爾云間生信代碼|用于臨床診斷和臨床決策影響的DCA分析
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臨床決策曲線分析(Decision?Curve?Analysis,?DCA)是一種評估臨床預(yù)測模型、診斷試驗和分子標(biāo)記物的簡單方法。傳統(tǒng)的診斷試驗指標(biāo)如:敏感性,特異性和ROC曲線下面積僅測量預(yù)測模型的診斷準(zhǔn)確性,未能考慮特定模型的臨床效用,而DCA的優(yōu)勢在于它將患者或決策者的偏好整合到分析中。而這種理念的提出滿足了臨床決策的實際需要,在臨床分析中的應(yīng)用日益廣泛。因此,本軟件DCA就是測量預(yù)測模型的生物標(biāo)志物的診斷準(zhǔn)確性和臨床效用。
使用方法:
Rscript?DCA.R????-input=
參數(shù)說明:
USAGE:
DCA.R?-input=<input>
PARAMETERS:
-input???the?expression?data,the?first?column?is?sample?name,the?second??column?is?group,the?third?column?is?gene?symbol,input?txt?format.
操作步驟:
1、打開命令行界面,輸入“Rscript?DCA.R”調(diào)閱幫助文檔,確定該程序所需的輸入文件。
2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容,對參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里,必須輸入參數(shù)有1個,分別是-input,表示表達(dá)數(shù)據(jù),第一列是樣本名稱,第二列是分組,第三列是基因符號,輸入txt格式。
3、完成參數(shù)提交后,按下回車鍵,整個程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后,界面會顯示”Program?execution?is?completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1661741864823="13" data-index-1661741864823="667" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"結(jié)束語。
流程圖:

結(jié)果展示:
1.?DCA.pdf

2.?Clinical?Impact?Curve.pdf

該圖表示臨床影響變化風(fēng)險曲線
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寫在文末:
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