據(jù)說，今天是「1024」，也就是網(wǎng)傳的「程序員」節(jié)。雖然我不是「程序員」，不過今天還是可以給大伙分享一款「玩著游戲」就把「科研做了」的工具。

硬件配置要求

硬盤空間：不小于100Gb，我主要是擔(dān)心你的 BAM 文件太大
內(nèi)存大?。翰恍∮?8Gb，其實(shí) 4Gb 也不是不行
CPU：能跑就行
GPU：基本用不上
其他：鍵盤鼠標(biāo)，你總要有吧？

軟件要求

操作系統(tǒng)：Windows XP 以上，最好 Win7 Win10；MacOS 也可以；Linux的話，也不是不行
程序要求：IGV-GSAman（到軟件內(nèi)測群獲?。?br>其他：無，只是你最好有網(wǎng)絡(luò)，有時(shí)候你還是想用一下一些搜索引擎，以及聊天

為什么玩？

玩一個(gè)游戲，關(guān)鍵是「獲得現(xiàn)實(shí)生活中無法被滿足的成就感」。GSAman是一款能讓你同時(shí)在游戲里面以及在現(xiàn)實(shí)中都獲得成就感的游戲。非常實(shí)用。我們可以看看，為什么會(huì)有成就感。
首先，這個(gè)游戲玩好了，那么就可以讓不少人不會(huì)白做實(shí)驗(yàn)

其次，這個(gè)游戲玩好了，不會(huì)影響別人的心情

然后，這個(gè)游戲玩好了，可以讓很多人少做一些實(shí)驗(yàn)，多點(diǎn)時(shí)間一起玩其他游戲

最后，這個(gè)游戲玩好了，還可以改變別人的人生軌跡！！！

所以，「GSAman」這個(gè)游戲，小玩可獨(dú)善其身，大玩特玩可兼濟(jì)天下。多有成就感？對(duì)不對(duì)？

怎么玩？

任務(wù)目標(biāo)，非常簡單，也就是「不擇手段把一個(gè)基因組的基因結(jié)構(gòu)注釋給矯正完全」。這里我們看幾個(gè)實(shí)例，比如

這個(gè)圖中顯示的，玉米這個(gè)位點(diǎn)的原始注釋非常糟糕。把兩個(gè)相鄰基因的各一半注釋成一個(gè)。你需要使用 GSAman 提供的各種工具，結(jié)合各類自己想象得到的手段，把這個(gè)區(qū)間注釋成三個(gè)基因。這里可以相對(duì)明確的看到，應(yīng)該是 三個(gè)基因。尤其是后面另個(gè)，肯定是要拆分開來。
具體也可以看看之前我們分享的游戲教程

生信石頭

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你可以不擇手段，比如使用近源物種的序列，注釋信息；可以使用二代測序，三代測序，鏈特異轉(zhuǎn)錄組測序，甚至是任何組學(xué)數(shù)據(jù)；導(dǎo)入BLASTN結(jié)果等等。甚至，你還可以使用自己的超級(jí)大腦，去判斷每一個(gè)外顯子的邊界，預(yù)測基因結(jié)構(gòu)。
可以用的工具，非常豐富，比如

生信石頭

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其中包括復(fù)制序列，一鍵重構(gòu)轉(zhuǎn)錄本，增加，刪除，切開，合并，調(diào)整信息。你一定要注意，鍵盤按住Ctrl或者Command鍵，就可以鼠標(biāo)拖拽修改外顯子的位置，這個(gè)是個(gè)秘訣。
當(dāng)然，最好是參考這個(gè)博文《IGV-GSAman | 極大提高「功能基因組學(xué)」研究效率的基因組瀏覽器》。
還支持臨時(shí)存檔，時(shí)光機(jī)《GSAman | 「時(shí)光機(jī)」！人工矯正基因結(jié)構(gòu)注釋神器新特性~》。我們支持「后悔模式」，比如你剛剛做的操作，覺得玩得不對(duì)，那就退回去，重新玩。確保你的勝率一定不低。關(guān)鍵是這個(gè)是單機(jī)游戲，沒人會(huì)知道你悔棋了。
以及游戲進(jìn)度導(dǎo)出，Export to GFF3
甚至是「協(xié)作模式」，大家一起玩。你們可以約定好，每個(gè)人負(fù)責(zé)一條染色體，或者負(fù)責(zé)染色體的部分，然后分頭行動(dòng)，最后用「TBtools」的 GXF Patch 工具，一次合并成一個(gè)最終文件。這樣就很快打通關(guān)。
當(dāng)然，還可以伙伴競賽。這個(gè)和「協(xié)作模式」一起，每個(gè)人負(fù)責(zé)一個(gè)染色體，或者一個(gè)物種，看誰先打通關(guān)。可以多次重復(fù)嘛，這樣就很公平。
好好玩，說不定，那就是全課題組最靚的仔。

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