R語言Lasso回歸模型變量選擇和糖尿病發(fā)展預(yù)測模型|附代碼數(shù)據(jù)
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最近我們被客戶要求撰寫關(guān)于Lasso回歸的研究報告,包括一些圖形和統(tǒng)計輸出。
Lease Absolute Shrinkage and Selection Operator(LASSO)在給定的模型上執(zhí)行正則化和變量選擇?(?點擊文末“閱讀原文”獲取完整代碼數(shù)據(jù)********?)。
根據(jù)懲罰項的大小,LASSO將不太相關(guān)的預(yù)測因子縮小到(可能)零。因此,它使我們能夠考慮一個更簡明的模型。在這組練習(xí)中,我們將在R中實現(xiàn)LASSO回歸。
練習(xí)1
加載糖尿病數(shù)據(jù)集。這有關(guān)于糖尿病的病人水平的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)為n = 442名糖尿病患者中的每個人獲得了10個基線變量、年齡、性別、體重指數(shù)、平均血壓和6個血清測量值,以及感興趣的反應(yīng),即一年后疾病進(jìn)展的定量測量。"
接下來,加載包用來實現(xiàn)LASSO。
head(data)
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練習(xí)2
數(shù)據(jù)集有三個矩陣x、x2和y。x是較小的自變量集,而x2包含完整的自變量集以及二次和交互項。
檢查每個預(yù)測因素與因變量的關(guān)系。生成單獨的散點圖,所有預(yù)測因子的最佳擬合線在x中,y在縱軸上。用一個循環(huán)來自動完成這個過程。
summary(x)
for(i?in?1:10){??plot(x[,i],?y)??abline(lm(y~x[,i])}
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基于R語言實現(xiàn)LASSO回歸分析
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01
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03
04
練習(xí)3
使用OLS將y與x中的預(yù)測因子進(jìn)行回歸。我們將用這個結(jié)果作為比較的基準(zhǔn)。
lm(y?~?x)
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練習(xí)4
繪制x的每個變量系數(shù)與β向量的L1準(zhǔn)則的路徑。該圖表明每個系數(shù)在哪個階段縮減為零。
plot(model_lasso)
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練習(xí)5
得到交叉驗證曲線和最小化平均交叉驗證誤差的lambda的值。
plot(cv_fit)
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練習(xí)6
使用上一個練習(xí)中的lambda的最小值,得到估計的β矩陣。注意,有些系數(shù)已經(jīng)縮減為零。這表明哪些預(yù)測因子在解釋y的變化方面是重要的。
>?fit$beta
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練習(xí)7
為了得到一個更簡明的模型,我們可以使用一個更高的λ值,即在最小值的一個標(biāo)準(zhǔn)誤差之內(nèi)。用這個lambda值來得到β系數(shù)。注意,現(xiàn)在有更多的系數(shù)被縮減為零。
lambda.1se
beta
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練習(xí)8
如前所述,x2包含更多的預(yù)測因子。使用OLS,將y回歸到x2,并評估結(jié)果。
summary(ols2)
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練習(xí)9
對新模型重復(fù)練習(xí)-4。
lasso(x2,?y)plot(model_lasso1)
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練習(xí)10
對新模型重復(fù)練習(xí)5和6,看看哪些系數(shù)被縮減為零。當(dāng)有很多候選變量時,這是縮小重要預(yù)測變量的有效方法。
plot(cv_fit1)
beta
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