生信分析想關(guān)聯(lián)一下單細(xì)胞，蹭個(gè)熱點(diǎn)，但又不想再去重新分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)？

小編來(lái)給你支個(gè)招— —只需1個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)就可以搞定哦！

它就是腫瘤微環(huán)境單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)-TISCH，在單細(xì)胞水平提供了詳細(xì)的細(xì)胞類型注釋和基因表達(dá)情況，分析圖可直接放在文章里（ps:已經(jīng)有很多免疫相關(guān)生信文章用TISCH數(shù)據(jù)庫(kù)做TME單細(xì)胞分析了，需要的小伙伴快去嘗試一下吧）

1. 數(shù)據(jù)庫(kù)信息

TISCH收集了來(lái)自GEO和ArrayExpress的共76套高質(zhì)量腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及相應(yīng)的病人信息，數(shù)據(jù)涵蓋了27種癌癥類型。此外，TISCH還收集了3套健康人群的外周血單核細(xì)胞（PBMC）數(shù)據(jù)，方便用戶對(duì)照了解正常免疫細(xì)胞的基因表達(dá)水平。目前更新TISCH2數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)收錄190個(gè)數(shù)據(jù)集的6297320個(gè)細(xì)胞。網(wǎng)址：http://tisch.comp-genomics.org，開(kāi)源網(wǎng)站、可免費(fèi)使用。

2. 網(wǎng)站主頁(yè)

TISCH主要提供了兩個(gè)功能模塊，數(shù)據(jù)集模塊和基因模塊。

3. 基因模塊

??對(duì)于單個(gè)基因，TISCH2支持探索其在不同數(shù)據(jù)集或癌癥類型中的表達(dá)水平、共表達(dá)基因和臨床效果。

??檢索結(jié)果包括基因在不同數(shù)據(jù)不同細(xì)胞類型中的表達(dá)水平（熱圖和小提琴圖，點(diǎn)擊某一數(shù)據(jù)集會(huì)顯示小提琴圖），TCGA生存分析和共表達(dá)基因。

4. 數(shù)據(jù)集模塊

??對(duì)于單個(gè)數(shù)據(jù)集，TISCH2提供細(xì)胞類型注釋、表達(dá)可視化、差異基因表達(dá)、GSEA結(jié)果、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)子分析結(jié)果和細(xì)胞-細(xì)胞相互作用結(jié)果。對(duì)于多個(gè)數(shù)據(jù)集，TISCH2提供基因表達(dá)比較。

??點(diǎn)擊某一數(shù)據(jù)集，下方會(huì)顯示該數(shù)據(jù)集中包含的細(xì)胞類型注釋、差異基因表達(dá)、GSEA結(jié)果、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)子分析結(jié)果和細(xì)胞-細(xì)胞相互作用結(jié)果；

??選擇多個(gè)數(shù)據(jù)集，輸入感興趣的基因（最多6個(gè)）或上傳基因特征，可顯示各數(shù)據(jù)集中基因的分布；

結(jié)語(yǔ)

本次數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和操作演示就分享到這里了，作為一個(gè)開(kāi)放的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)，TISCH憑一己之力幫你解決“想蹭單細(xì)胞的熱點(diǎn)但又不想再去重新分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)”的難題，關(guān)注腫瘤微環(huán)境或免疫相關(guān)生信的小伙伴快去數(shù)據(jù)庫(kù)試試吧!

參考文獻(xiàn)

Sun, Dongqing et al. “TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.” Nucleic acids research vol. 49,D1 (2021): D1420-D1430.