LACHESIS這個軟件名字起得很好，Lachesis是希臘神話眾神之一，負(fù)責(zé)決定生命之線的長度，但是安裝起來，卻非常折騰生命，很是麻煩。該軟件是由shendurelab開發(fā)的用于輔助基因組組裝的工具，13年發(fā)表在nat bio(https://doi.org/10.1038/nbt.2727)上面，也是非常牛了。

github地址：https://github.com/shendurelab/LACHESIS

我們看一下它的依賴，真多，還對版本有要求，用conda安吧，發(fā)現(xiàn)還沒有，簡直了。。。

其中LACHESIS需要兩個依賴對版本的要求，一個低版本的samtools(低于0.1.19)和C++的庫boost庫(1.52.0<版本<1.67.0)，boost庫要求是參考網(wǎng)友的帖子來的。

查一下服務(wù)器上boost庫版本吧：

cat /usr/include/boost/version.hpp | grep "BOOST_LIB_VERSION"

//? BOOST_LIB_VERSION must be defined to be the same as BOOST_VERSION

#define BOOST_LIB_VERSION "1_53"

謝天謝地，可以少安一個。

1.安裝0.1.19版本的samtools和剩下的幾個依賴：

2.安裝LACHESIS:

然后報錯：

由于之前安裝的samtools并不是安裝在/usr目錄下，因此要修改:src/include/gtools/目錄下的SAMStepper.h和SAMStepper.cc中的

#include, 指向?qū)嶋H地址。

例如我的是

#include </public/home/lvqiang/software/samtools-0.1.19 /sam.h>

再重新make,成功安裝。

3.錯誤總結(jié)：

1. error: either specify a valid samtools installation with --with-samtools=DIR

一開始我用conda install -c yuxiang samtools 安裝的0.1.19的samtools，在miniconda3/bin/目錄也能成功運(yùn)行，可提示samtools安裝不正確，我們注意一下上面幾個no提醒，conda安裝的bin/目錄下沒有sam.h這樣的文件，而非conda安裝的有。手動安裝0.1.19版本的samtools后再export后，這個錯誤就沒有了。

4.后記：

這款軟件沒有conda版本，事實(shí)上，其開發(fā)團(tuán)隊(duì)早就不維護(hù)這個軟件了，GitHub主頁上也推薦使用https://github.com/theaidenlab里的工具進(jìn)行組裝。我安裝它完全是因?yàn)榭粗局暗慕Y(jié)題報告有用到它，也就安裝了，即使在安裝過程中隨著了解知道了這個軟件使用上的有很多問題，安裝困難、無法處理多倍體、已經(jīng)許久不維護(hù)、運(yùn)行時還會出問題?？赡芪液笃诙疾粫眠@個軟件。

至此，軟件安裝的工作告一段落(這段時間安裝了50多個軟件了)，開始在我的數(shù)據(jù)到來之前，從公眾數(shù)據(jù)庫下一些數(shù)據(jù)做一些和自己課題相關(guān)的分析吧。

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