李登輝、陳水扁在臺灣島內主政期間，實施所謂“去中國化”政策，在臺灣中小學推行充斥所謂“臺獨史觀”的新課綱，嚴重扭曲了臺灣青少年的國家認同。2008年馬英九就任臺灣地區(qū)領導人后，并未立即著手開展“去臺獨化”工程，直到第一任期即將結束，在臺行政機構前負責人郝柏村等人大聲疾呼“正視中學史地課本”，以及新黨、統(tǒng)盟等強力聲援下，才決定起用統(tǒng)派學者對李、扁造就的所謂“去中國化”課綱撥亂反正。2013年8月課綱微調小組成立，時為臺灣世新大學中文系教授的王曉波就是這個小組的召集人，他同時也參與臺灣高中歷史課綱修訂工作。

此次課綱微調強化大中國史觀，強調兩岸聯(lián)結，揭露日本殖民統(tǒng)治，一些不當用詞被糾正，比如“日本統(tǒng)治”改為“日本殖民統(tǒng)治”，“接收臺灣”改為“光復臺灣”，“慰安婦”改為“婦女被強迫做慰安婦”等等。在課綱修訂過程中，王曉波始終竭盡所能，據理力爭。

王曉波在生前受訪時曾講道：“頭可斷，血可流，理不可屈。你要叫我閉嘴不可能?！?/strong>

即使是課綱“微調”，也引發(fā)了關于調整課綱程序、組成人員等方面的巨大爭議，民進黨和所謂“獨派”社團不斷發(fā)動對新課綱的抵制和抗議，民進黨執(zhí)政的縣市，也公然宣布不使用“微調課綱”。在此背景下，島內部分學生展開串聯(lián)，逐漸成為反課綱主力。2015年7月，臺灣爆發(fā)所謂“反課綱運動”，學生強行闖入并占領臺教育部門，而有情緒障礙的反課綱學生林冠華自殺身亡，讓事件愈演愈烈。

時任臺教育部門主管吳思華質問：“你們的意見別人一定要接受嗎？”

“反課綱微調”學生情緒激動：“你的政策殺了一個人你知道嗎？”“退回‘黑箱課綱’！”

而王曉波作為課綱微調小組召集人，更屢屢為課綱微調親上火線，指出“反課綱微調”學生的謬誤，與不同意見的人士公開辯論。

時為課綱微調小組召集人的王曉波，在2015年受訪時表示：“我是覺得，我們要贊成一件事情，要反對一件事情，要先把事情搞清楚，要做研究。不能人云亦云、以訛傳訛?！?/p>

“反課綱微調”學生質問：“如果說這件事（課綱微調）被日本政府知道了，他們會不會憤怒？會不會覺得不公平？因為畢竟當初是簽了約的?！?/p>

王曉波對此回應：“我們對于歷史、臺灣史課綱的描述,我們能夠站在當時日本殖民統(tǒng)治當局的立場來論述嗎？”

王曉波：一個政黨上來就修一次課綱，是這樣子啊。李登輝上來就一次，然后“皇民化”，然后陳水扁上來又一次，“去中國化”。

臺灣節(jié)目主持人：對你們來講，是撥亂反正的動作。

王曉波回答了兩個字“當然”。

面對綠營將課綱微調政治操作，意圖讓臺灣年輕一代所謂“臺獨”化，王曉波痛心疾首：“我在這里公開地求求蔡英文，救救孩子，饒了孩子，饒了我們臺灣吧！”

面對爭議，臺教育部門最終妥協(xié)，允許新舊課綱并行上路，老師可自主決定。2016年蔡英文當選臺灣地區(qū)領導人,上任的第二天，時任臺教育部門主管潘文忠立刻宣布，將以行政命令停止“微調課綱”的使用。2016年5月31日，馬英九任上的“微調課綱”被正式廢止。

王曉波在2017年受訪時表示：“歷史是扭曲不了的，因為它是已經存在過的事實。這樣的一種扭曲，只不過是對下一代人的一種欺騙隱瞞而已?！_獨’這樣的搞法不能阻擋兩岸的統(tǒng)一，但是卻會造成臺灣下一代人精神的痛苦?！?/p>