第41～50卷

第41卷

發(fā)售日期*：2003年4月9日[日] / 2003年10月10日[臺] / 2003年5月23日[港] / 2003年8月[中]

每話列表：

414 媽媽是敵人!?（ママはライバル!?，Mama wa raibaru!?）

415 槍聲的疑惑（疑惑の銃聲，Giwaku no jūsei）

416 暗黑男爵夫人登場!（闇の男爵夫人登場!，Naito baronisu tōjō!）

417 通往死亡陷阱的黑暗之門（暗闇は死の罠の扉，Kurayami wa desu turappo no tobira）

418 無聲黑暗中的殺人事件（暗闇の音無き殺人，Kurayami no otonaki satsujin）

419 黑暗光影之謎（黒い光の謎，Kuroi hikari no nazo）

420 迫近的包圍網(wǎng)（迫る包囲網(wǎng)，Semaru hōimō）

421 危機四伏（そこにある危機，Soko ni aru kiki）

422 無路可逃的標(biāo)靶（逃れられないターゲット，Nogarerarenai tāgetto）

423 某位來訪者留下的謎（ある來訪者の殘した謎...，Aru raihōsha no nokoshita nazo...）

424 藏在小密室里的秘密（小さな密室に殘された秘密，Chīsana misshitsu ni nokosareta himitsu）

對應(yīng)動畫版：

414-416 相似的兩位公主（續(xù)）（動畫第333-334話）

417-419 東都現(xiàn)像所的秘密（動畫第335-336話）

420-422 4臺保時捷（動畫第338-339話）

423-424 隱藏在廁所的秘密（未完）（動畫第340-341話）

封底鑰匙孔人物：宮野明美

名偵探圖鑒：角落老人《角落里的老人》（艾瑪·奧希茲）

第42卷

發(fā)售日期：2003年7月18日[日] / 2003年12月25日[臺] / 2003年9月19日[港] / 2003年10月[中]

每話列表：

425 被隱匿的真相（隠されていた真実，Kakusareteita shinjitsu）

426 good-bye茱蒂（good-byeジョディ，Gubbai Jodi）

427 小蘭的推理（蘭の推理，Ran no suiri）

428 難以置信的結(jié)局（信じられない結(jié)末，Shinjirarenai ketsumatsu）

429 滿月之夜、暗黑宴會的陷阱（満月の夜と黒い宴の罠，Mangetsu no yoru to kuroi utage no wana）

430 染血的幽靈船（血塗られた幽霊船，Chinura re ta Yuurei Sen）

431 透明人!（透明人間現(xiàn)る!，Tōmei ningen arawaru!）

432 工藤新一登場!?（工藤新一登場!?，Kudō Shinichi tojō!?）

433 面具下的真相（仮面の下の真実，Kamen no shita no shinjitsu）

434 RED APPLE

435 雨中的刻?。ㄓ曛肖慰逃。琔chū no kokuin）

對應(yīng)動畫版：

425 隱藏在廁所的秘密（續(xù)）（動畫第340-341話）

426-428 便利商店的陷阱（動畫第343-344話）

429-434 與黑衣組織正面對決 滿月之夜的雙重迷案（2.5小時特別版）（動畫第345話）

435 尋找屁股上的印記（未完）（動畫第346-347話）

封底鑰匙孔人物：茱蒂·史坦林

名偵探圖鑒：約瑟芬·魯爾塔比伊《黃色房間的秘密》（加斯東·勒魯）

第43卷

發(fā)售日期：2003年10月18日[日] / 2004年1月30日[臺] / 2003年11月10日[港] / 2004年3月[中]

每話列表：

436 尋找臀上的印記?。à筏辘斡·蛱饯?，Oshiri no māku o sagase!）

437 灰原哀的決心（灰原哀の決意，Haibara Ai no ketsui）

438 被遺忘的手機（忘れられた攜帯電話，Wasurerareta keitai denwa）

439 奇妙的電話簿（奇妙なメモリー，Kimyō na memorī）

440 另一位名偵探（もうひとつの名探偵，Mō hitotsu no meitantei）

441 選邊站的推理秀!?（どっちの推理ショー!?，Docchi no suiri shō!?）

442 六面體的留言（六面體のメッセージ，Rokumentai no messeji）

443 解讀死前留言的另一面（ダイイングメッセージの裏を読め!，Daīngu messeji no ura o yome!）

444 捏造出來的留言（仕組まれたメッセージ，Shikumareta messeji）

445 53000之1的惡魔（53,000分の1の悪魔，Goman-hassen-bun no ichi no akuma）

446 甲子園惡魔的挑釁（甲子園の魔物の挑発，Kōshien no mamono no chōh(huán)atsu）

對應(yīng)動畫版：

436-437 尋找屁股上的印記（續(xù)）（動畫第346-347話）

438-440 被遺忘的手機（動畫第350-351話）

441-444 誰才是推理王（動畫第381-382話）

445-446 滿席大甲子園 看不見的惡魔（未完）（2小時特別版）（動畫第383話）

封底鑰匙孔人物：榎本梓

名偵探圖鑒：半七《石燈籠》（岡本綺堂）

第44卷

發(fā)售日期：2004年1月17日[日] / 2004年6月10日[臺] / 2004年2月28日[港] / 2004年6月[中]

每話列表：

447 破解三數(shù)字之謎?。?つの數(shù)字の謎を解け!，Mittsu no sūji no nazo o toke!）

448 沒有提示!？（ヒントが無い!?，Hinto ga nai!?）

449 比賽結(jié)束...!？（試合終了...!?，Gēmu setto!?）

450 從天國直落地獄!?（天國から地獄，Tengoku kara jigoku）

451 無動于衷!?（全然平気!?，Zenzen heiki!?）

452 毫不疑心嗎？（疑わないの?，Utaganai no!?）

453 奇跡（奇蹟，Kiseki）

454 驚愕（驚愕，Kyōgaku）

455 戰(zhàn)栗（戦慄，Senritsu）

456 逃脫（脫出，Dasshutsu）

457 學(xué)校奇譚（學(xué)校奇譚，Gakkō kitan）

對應(yīng)動畫版：

447-449 滿席大甲子園 看不見的惡魔（續(xù)）（2小時特別版）（動畫第383話）

450-452 本廳刑事戀愛物語6（動畫第390-391話）

453-456 怪盜基德之奇異的空中步行（1小時特別版）（動畫第356話）

457 帝丹高中的學(xué)校怪談（未完）（動畫第361-362話）

魔術(shù)快斗1412版

453-456 基德vs柯南 奇跡的空中步行（動畫第16話）

封底鑰匙孔人物：中森銀三

名偵探圖鑒：棟居弘一良《人性的證明》（森村誠一）

第45卷

發(fā)售日期：2004年4月5日[日] / 2004年7月10日[臺] / 2004年5月7日[港] / 2004年6月[中]

每話列表：

458 足跡在哪里!？（足跡はどこに!?，Ashiato wa doko ni!?）

459 課桌椅的真相（殘された機の真実，Nokosareta tsukue no shinjitsu）

460 海上的密室（海の上の開かれた密室，Umi no ue no hirakareta misshitsu）

461 釣餌有毒!?（釣りエサは毒!?，Tsuri ese wa doku!?）

462 親切的燙傷（嬉しい火傷，Ureshī yakedo）

463 秀吉的復(fù)仇（秀吉の大返し，Hideyoshi no ōgaeshi）

464 異樣的感覺（違和感...，Iwakan...）

465 從天空繞道（大空の裏道，ōzora no uramichi）

466 自星光悄悄的（星より密かに，Hoshi yori hisoka ni）

467 想望天空（星を見たかい，Hoshi o mitakai）

468 星空之愿（星に願いを，Hoshi ni negai o）

對應(yīng)動畫版：

458-459 帝丹高中的學(xué)校怪談（續(xù)）（動畫第361-362話）

460-462 顯而易見的碼頭慘?。▌赢嫷?66-367話）

463-465 沉默的航線（動畫第371-372話）

466-468 星星和香煙的暗號（未完）（動畫第374-375話）

封底鑰匙孔人物：冢本數(shù)美

名偵探圖鑒：今西榮太郎《砂之器》（松本清張）

第46卷

發(fā)售日期：2004年7月16日[日] / 2004年9月20日[臺] / 2004年8月20日[港] / 2004年9月[中]

每話列表：

469 星星知道一切（星は何でも知っている，Hoshi wa nandemo shitteiru）

470 前奏曲（前奏曲，Pureryūdo）

471 狂想曲（狂奏曲，Kapuriccho）

472 安魂曲（鎮(zhèn)魂曲，Rekuiemu）

473 即興曲（即興曲，Anpuronputyu）

474 幻想曲（幻想曲，F(xiàn)antajia）

475 封?。ǚ庥?，F(xiàn)ūin）

476 機關(guān)（絡(luò)繰，Karakuri）

477 神器（神器，Jingi）

478 不朽的真理（不滅，F(xiàn)umetsu）

479 疑惑的簡訊（疑惑のメール，Giwaku no mēru）

對應(yīng)動畫版：

469 星星和香煙的暗號（續(xù)）（動畫第374-375話）

470-474 斯托拉帝巴力歐斯不協(xié)調(diào)的和音（動畫第385-387話）

475-478 奇異屋宇的大冒險（動畫第394-396話）

479 奇妙一家的委托（未完）（動畫第398-399話）

封底鑰匙孔人物：羽賀響輔

名偵探圖鑒：基甸·菲爾博士《三口棺材》（約翰·狄克森·卡爾）

第47卷

發(fā)售日期：2004年10月18日[日] / 2004年12月20日[臺] / 2004年12月5日[港] / 2005年1月[中]

每話列表：

480 疑惑的推理（疑惑の推理，Giwaku no suiri）

481 疑惑的不在場證明（疑惑のアリバイ，Giwaku no aribai）

482 疑惑的真相（疑惑の真相，Giwaku no shinsō）

483 解開鎖之后（ロックをはずして...，Rokku o hazushite...）

484 他送給她的東西（彼氏から彼女へ，Kareshi kara kanojo e）

485 從自殺變他殺（自殺から他殺へ，Jisatsu kara tasatsu e）

486 從天空到地上（天空から地上へ，Tenkū kara chijō e）

487 現(xiàn)形的魔術(shù)戲法（出現(xiàn)マジック，Shūgen magikku）

488 機密檔案（禁じられたファイル，Kinjirareta fairu）

489 魔術(shù)師之家（奇術(shù)師の館，Majishan no yakata）

490 不配當(dāng)魔術(shù)師（奇術(shù)師失格，Majishan shikkaku）

對應(yīng)動畫版：

480-482 奇妙一家的委托（續(xù)）（動畫第398-399話）

483 滿腹疑惑的小蘭（動畫第400話）

484-486 寶石搶劫犯（動畫第401-402話）

487-490 柯南和平次的推理魔術(shù)（動畫第406-408話）

封底鑰匙孔人物：宮本由美

名偵探圖鑒：合田雄一郎《馬克斯之山》（高村薰）

第48卷

發(fā)售日期：2005年1月14日[日] / 2005年2月20日[臺] / 2005年3月1日[港] / 2005年3月[中]

每話列表：

491 暑假的暗號（夏休みの暗號，Natsuyasumi no angō）

492 躺下來再洗把臉?。▽嬡灓螭穷啢蛳搐?，Nekoronde kao o arae!）

493 完美解讀!!（パーフェクト解読!!，Pāfekuto kaidoku!!）

494 惡靈棲息的房屋（悪霊の棲む屋敷，Akuryō no sumu yashiki）

495 13年前的惡夢（13年前の悪夢，Jū-san-nen mae no akumu）

496 復(fù)蘇的惡靈（蘇る悪霊，Yomigaeru akuryō）

497 遺漏的盲點（見過していたもの，Misugoshiteitamono）

498 第13年的沖擊（13年目の衝撃，Jū-san-nen-me no shōgeki）

499 門鈴怪客（ピンポンダッシュ，Pin pon dasshu）

500 新的黑衣組織成員（新たなる黒の者，Arata naru kuro no mono）

對應(yīng)動畫版：

491-493 神社牌樓的驚人暗號（續(xù)）（動畫第411-412話）

494-498 出現(xiàn)在佛滅之日的惡靈（動畫第415-417話）

499-500 黑色沖擊!被組織的魔掌觸碰的瞬間（未完）（2.5小時特別版）（動畫第425話）

封底鑰匙孔人物：Kir（水無憐奈）

名偵探圖鑒：杉下右京《有殺意（相棒第2季第10話）》（編?。狠浰┖耄?br>

第49卷

發(fā)售日期：2005年4月6日[日] / 2005年5月30日[臺] / 2005年5月21日[港] / 2005年7月[中]

每話列表：

501 快追上目標(biāo)?。ē咯`ゲットを追え!，Tāgetto o oe!）

502 新的指令（新たなる指令，Arata naru shirei）

503 黑衣組織v.s.FBI①（黒の組織VS.FBI①，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ichi）

504 黑衣組織v.s.FBI②（黒の組織VS.FBI②，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ni）

505 新老師（新しい先生，Atarashī sensei）

506 秘密的上學(xué)路①（秘密の通學(xué)路①，Himitsu no tsūgakuro ichi）

507 秘密的上學(xué)路②（秘密の通學(xué)路②，Himitsu no tsūgakuro ni）

508 不可能回到原點的兩人（戻れない二人，Modorenai futari）

509 密閉的車子（密閉された車，Mippeisarete kuruma）

510 虛偽的愛情（偽りの愛情，Itsuwari no aijō）

對應(yīng)動畫版：

501-504 黑色沖擊!被組織的魔掌觸碰的瞬間（續(xù)）（2.5小時特別版）（動畫第425話）

505-507 充滿神秘的上學(xué)之路（動畫第427-428話）

508-510 無法回頭的二人（動畫第429-430話）

封底鑰匙孔人物：本堂瑛佑

名偵探圖鑒：史蒂夫·卡雷拉警探《恨警察的人》（艾德·麥克班恩）

第50卷

發(fā)售日期：2005年7月15日[日] / 2005年8月15日[臺] / 2005年9月3日[港] / 2005年9月[中]

每話列表：

511 氣氛緊張的聯(lián)誼（緊迫のコンパ，Kinpaku no konpa）

512 秘密的家庭訪問（秘密の家庭訪問，Himitsu no kateihōmon）

513 無聊的比賽（つまんない試合，Tsuman'nai shiai）

514 大特獎?。ù螽?dāng)たり!，ōatari）

515 令人興奮的采訪（ワクワク取材，Waku-waku shuzai）

516 真兇的留言（真犯人の伝言，Shin han'nin no dengon）

517 少年偵探團（ザ?少年探偵団，Ze shōnen tantei-dan）

518 平次的回憶（平次の思い出，Heiji no omoide）

519 雪女之計（雪女の計，Yuki onna no kei）

520 謎樣的纜車（謎のリフト，Nazo no rifuto）

521 雪女的銀衣傳說（雪女の銀衣伝説，Yuki onna no gingoromo densetsu）

對應(yīng)動畫版：

511-514 本廳刑警戀愛物語7（動畫第431-432話）

515-517 以偵探團為焦點的取材（動畫第435-436話）

518-521 服部平次vs工藤新一滑雪場的推理對決（未完）（1小時特別版）（動畫第490話）

封底鑰匙孔人物：小林澄子

名偵探圖鑒：火村英生《第46間密室》（有棲川有棲）

*?[日]：日本小學(xué)館?/?[臺]：臺灣地區(qū)青文出版社 /?[港]：香港特區(qū)安樂文潮?/?[中]：中國長春出版社