進(jìn)化樹美化——evolview基本命令速查與教程
Evolview是一款強(qiáng)大的進(jìn)化樹在線編輯軟件,使用它可以制作出高顏值的進(jìn)化樹,網(wǎng)站地址為https://evolgenius.info//evolview-v2。來看幾個(gè)例子吧:



操作界面:功能菜單主要分為Basic、Advanced、Annotation upload及Export四塊。




操作流程及命令
1、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備:該網(wǎng)站支持newick(常用格式)、nhx、nexus及phyloXML四種數(shù)據(jù)格式的文件。
2、導(dǎo)入數(shù)據(jù):通過MEGA等軟件將進(jìn)化樹保存成newick格式文件,然后在Basic工具欄中點(diǎn)擊upload tree file選項(xiàng),輸入project、name,然后選擇要導(dǎo)入的文件,最后點(diǎn)擊Submit即可完成文件的導(dǎo)入;

3、基礎(chǔ)設(shè)置:通過Basic及Advanced中的一些功能選項(xiàng)對(duì)進(jìn)化樹的字體、樹形等進(jìn)行個(gè)性化設(shè)置;
4、進(jìn)化樹美化:(英文格式輸入,命令間使用tab鍵隔開)
1)分支顏色的設(shè)置:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的樹分支顏色設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加顏色(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


2)字體顏色設(shè)置:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的字體顏色設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)字體添加顏色(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


3)字體背景顏色:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的字體背景顏色設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)字體背景添加顏色(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


4)分組標(biāo)記:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的分組標(biāo)記設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分組添加標(biāo)記(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


5)標(biāo)簽裝飾:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的標(biāo)簽裝飾設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加標(biāo)簽(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


6)形狀標(biāo)記:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的形狀標(biāo)記設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加形狀標(biāo)記(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


7)添加柱形圖:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的柱形圖設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加柱形圖(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


8)添加氣泡圖:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的氣泡圖設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加氣泡圖(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


9)添加熱圖:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的熱圖設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)給相應(yīng)分支添加熱圖(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


10)bootstrap:點(diǎn)擊Annotation upload選項(xiàng)中的bootstrap設(shè)置按鈕,輸入文件name,在下方Data窗口中輸入具體參數(shù)對(duì)相應(yīng)分支bootstrap數(shù)值進(jìn)行展示(具體參數(shù)可點(diǎn)擊help查看官方詳細(xì)配置說明);


11)其他:除了以上的美化設(shè)置外,還可以展示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域等信息,大家可以去探索一下;


5、圖形展示順序:可以通過左側(cè)工具欄查看自己添加的圖形,并可對(duì)其是否展示及展示順序進(jìn)行調(diào)整。而且這個(gè)網(wǎng)站也提供了很多例子供大家參考。

6、圖形導(dǎo)出:通過Export按鈕進(jìn)行圖形導(dǎo)出,支持pdf/png/jpeg/tif等在內(nèi)的多種格式。

以上就是今天所有的內(nèi)容,希望對(duì)您有所幫助?。?!
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