網(wǎng)絡(luò)圖,就沉迷于由這個(gè)細(xì)胞“編織”的“人際關(guān)系”了。

此圖來(lái)自文獻(xiàn)

自從看到這張網(wǎng)絡(luò)圖,小編檢索了大量的文章,發(fā)現(xiàn)有好多文章已經(jīng)利用了該圖,有的不只利用細(xì)胞,還對(duì)基因進(jìn)行了“人際關(guān)系分析”可視化,比如下邊這篇文章就對(duì)m6A調(diào)節(jié)因子之間進(jìn)行了相關(guān)性可視化

細(xì)心的你肯定會(huì)發(fā)現(xiàn)這個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖中反應(yīng)的信息居多,比如節(jié)點(diǎn)的顏色代表細(xì)胞所屬的cluster,節(jié)點(diǎn)的大小代表生存分析的log_rank_p,用圓心點(diǎn)的顏色展示HR,連線顏色代表正/負(fù)相關(guān),連線的粗細(xì)代表相關(guān)性Pvalue,對(duì)于一張圖就能折射出大量的有用信息,你們難道不心動(dòng)嗎?

因此,小編又貼心上線整理了代碼喲,該流程要求用戶提供兩個(gè)輸入文件,一個(gè)是細(xì)胞在各個(gè)樣本的浸潤(rùn)水平,另外一個(gè)就是細(xì)胞屬性文件,這里小編用的是細(xì)胞的生存分析結(jié)果,大家也可以整理其他屬性進(jìn)行繪制喲。整理好文件后,就可以利用該程序運(yùn)行了。當(dāng)然這里小編模擬的是細(xì)胞,大家也可以基于基因表達(dá)矩陣進(jìn)行基因間的關(guān)系探索喲啦

附件包括了:示例數(shù)據(jù)文件夾:里邊是本次流程的輸入文件

代碼測(cè)試文件夾:里邊是本次分析用到的代碼

輸出結(jié)果文件夾:里邊是本次流程生成的示例圖片

readme.txt文件:是對(duì)輸入文件的說(shuō)明

以下是該流程分析出來(lái)的圖片,大家后期可以用AI調(diào)整下文字間距哈~

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù)“B10”領(lǐng)取!?


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