BioSciTools新增30+Apps及修復(fù)優(yōu)化
1.Update Description
2.Optimization of BioSciTools
3.MSA Apps
4.Shiny Framework
1.Update Description
BioSciTool
v1.3.5
Website:https://bioscitools.github.io
Github:https://github.com/bioscitools/bioscitools.github.io
親愛(ài)的BioSciTools用戶:BioSciTools由于最近收到較多的反饋和建議，尤其是來(lái)自我的好朋友董煒（微信公眾號(hào)bioinfomics的創(chuàng)辦者）的多條關(guān)鍵性建議，特此更新新的框架和修復(fù)優(yōu)化，同時(shí)新增30+ShinyApps：
1.修復(fù)問(wèn)題:①解決部分用戶由于筆記本或臺(tái)式電腦屏幕分辨率的適配問(wèn)題。
2.優(yōu)化細(xì)節(jié):①降低程序所有UI界面的顏色色調(diào)和透明度；②優(yōu)化參數(shù)說(shuō)明，尤其是輸入文件類型和上傳方式，如序列輸入主要以Fasta格式，支持粘貼序列和上傳序列文件，表格數(shù)據(jù)主要以Txt文本制表符格式，支持按鈕上傳和拖拽方式，單細(xì)胞Cellrange/Visium大型數(shù)據(jù)文件主要以指定文件路徑即可等；③所有程序添加參考文獻(xiàn)（發(fā)表文章或R引用方式）。
3.Sequences序列分析分類中新增4個(gè)多序列比對(duì)可視化程序，包括LongMSA, ShortMSA, BundleMSA, HelixMiRNA;
4.通過(guò)Java加密代碼方式引入我之前開(kāi)發(fā)并優(yōu)化的30+Shiny框架程序，簡(jiǎn)介部分程序包括ShinyMSA, ShinyEcharts, ShinyUMAP, ShinyRDA, ShinyMiRNA, ShinyWGCNA, ShinyOtutree, ShinyNaDeal, ShinyTableMerge等，如今Apps共計(jì)174。
詳細(xì)更新內(nèi)容如下：
2.Optimization of BioSciTools
2.1 UI Color
調(diào)整程序整體UI界面配色，降低色彩飽和度和透明度。
2.2 Input parameters
補(bǔ)充說(shuō)明各大類分析程序的輸入文件說(shuō)明，如序列輸入主要以Fasta格式，支持粘貼序列和上傳序列文件，表格數(shù)據(jù)主要以Txt文本制表符格式，支持按鈕上傳和拖拽方式，單細(xì)胞Cellrange/Visium大型數(shù)據(jù)文件主要以指定文件路徑即可。
2.3 App References
所有程序添加參考文獻(xiàn)（發(fā)表文章或R引用方式）, R Console:citation("package_name")。
2.4 App CloseIcon
修改每個(gè)App的關(guān)閉按鈕，使得用戶更容易點(diǎn)擊關(guān)閉。
3.MSA Apps
3.1 LongMSA
DNA/RNA/AA長(zhǎng)序列多序列比對(duì)可視化，適合于期刊發(fā)文章多序列可視化，可換行和標(biāo)記。
3.2 ShortMSA
DNA/RNA/AA短序列多序列比對(duì)可視化，適合于給短序列添加SeqLogo和直方圖。
3.3 BundleMSA
AminoAcide序列多序列比對(duì)可視化，適合圖統(tǒng)計(jì)氨基酸序列中的氨基酸分布。
3.4 HelixMiRNA
基于miRNA序列特征繪制miRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的螺旋關(guān)系。
4.Shiny Framework
4.1 Shiny code security
Shiny代碼通過(guò)鏈接運(yùn)行則會(huì)受網(wǎng)絡(luò)影響，在本地執(zhí)行則會(huì)導(dǎo)致代碼暴露，此處通過(guò)加密代碼然后在運(yùn)行過(guò)程中解密加載在JVM中運(yùn)行，代碼將放置在envs/shiny目錄中請(qǐng)勿刪除，也請(qǐng)勿嘗試反向工程（許多已有軟著保護(hù)和備案），我做出妥協(xié)也全然為用戶考慮。
4.2 Shiny in BioSciTools
BioSciTools專為Shiny框架開(kāi)發(fā)加密和解密算法，并作為特別控制的App使用，比如啟動(dòng)服務(wù)、打開(kāi)瀏覽器、端口固定、關(guān)閉服務(wù)，此處建議用戶單獨(dú)打開(kāi)一個(gè)Shiny程序。
4.3 ShinyMSA
基于Shiny交互框架的多序列比對(duì)及可視化程序。
4.4 ShinyEcharts
基于Shiny交互框架的Echarts可視化程序。
4.5 ShinyUMAP
基于Shiny交互框架的UMAP將為分析及可視化程序。
4.6 ShinyRDA
基于Shiny交互框架的RDA生物與環(huán)境關(guān)系分析及可視化程序。
4.7 ShinyMIRNA
基于Shiny交互框架的MiRNA多數(shù)據(jù)庫(kù)整合預(yù)測(cè)程序。
4.8 ShinyWGCNA
基于Shiny交互框架的WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析程序。
4.9 ShinyNaDeal
基于Shiny交互框架的NA缺失值補(bǔ)全數(shù)據(jù)操作程序。
4.10 ShinyTableMerge
基于Shiny交互框架的兩個(gè)數(shù)據(jù)表關(guān)聯(lián)操作的程序。
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