邗溝案作為全劇最長的案子，一共30集，以狄仁杰攻擊北溝大倉為分界點(diǎn)，前一部分是狄仁杰李元芳兩路并進(jìn)，掌握了揚(yáng)州漕運(yùn)衙門的部分證據(jù)，之后李元芳在運(yùn)河上被鐵手團(tuán)襲擊，而狄仁杰通過河口鎮(zhèn)審訊冒三，攻擊北溝大倉，通過北溝揭開了這個(gè)案件的核心。

第二部分中，狄仁杰進(jìn)入盱眙，通過鹽商何五奇大致了解了臥虎莊的部分底細(xì)，而李元芳和小清也通過調(diào)查救出了被殺人滅口的彭春，并在通衢客棧與狄仁杰匯合。

之后案件進(jìn)入高潮，龍風(fēng)云姑也來到盱眙，龍風(fēng)上演了螳螂捕蟬黃雀在后的戲碼，可惜實(shí)力不濟(jì)被李元芳?xì)⑺溃胰式芡ㄟ^寧氏找到了內(nèi)奸魯吉英，并孤身犯險(xiǎn)，與李元芳云姑合力滅掉鐵手團(tuán)。

邗溝案是全劇第一次使用“打副本”的方式推進(jìn)劇情。通過破解一個(gè)個(gè)的小案件，逐步接近真相，這在以后《神斷》的金銀奇案中也有運(yùn)用。但是其篇幅過長，行事過于拖沓，觀感其實(shí)還不如黑衣社。