如何設(shè)置 Tof MRM 實(shí)驗(yàn) - WKB5226

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2021年2月3日

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目的

創(chuàng)建 Tof MRM 方法

環(huán)境

Xevo G2-XS

Synapt G2-S

Synapt G2-Si

步驟

要設(shè)置 Tof-MRM 實(shí)驗(yàn)，必須在 MS 方法編輯器窗口中選擇 Tof-MRM 采集類型。

在 Acquisition（采集）選項(xiàng)卡中，指定基本方法參數(shù)，包括時長、離子源類型、極性和 Tof 模式。

在 Tof MS 選項(xiàng)卡中，輸入特定于 Tof 分析器的參數(shù)，包括質(zhì)量數(shù)范圍、掃描時間和數(shù)據(jù)格式。質(zhì)量數(shù)范圍應(yīng)包含所有感興趣的質(zhì)量數(shù)。使用 MRM 窗口的 RADAR 或 None（無）選項(xiàng)時，此功能尤其適用（請參閱步驟 5）。

MRM 選項(xiàng)卡包含特定于待執(zhí)行 MRM 實(shí)驗(yàn)的參數(shù)。MRM 可以通過輸入開始和結(jié)束時間、母離子和碎片離子的質(zhì)量數(shù)、碰撞能量、錐孔電壓和目標(biāo)增強(qiáng)質(zhì)量數(shù)（如果使用，此項(xiàng)應(yīng)設(shè)置為碎片離子質(zhì)量數(shù)）來進(jìn)行手動計(jì)劃。用戶也可以從先前的實(shí)驗(yàn)或從 Excel 電子表格直接導(dǎo)入 *.mrm 文件格式的 MRM 計(jì)劃。如果需要，可以選擇 MRM 選項(xiàng)卡上包含的其它選項(xiàng)：切換 RADAR，掃描填充和數(shù)據(jù)分割（見下圖說明）。

RADAR - 如果需要，您可以計(jì)劃一次 Tof MS 譜圖全掃描，以提供除作為實(shí)驗(yàn)主要重點(diǎn)的 MRM 通道外，樣品中存在的其它信息的數(shù)據(jù)。

Scan Padding（掃描填充）- 如果計(jì)劃了多個重疊的 MRM，以便同時運(yùn)行的 MRM 的數(shù)量隨著運(yùn)行進(jìn)度而改變，最好啟用 Scan Padding（掃描填充）。此功能會將虛擬功能通道插入到連續(xù) MRM 數(shù)量下降的區(qū)域中，以便在實(shí)驗(yàn)持續(xù)時間內(nèi)查找任何特定通道所需的時間一致。準(zhǔn)確的定量需要此設(shè)置。

Data Stripping（數(shù)據(jù)分割）- 缺省情況下，MassLynx 將存儲 Tof MS 選項(xiàng)卡中所指定整個采集質(zhì)量數(shù)范圍的數(shù)據(jù)。這是 MRM 窗口中的 None（無）選項(xiàng)，不建議使用此選項(xiàng)。為了方便查看并盡量縮小文件大小，您可以使用數(shù)據(jù)分割來限制寫入磁盤的 Tof MS 數(shù)據(jù)。Isotope Cluster（同位素簇）選項(xiàng)會保留目標(biāo)碎片離子質(zhì)量數(shù)附近 -1 至 +5 Da 窗口范圍內(nèi)的數(shù)據(jù)，而 Single Isotope（單同位素）選項(xiàng)則會保留以目標(biāo)碎片離子質(zhì)量數(shù)為中心 -0.2 至 +0.2 Da 窗口范圍內(nèi)的數(shù)據(jù)。

要向方法中添加 MRM 通道，請選擇 Add（添加）以打開 MRM 編輯器。如果需要，請輸入化合物名稱。在 Set Mass（設(shè)置質(zhì)量數(shù)）下方輸入保留時間窗口和父質(zhì)量數(shù)，您可以在 Fragments（碎片離子）下方輸入多個碎片離子。通過在 Trap CE Ramp（捕集 CE 梯度）或 Transfer CE Ramp（傳輸 CE 梯度，如果有）窗口中輸入低/高碰撞能量來設(shè)置碰撞能量梯度。如果您不需要碰撞能量梯度，請?jiān)趦蓚€窗口中輸入相同的碰撞能量。適用于肽的良好梯度為 10 - 45。輸入所需的錐孔電壓。對于 Target Enhancement（目標(biāo)增強(qiáng)）m/z，請輸入主要子離子的 m/z。確認(rèn) MRM 通道滿足要求后，選擇 Add（添加），然后選擇 Save（保存）以保存 *.mrm 文件。此操作僅會將 MRM 通道保存到文件，而不是保存至 MS 方法。將所有 MRM 通道都保存到 *.mrm 文件后，再保存 Tof MRM MS 方法 (*.exp)。

務(wù)必在保存方法之前對通道進(jìn)行排序。

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附加信息

MS 方法對功能通道進(jìn)行重新利用，以便只創(chuàng)建最少數(shù)量的功能通道。盡管方法中可能有十個 MRM 通道，但可能只有三個功能通道。要查看每個離子通道采集所用的功能，請瀏覽到 data file.raw 文件夾，并使用記事本打開 *.fdc 文件，或者使用 Excel 更好。打開后將顯示功能和每個離子通道的列表。

使用 Excel 打開 .fdc 文件：打開 Excel，選擇“文件”>“打開”，瀏覽至文件。選擇 *.* 作為文件類型，選擇“分隔符號”，選擇“下一步”，然后勾選除“其他”之外的所有分隔符號。選擇“下一步”，然后選擇“完成”。