大家好！我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺的工程師小宇，今天我來給大家分享怎樣用BioLadder畫出常見的富集弦圖！

?如果您反饋問題，報告Bug，提出新的需求，請直接在公眾號內(nèi)發(fā)留言給我哦！為感謝您對BioLadder的認(rèn)可我們還有星爸爸同款收納包相贈哦！小宇先謝謝大家嘍！

1.什么是富集弦圖？

富集弦圖：分別展示出每個Term富集到哪些基因以及這些基因的上下調(diào)情況。

左側(cè)為差異基因，顏色變化表示logFC從小到大的變化，紅色為上調(diào)，藍色為下調(diào)；右側(cè)為富集結(jié)果的Term，兩者相連表示基因富集到該Term中。

富集弦圖一般顯示3-10個通路較為合適，太多通路，會導(dǎo)致太過密集，反而看不清。

本文我們就來討論一下富集弦圖是如何繪制的。

2.繪圖前的數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

需要2個文件

2.1?每個通路對應(yīng)哪些基因

包含2列數(shù)據(jù)，第1列為通路名稱，第2列為每個通路對應(yīng)的基因，基因之間用","或", "或"|"分隔開。demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData1.txt下載。

2.2?每個基因?qū)?yīng)的logFC（可選）

第一列為基因名稱，第二列為logFC。注意基因要和第一個文件對應(yīng)。demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/GOplot/demoData2.txt下載。

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3. BioLadder生信云平臺在線繪制富集弦圖

不想寫代碼？可以用BioLadder生信云平臺在線繪制富集弦圖。網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/28

3.1?上傳文件

點擊“選擇”按鈕上傳自己的文件

備注：

點擊查看按鈕可以查看自己的上傳的數(shù)據(jù)；點擊下載示例，可以下載demo數(shù)據(jù)；

?

3.2?調(diào)整參數(shù)

??基因排序方式：可以選擇默認(rèn)排序，或按照基因的字母排序，或按照logFC的大小排序

??字體大?。夯蛎Q字體大小

??圖例大?。簣D例圖案及圖例字體的大小

??線條顏色(選擇配色方案)：選擇一種你喜歡的配色方案

3.3?提交查看

上傳完數(shù)據(jù)，并調(diào)好參數(shù)后，點擊右上方“提交”按鈕，圖像會出現(xiàn)在左側(cè)。如果沒有上傳自己的數(shù)據(jù)，會使用默認(rèn)的demo數(shù)據(jù)繪圖。

??

3.4?下載

首先，挑選自己想要的格式有png，jpg和pdf供選擇，接著調(diào)整圖片的寬，高和分辨率（注：這里的寬高比會反饋到左上的繪圖區(qū)），最后點擊“Download”下載按鈕，將圖片保存到本地。備注：關(guān)于分辨率DPI的解釋，分辨率（DPI）指的是圖像每英寸長度內(nèi)的像素點數(shù)。假如需要長10英寸，寬10英寸的，分辨率300的圖片。對應(yīng)的電腦里的像素就是10*300=3000像素。

4.BioLadder生物信息在線分析可視化云平臺

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/BioLadder目前上線了生物學(xué)分析最常用的50多個模塊，主要包括以下四類：數(shù)據(jù)可視化：箱線圖，南丁格爾玫瑰圖，韋恩圖，UpSet圖，餅圖，詞云圖，小提琴圖，餅圖/甜甜圈圖，弦圖，柱形圖等組學(xué)數(shù)據(jù)分析：序列的多重比對，表達數(shù)據(jù)的CV曲線圖，餅圖/甜甜圈圖，T-SNE，熱圖，趨勢分析的mFuzz，差異分析的火山圖，富集分析的氣泡圖，修飾位點上下游模體分析的seqLogo，Motif熱圖等功能分析：GO弦圖，相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，富集分析數(shù)據(jù)預(yù)處理：歸一化，補值，F(xiàn)DR校正，長寬表互換等

好了富集弦圖的繪制就到這里了，后續(xù)大家想要了解什么內(nèi)容可以給我們評論反饋，我們會根據(jù)大家的意見持續(xù)更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優(yōu)化意見，使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析首選平臺！