【網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)】二、疾病靶點(diǎn)篩選

二、疾病靶點(diǎn)篩選
1.主要常用數(shù)據(jù)庫(kù)
(1)GeneCards(https://www.genecards.org/)注:需注冊(cè)登錄。
①搜索所需查找的疾病。(例:PCOS)

②點(diǎn)擊“Export”項(xiàng)目下的“Export to Excel”,導(dǎo)出EXCEL文件。

③打開下載好的文件,將第一列“Gene Symbol”項(xiàng)目下的靶點(diǎn)復(fù)制到EXCEL備用。

(2)DisGeNET(https://www.disgenet.org/search)注:需注冊(cè)登錄。
①輸入疾病名稱,點(diǎn)擊下方出現(xiàn)的疾病。

②點(diǎn)擊搜索。

③點(diǎn)擊“Summary of Gene-Disease Associations”。

④點(diǎn)擊Download,導(dǎo)出EXCEL文件。


⑤打開EXCEL文件,篩選出“Score_gda”0.1以上的靶點(diǎn),將“Gene”項(xiàng)下的靶點(diǎn)復(fù)制到EXCEL備用。

(3)OMIM(https://omim.org/)
①點(diǎn)擊“Gene Map”。

②輸入疾病名稱,點(diǎn)擊搜索。

③點(diǎn)擊“Download AS”項(xiàng)目下的“Excel File”。

④打開下載好的EXCEL文件,將“Gene/Locus”項(xiàng)下的靶點(diǎn)復(fù)制到EXCEL中。


⑤選中所有數(shù)據(jù),點(diǎn)擊“數(shù)據(jù)”→“分列”。

⑥點(diǎn)擊“下一步”,勾選“逗號(hào)”,點(diǎn)擊“下一步”,點(diǎn)擊“完成”。



⑦每一列分別升序排列,選擇“以當(dāng)前選定區(qū)域排序”,點(diǎn)擊“排序”。



⑧每一列分別選中,點(diǎn)擊“數(shù)據(jù)”→“刪除重復(fù)值”,選擇“以當(dāng)前選定區(qū)域排序”,點(diǎn)擊“刪除重復(fù)項(xiàng)”,點(diǎn)擊“確定”。



⑨通過(guò)“查找和替換”將空格刪除。

⑩將所有數(shù)據(jù)合并到一列,并按上述方法刪除重復(fù)項(xiàng),復(fù)制到EXCEL備用。

(3)Pharmgkb(https://www.pharmgkb.org/)
①輸入疾病名稱并搜索。

②勾選左側(cè)Gene。

③右鍵基因名稱,點(diǎn)擊“在新標(biāo)簽頁(yè)中打開鏈接”。

④復(fù)制基因名,粘貼到EXCEL中備用,其他基因同上。


2.其他數(shù)據(jù)庫(kù)
(1)Drugbank(https://go.drugbank.com/)

(2)TTD(https://db.idrblab.net/ttd/)

(3)GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/)
