以下簡(jiǎn)要談?wù)動(dòng)肎romacs跑動(dòng)力學(xué)電腦硬件配置——個(gè)人體驗(yàn)

? 首先說(shuō)一說(shuō)自己跑gromacs動(dòng)力學(xué)的實(shí)際體驗(yàn)。

? 隨著CPU ，GPU等制作工藝的提升，看似每年電腦的價(jià)格差距不大，但是性能有所上漲。也就是說(shuō)算力更便宜了，近幾年來(lái)，隨著GPU對(duì)計(jì)算領(lǐng)域的加速，使得動(dòng)力學(xué)模擬等以更低的門檻走進(jìn)各個(gè)實(shí)驗(yàn)室。

? ?以下簡(jiǎn)單說(shuō)一下我用過(guò)的幾種電腦的配置，以及他們跑Gromacs的情況。以跑多少ns為衡量標(biāo)準(zhǔn)。（由于每臺(tái)電腦的配置，散熱，內(nèi)存頻率等有所差異，對(duì)性能也有一定的影響，不過(guò)主要看CPU和GPU 的性能。以下僅供參考。以下為window系統(tǒng)下測(cè)試 win10和win11差別不大，不細(xì)作注明區(qū)分。1.2nm為1.2nm的庫(kù)倫和范德華截?cái)唷?.2nm的為510個(gè)殘基， 1.4nm的為300個(gè)殘基，用的都是tip3水模型。

? ?價(jià)格為參考，不包括顯示器（不要求顯示器，幾百塊的就行）

? 第七代i7+1050ti? —跑50ns ——?1.2nm? —60小時(shí)左右 ——低于3000（現(xiàn)已經(jīng)不生產(chǎn)）

? ?第十代i7+2060? — ?跑50ns? —? ?1.2nm? —30小時(shí)左右——4500左右（老電腦了，不推薦）

第十二代i7+3060（筆記本）?—? 跑50ns?—1.2nm—10小時(shí)左右—8800左右（不推薦筆記本）

第十二代i7+3060（筆記本）—?跑50ns? —1.4nm—12小時(shí)左右—8800左右（不推薦筆記本）

【同樣的配置，臺(tái)式機(jī)比筆記本性能更好，而且更便宜。】

……

? 第9代i7 +3090 ——跑80ns×4——1.4nm——38小時(shí)左右 （CPU有點(diǎn)low）

經(jīng)過(guò)測(cè)試，同時(shí)跑4個(gè)GPU利用率為50%，但9代i7已經(jīng)跑滿，換十二代i7以上的配置，應(yīng)該可以同時(shí)再開兩個(gè)沒問(wèn)題。買全套3090 臺(tái)式機(jī)，2萬(wàn)左右不推薦成套買3090的，自己組裝成本會(huì)低小幾千。(臨時(shí)需要的可以去網(wǎng)上租3090，有30塊多一天的)。

如果不清楚用什么樣的硬件跑Gromacs，不建議立即采購(gòu)選配置。建議先網(wǎng)上租幾天試試。像3060 ，20多一天，3090也有30多，40多，一天的。先試試不同的配置，根據(jù)自己的預(yù)算，再做考慮。

關(guān)于跑Gromacs，GPU和CPU的搭配，以前覺得跑Gromacs可以把預(yù)算都考慮到顯卡上，3080起步，CPU可以拉一點(diǎn)，其實(shí)不然，跑Gromacs兩個(gè)都要考慮CPU和GPU。

原因不做過(guò)多敘述，給出跑計(jì)算的實(shí)例作為參考。

?跑的體系是RNA，70個(gè)堿基，長(zhǎng)度8納米，1.4nm的截?cái)唷０丛觽€(gè)數(shù)來(lái)說(shuō)，這個(gè)體系不算大，但很耗時(shí)間。但按照盒子的大小來(lái)說(shuō)，這個(gè)RNA定義的盒子比得上一般600個(gè)殘基的蛋白質(zhì)，雖然我們分析的時(shí)候都是把離子和水去掉，但是計(jì)算的時(shí)候確實(shí)整個(gè)體系來(lái)算。應(yīng)是這個(gè)盒子大小也很影響計(jì)算時(shí)間。

如果有興趣的話，可以拿一個(gè)Cubic和Dodecahedron分別定義的體系來(lái)做一下測(cè)試對(duì)比。記錄一下添加的SOL數(shù)目，一測(cè)便知。

12代i5+3090? ----一個(gè)------跑30ns ------------CPU滿載-------GPU 50%左右------?7個(gè)小時(shí)

12代i5+3090??------兩個(gè)----跑30ns ------------CPU滿載-------GPU 80%左右------ 10個(gè)小時(shí)

這個(gè)時(shí)候再加下去已經(jīng)沒有什么意義了，跑一步運(yùn)算，需要CPU和GPU協(xié)力，這時(shí)候CPU已經(jīng)忙不過(guò)來(lái)了。內(nèi)存使用5GB左右。

Gromacs并不吃內(nèi)存，但是CPU和GPU都有要求。

筆記本是CPU和GPU共用散熱風(fēng)扇的，比不上臺(tái)式機(jī)的塔式散熱。雖然有些廣告說(shuō)滿血版，超強(qiáng)散熱什么的，但是散熱物理體積和電源功耗在那擺著，性能不如臺(tái)式機(jī)（同價(jià)位下）。舉個(gè)例子 ，這里的內(nèi)存頻率，顯示器等，暫不考慮。

筆記本12代i7+3060（6GB顯存）+16GB+512固態(tài)?≈ 8800左右；

臺(tái)式機(jī)12代i7+3060（12GB顯存）+16GB+512固態(tài) ≈ 6000左右；

看12代i5+3090跑Gromacs的表現(xiàn)來(lái)看，CPU至少要十二代i7以上，GPU看預(yù)算了，至少也要3060ti。32GB內(nèi)存 雖然Gromacs并不吃內(nèi)存。但是像高斯這類軟件，大一點(diǎn)的體系就很吃內(nèi)存了，先預(yù)備著。硬盤的話至少1TB固態(tài)，Gromacs運(yùn)行出來(lái)的文件挺大的，再一分析生成md_fit.xtc就得好幾GB。或者直接2TB固態(tài)，裝雙系統(tǒng)的時(shí)候，分區(qū)就不用糾結(jié)了。

這里建議intel+Nivida的組合，并不是AMD的不好，只是對(duì)于不少程序計(jì)算加速來(lái)說(shuō)，cuda支持的比較好，而且用戶比較多，不然在編譯和使用的時(shí)候，可能會(huì)出現(xiàn)不支持或者調(diào)參數(shù)情況，有點(diǎn)麻煩。

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