還記得嗎，膜體系酵母雜交篩選前，需要根據(jù)蛋白質(zhì)跨膜情況，選用不同的誘餌載體，以便于與互作蛋白相連的泛素NubG和Cub-LexA-VP16可以在空間上靠近，從而被泛素特異性蛋白酶（UBPs）識別、切割、啟動報告基因表達(dá)，進(jìn)而篩選相互作用因子。如果不記得了… …通過下面的表格回顧起來吧

那么問題來了，雖然知道什么情況選擇何種載體了，然而我的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)到底是怎么樣的呢？N端、C端到底在哪兒？以及N端有無信號肽呢？

這個時候就需要我們通過蛋白質(zhì)的氨基酸序列來預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)了。

下面，小編就來介紹幾個常用的蛋白預(yù)測網(wǎng)站：為了方便說明，我們以一個已報道過的水稻蛋白（Golgi SNAP receptor complex member 1 ?Os08g0440000）為例進(jìn)行介紹。

首先，找到目的基因的ORF區(qū)，翻譯為氨基酸序列。如果是已登錄的基因，可以直接在NCBI上下載。

下面是該基因的氨基酸序列：

打開在線軟件TMHMM網(wǎng)址，輸入目的序列：

然后，點擊提交，等待預(yù)測結(jié)果，如下：

預(yù)測結(jié)果如圖所示，該蛋白預(yù)測結(jié)果，含有1個跨膜域（197-216 aa），N端位于胞內(nèi)（1-196 aa），C端位于胞外。

感覺是不是so easy，下面再介紹第二個在線蛋白預(yù)測軟件Phobius。同樣的，分兩步走，首先找到目的蛋白的氨基酸序列，然后輸入、提交、分析預(yù)測結(jié)果即可。

下面是 Os08g0440000在Phobius中的預(yù)測結(jié)果，該網(wǎng)站預(yù)測結(jié)果中還包含蛋白是否含有信號肽， Os08g0440000不含信號肽，而蛋白跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果與TMHMM預(yù)測一致。

打開第二個在線蛋白預(yù)測軟件Phobius網(wǎng)址，輸入目的序列：

綜合不同網(wǎng)站分析結(jié)果，再根據(jù)前面載體選擇條件就可以選擇相應(yīng)的載體了~~~~~

對了，本例中的Os08g0440000可以選擇誘餌載體pBT3-N。

最后，小編再附送蛋白亞細(xì)胞定位、功能域、信號肽在線預(yù)測網(wǎng)站，感興趣的小伙伴可以去進(jìn)行嘗試噢~~~~

原創(chuàng)聲明：本文由歐易生物(OEBIOTECH)學(xué)術(shù)團(tuán)隊報道，本文著作權(quán)歸文章作者所有。歡迎個人轉(zhuǎn)發(fā)及分享，未經(jīng)作者的允許禁止轉(zhuǎn)載。