在休伯利安級行將退役的時候，事情發(fā)生了轉(zhuǎn)機，796年的亞提斯會戰(zhàn)結(jié)束后不久，同盟軍決定新建一支常備艦隊。這支由第4、第6艦隊的殘兵敗將組成的艦隊第一個任務(wù)就是攻占伊謝爾倫要塞。原本選定阿格特拉姆作為旗艦，但因為是副司令官費雪的坐艦，所以楊威利轉(zhuǎn)而選擇了第4邊境星域警備艦隊服役的休伯利安號作為第13艦隊旗艦。于是休伯利安號被緊急召回海尼森軌道船廠進行全面的升級改裝。出乎所有人的意料，此次改裝并沒有升級作為旗艦核心的艦隊管制系統(tǒng)，而是加裝了大量的FLT天線，據(jù)推測是此次作戰(zhàn)只有半個艦隊參加，以休伯利安的管制能力足以指揮整個艦隊，而作戰(zhàn)區(qū)域是通訊條件惡劣的伊謝爾倫走廊，所以通訊能力升級被放在了首位。武備上換裝了與埃阿斯級同型號的主炮和舷炮，單純換算的話，休伯利安號擁有埃阿斯級80%的火力。艦尾也更換成了類似埃阿斯級的可動式穩(wěn)定導(dǎo)流板，不過因為尺寸和工期的原因，采用了簡化設(shè)計。經(jīng)過1個半月，休伯利安號完成了升級工作，因為改裝時間緊迫，舷號忘記變更成了1301,還是保留了原來的舷號144M。

796年4月27日，第13艦隊以訓練為名從海尼森出發(fā)，在5月5日與第3邊境星域警備艦隊會和后向此次作戰(zhàn)的目的地伊謝爾倫要塞前進，在5月14日兵不血刃的占領(lǐng)了伊謝爾倫要塞。消息傳回海尼森后，同盟舉國歡騰，因為宣傳的需要，舷號依舊沒有改動。此次作戰(zhàn)的成功，并沒有像楊威利所想的那樣贏得短暫的和平，反而因為別有用心之人的野心和最高評議會的一己私利，同盟軍舉全國之力展開了聲勢浩大的大遠征行動：8支常備艦隊，加上支援艦艇共計20萬艘受命進攻帝國本土。第13艦隊也在其中，為此將第二艦隊編入其中，使第13艦隊戰(zhàn)艦數(shù)量達到了13000艘，這已經(jīng)超過了休伯利安的單艦管制能力，不過艦隊調(diào)度任務(wù)由擁有完整艦隊指揮管制能力的阿格特拉姆擔任，休伯利安只需要命令發(fā)布即可，所以對艦隊指揮沒有任何影響。

因為同盟軍指揮層的輕敵，大遠征以慘敗告終，同盟軍損失慘重，完整的常備艦隊只剩下第1和第11艦隊。第13艦隊合并了第8，第10艦隊的殘部，編成伊謝爾倫要塞駐留艦隊。不久后，新型艦隊旗艦特利古拉夫帶領(lǐng)著新造戰(zhàn)艦編入駐留艦隊，使得戰(zhàn)艦數(shù)量達到了驚人的16000艘。當大家以為楊威利會選擇特利古拉夫作為駐留艦隊總旗艦時，他卻依舊選擇了休伯利安，雖然可能是因為懶惰才不想換坐艦，但這也從側(cè)面可以看出，楊威利并不看重單艦的指揮能力。這是因為楊艦隊的指揮體系與其他艦隊不同，采用了分散式指揮模式，作戰(zhàn)時艦隊由司令部和各個分艦隊的旗艦構(gòu)成集團連攜指揮，由擁有完整艦隊指揮管制能力的阿格特拉姆擔任艦隊調(diào)度任務(wù)，莫利亞和特利古拉夫帶領(lǐng)艦隊攻擊，休伯利安只需要命令發(fā)布即可，同時楊給予了分艦隊司令相當大的指揮權(quán)限，使得各個分艦隊可以在脫離指揮后長時間的獨立作戰(zhàn)，可以說是半獨立艦隊。

797年5月18日，駐留艦隊第一戰(zhàn)的對手，是加入政變派的第11艦隊。此前在鎮(zhèn)壓4個星域的叛亂時，同盟軍各個星域警備艦隊紛紛組成義勇軍與楊艦隊匯合，這其中就有一艘休伯利安級，在數(shù)量和情報的絕對優(yōu)勢下，楊艦隊以極低的戰(zhàn)損率戰(zhàn)勝了第11艦隊。政變最終失敗了，但結(jié)果是苦澀的，同盟軍失去了唯一的一支機動艦隊，大批參與政變的有能軍官被迫離開軍隊，同時國力大幅衰退。而同時期的帝國內(nèi)戰(zhàn)不僅沒有損傷帝國的國力，反而通過沒收貴族的財產(chǎn)和進行改革大幅增強，至此，兩國的平衡已經(jīng)完全被打破了。但由于伊謝爾倫要塞的存在，帝國軍也無法對同盟大舉進攻，只能進行一些邊境摩擦。

內(nèi)戰(zhàn)后，同盟軍已經(jīng)無力組建正規(guī)艦隊了，只能組建一些獨立艦隊，而有著豐富實戰(zhàn)經(jīng)驗的楊艦隊中層軍官們，為了自己的前途也紛紛轉(zhuǎn)崗到這些新組建的艦隊。老兵留下的空缺只能由新兵頂替，但是新兵們的戰(zhàn)斗素質(zhì)卻無法得到快速提升，這就造成了楊艦隊的戰(zhàn)斗力在不斷下滑中。798年1月22日，在靠近帝國領(lǐng)的邊境進行新兵訓練和巡邏的亞典波羅艦隊遭遇到了帝國軍巡邏艦隊，雙方艦隊數(shù)量基本相等，但是士兵的素質(zhì)確實天差地別，亞典波羅艦隊有一半戰(zhàn)艦是由新兵操作的。果不其然，開戰(zhàn)后不久同盟軍艦隊就失去了連攜，本應(yīng)由護衛(wèi)艦艇保護的航母暴露在敵人的炮火下，造成了大量不必要的傷亡。諷刺的是，同盟軍艦隊毫無章法的丑態(tài)被帝國軍指揮官艾辛多夫少將認為是楊威利的詭計，從而采取謹慎應(yīng)戰(zhàn)，穩(wěn)扎穩(wěn)打的策略，使得同盟軍艦隊在苦苦支撐了9小時后得到了主力艦隊的救援。而在這次的救援行動中，梅爾卡茲一級上將首次搭乘了休伯利安，從此與本艦結(jié)下了不解之緣。