經(jīng)驗(yàn)分享

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻譯為大規(guī)模原子分子并行模擬器，主要用于分子動(dòng)力學(xué)相關(guān)的一些計(jì)算和模擬工作，一般來(lái)講，分子動(dòng)力學(xué)所涉及到的領(lǐng)域，LAMMPS代碼也都涉及到了。

現(xiàn)有的有關(guān)lammps的安裝教程無(wú)論在windows系統(tǒng)還是linux系統(tǒng)都較為復(fù)雜，筆者在初步學(xué)習(xí)lammps的使用時(shí)，從該軟件的手冊(cè)中看到有一種適用于初學(xué)者的簡(jiǎn)單安裝方法，故在此整理，更多細(xì)節(jié)請(qǐng)自行查看lammps manual。

準(zhǔn)備內(nèi)容

CentOS系統(tǒng)，具有openmpi fftw等lammps基本依賴(lài)的運(yùn)行環(huán)境。

lammps安裝包，lammps-stable.tar.gz，請(qǐng)自行從lammps官網(wǎng)下載

Cmake?版本大于 3.10

構(gòu)建lammps

將lammps安裝包解壓后，進(jìn)入所在文件夾，新建一個(gè)名為build文件夾，并在此文件夾內(nèi)構(gòu)建lammps。

cd lammps ?#change to the LAMMPS distribution directorymkdir build; cd build #create and use a build directorycmake ../cmake ?#configuration reading CMake scripts from ../cmakecmake --build . ?#compilation (or type "make")

這將創(chuàng)建一個(gè)名為build的文件夾并將其更改為build，然后運(yùn)行配置步驟為默認(rèn)構(gòu)建命令生成構(gòu)建文件，然后啟動(dòng)該構(gòu)建命令來(lái)編譯LAMMPS。在配置步驟中，CMake將嘗試檢測(cè)是否支持MPI、OpenMP、FFTW、gzip、JPEG、PNG和ffmpeg，并啟用相應(yīng)的配置設(shè)置。在界面上可以看到配置的進(jìn)度

最后我們看到窗口里面提示已經(jīng)生成了lmp文件，這說(shuō)明lammps已經(jīng)初步構(gòu)建完成。此時(shí)build文件夾內(nèi)文件如下。如果編譯成功，最終將生成一個(gè)庫(kù)liblamps.a和LAMMPS可執(zhí)行文件lmp

隨后可進(jìn)行進(jìn)一步的安裝（可選）

make install # optional, copy compiled files into installation location

將build文件夾所在路徑添加到環(huán)境變量中，lammps就可以快捷執(zhí)行了。

Cmake?方法的主要優(yōu)勢(shì)

使用CMake有許多優(yōu)點(diǎn)，特別有助于那些在編譯軟件方面經(jīng)驗(yàn)有限的人，或者那些想要修改或擴(kuò)展LAMMPS的人。

?CMake可以檢測(cè)可用的硬件、工具、功能和庫(kù)，并相應(yīng)地調(diào)整LAMMPS默認(rèn)構(gòu)建配置。

?CMake可以為不同的構(gòu)建工具和集成開(kāi)發(fā)環(huán)境(IDE)生成文件。

?CMake支持自定義設(shè)置文本模式或圖形用戶界面。不需要了解文件格式或復(fù)雜的命令行語(yǔ)法。

?所有啟用的組件都在一個(gè)構(gòu)建操作中編譯。

?自動(dòng)依賴(lài)跟蹤所有文件和配置選項(xiàng)。

?支持真正的源代碼外編譯。使用不同選擇的LAMMPS包、設(shè)置或編譯器，可以從同一個(gè)源代碼樹(shù)并發(fā)地配置和構(gòu)建多個(gè)配置和設(shè)置。

?為L(zhǎng)inux發(fā)行版、環(huán)境模塊或自動(dòng)構(gòu)建工具(如Homebrew)簡(jiǎn)化LAMMPS的打包。

Cmake?的安裝

大多數(shù)Linux發(fā)行版通過(guò)它們的包管理系統(tǒng)提供預(yù)編譯的cmake包。如果您沒(méi)有CMake或最新版本

(注:適用于CentOS 7.x需要啟用EPEL存儲(chǔ)庫(kù))，

可以從https://cmake.org/download/下載最新版本。關(guān)于如何在不同平臺(tái)上安裝它的說(shuō)明可以在這個(gè)頁(yè)面上找到。

更多細(xì)節(jié)請(qǐng)自行查看lammps manual。

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