通過(guò)前面4篇干貨介紹，我們把EWAS常規(guī)分析的過(guò)程講完了。理論上來(lái)說(shuō)，如果結(jié)果比較理想，后期也能在大樣本中驗(yàn)證出來(lái)，是可以發(fā)表研究成果了。但是，要是有其他更加深入的數(shù)據(jù)挖掘，那就是如虎添翼。其他數(shù)據(jù)是什么呢？

1. mQTL分析

如果我們手上同時(shí)提供樣本基因型（Genotype）數(shù)據(jù)。那么，結(jié)合甲基化，我們就可以進(jìn)行mQTL分析了。

什么是mQTL呢？對(duì)于連續(xù)型樣本性狀（Quantitative trait），GWAS通過(guò)回歸分析，尋找與該性狀呈顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)。這些SNP位點(diǎn)稱為“數(shù)量性狀位點(diǎn)”（Quantitative trait loci；QTL）。當(dāng)上述連續(xù)性狀就是甲基化水平（Beta值）時(shí)，所得顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)就稱為mQTL（Methylation quantitative trait loci）。

mQTL以分析cis-mQTL為主，即利用某基因附近CpG位點(diǎn)甲基化水平Beta值作為因變量，篩選該基因處上下游W Mbase的染色體區(qū)域內(nèi)的所有SNP變異作為自變量，逐一對(duì)該范圍內(nèi)的各個(gè)SNP位點(diǎn)S與甲基化水平M進(jìn)行回歸分析，從而得到與某基因甲基化水平顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)：

注：

gene ID表示表達(dá)水平量對(duì)應(yīng)的基因編號(hào)；

SNP number表示該基因上下游區(qū)間內(nèi)的SNP位點(diǎn)數(shù)量；

SNP ID表示當(dāng)前檢驗(yàn)的SNP編號(hào)；

distance表示當(dāng)前SNP到基因位置的距離；

P value表示回歸分析得出的、未經(jīng)校正的p值；

Perm1表示經(jīng)過(guò)校正的p值結(jié)果；

Perm2表示通過(guò)引入Beta分布的置換檢驗(yàn)進(jìn)行校正后的p值結(jié)果，fastQTL推薦使用該列進(jìn)行顯著eQTL篩選。

2. Finemap精細(xì)定位分析

通過(guò)mQTL初步分析找到的SNP位點(diǎn)往往范圍很大，其中很多變異信息僅僅具有統(tǒng)計(jì)意義上的關(guān)聯(lián)性，而不是具有因果性。因此產(chǎn)生的候選基因也比較龐雜，包含很多和疾病沒(méi)有關(guān)系的基因。

通過(guò)Finemap精細(xì)定位分析，進(jìn)一步縮小易感位點(diǎn)，排除掉僅有關(guān)聯(lián)性，而沒(méi)有因果性的序列變異。

3. 共定位分析

mQTL是一種把甲基化數(shù)據(jù)和SNP數(shù)據(jù)結(jié)合起來(lái)共同去解釋生物學(xué)問(wèn)題的好方法。當(dāng)然，將SNP和甲基化結(jié)合起來(lái)不止這一種方法，還有什么呢？那就是共定位分析。

在mQTL分析的基礎(chǔ)上，結(jié)合GWAS的分析結(jié)果，可以進(jìn)行共定位位點(diǎn)分析。

大部分GWAS顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)都落在基因組非編碼區(qū)。一種可能的解釋是，這些易感位點(diǎn)通過(guò)調(diào)節(jié)特定區(qū)域的甲基化水平，從而改變個(gè)體復(fù)雜性狀。如果某個(gè)位點(diǎn)既對(duì)復(fù)雜性狀有影響，又對(duì)甲基化水平有影響，那么該位點(diǎn)就很有可能符合上述解釋。共定位分析（Collocalization）正是試圖找出這些“共定位”位點(diǎn)。

SMR利用GWAS的summary數(shù)據(jù)和表達(dá)數(shù)量性狀基因座（eQTL）的數(shù)據(jù)，采用SMR和HEIDI方法，以測(cè)試基因表達(dá)水平與感興趣的復(fù)雜性狀之間的多效性關(guān)聯(lián)。

通過(guò)以上的mQTL分析或者共定位分析，我們就能找到一些某基因甲基化水平顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)。這樣，以甲基化為中間橋梁，實(shí)現(xiàn)了SNP——甲基化——性狀的生物學(xué)模型。值得注意的是，這三者到底是誰(shuí)因誰(shuí)果，這里是解釋不了的，請(qǐng)耐心等待后續(xù)分解。