CCDC申請過程中二維結(jié)構(gòu)圖參考意義不大
有小伙伴向筆者提出一個問題:
申請CCDC[1]號過程中,發(fā)現(xiàn)Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖和晶體數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)不一致該怎么辦?
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對此,筆者表示有點無奈。其實這個問題不難回答,理清邏輯關系就好了。Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖是哪兒來的呢?很顯然,是依據(jù)申請者提交的CIF文件給出的。理解了這個邏輯關系后,那就很簡單了,其實無需理會Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖,只要確保CIF所代表的結(jié)構(gòu)沒問題就可以了。其實Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖基本上也就申請者在申請的過程中會看到,還有就是通過CCDC號查結(jié)構(gòu)的時候會看到,但是查結(jié)構(gòu)的人通常是為了下載CIF,并使用相關軟件打開CIF來查看CIF數(shù)據(jù)的三維結(jié)構(gòu)。而CCDC號申請者通常也不會把Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖當作附圖放在自己的論文中,而是自己用軟件來繪制合適的、漂亮的結(jié)構(gòu)圖來放在論文中。
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以下舉一些例子來說明Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖確實沒有太大的參考意義。
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例1:Sci. China Chem. 2023, 66, 117–126. (CCDC: 2152639)
CCDC 2152639結(jié)構(gòu)如圖1.1所示。

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論文中該結(jié)構(gòu)二維結(jié)構(gòu)圖(4a)如圖1.2所示

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而Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖如圖1.3所示,很顯然,該二維結(jié)構(gòu)示意圖并無太大參考意義,如果僅看該圖,金屬Y只有一配位和三配位,這顯然不對。

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例2:Dalton Trans. 2020, 49, 8933–8948. (CCDC: 1936173)
CCDC 1936173結(jié)構(gòu)如圖2.1所示。

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而Chemical diagram給出的結(jié)構(gòu)圖如圖2.2所示,很顯然,該二維結(jié)構(gòu)示意圖并無太大參考意義,入如果僅看該圖,則對實際結(jié)構(gòu)完全毫無頭緒。

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參考文獻
[1] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.
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