? ? ? 此前文章中小編已經(jīng)給大家介紹了微生物群落組成多樣性分析的三大主要板塊——Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析及群落結(jié)構(gòu)組成分析。然而，在微生物高通量測序數(shù)據(jù)分析過程中，分析環(huán)境因子是否對微生物的群落結(jié)構(gòu)造成一定影響也是其中很重要的一個板塊。所以，小編今天要給大家講的內(nèi)容就是使用RDA分析方法分析環(huán)境因子對微生物群落的影響。

? ? ? RDA，即冗余分析（Redundancy Analysis），是一種響應(yīng)變量矩陣與解釋變量之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，說的通俗點(diǎn)其實(shí)就是約束化的PCA分析。通過RDA分析可以實(shí)現(xiàn)將樣本和與其對應(yīng)的環(huán)境因素同時反映在同一個圖中，以此揭示出環(huán)境因子是否對樣本分布或則樣本微生物群落結(jié)構(gòu)等造成影響。

1、加載包

2、加載數(shù)據(jù)

3、RDA分析

1）使用decorana函數(shù)檢測我們的數(shù)據(jù)是否符合做RDA的要求

2）vegan包rda函數(shù)支持RDA分析

3）提取數(shù)據(jù)

4、繪制RDA圖

5、添加環(huán)境因子數(shù)據(jù)

6、AI美化

源碼及作圖數(shù)據(jù)在公眾號后臺回復(fù)“RDA”即可獲?。。?！