一?導(dǎo)言

共線性圖作為新近出現(xiàn)的一種數(shù)據(jù)可視化方式，以其直觀、形象的方式受到大家的普遍歡迎，也在眾多文章中獲得了應(yīng)用。該圖的核心理念就是將不同時(shí)期間同一批數(shù)據(jù)的關(guān)系connect起來(lái)，即不同階段中所有樣品在眾多分類(lèi)間的流動(dòng)情況（流動(dòng)或許表述的不是那么準(zhǔn)確，但的確是這樣一種形式）。考慮到部分讀者對(duì)這種圖的需求，因此本推文將以代碼加解說(shuō)的方式展示如何進(jìn)行這類(lèi)圖片的繪制（有沒(méi)有很貼心）。

二?R包使用

首先，我們需要做的就是加載對(duì)應(yīng)的R包

隨后，設(shè)置命令行參數(shù)的意義。這里是為了方便后續(xù)直接調(diào)用，其中argfilename是筆者放置參數(shù)的文件。

劃重點(diǎn)：這里需要強(qiáng)調(diào)一下輸入文件（inputfilename）的格式及其對(duì)應(yīng)的意義。其中survey用于表示不同的時(shí)期，subject表示相應(yīng)的樣品編號(hào)，response則表示該樣品編號(hào)在survey時(shí)期應(yīng)該歸屬于哪個(gè)respones種類(lèi)中。

對(duì)應(yīng)的參數(shù)文件為

其次，通過(guò)命令行參數(shù)讀取對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)

對(duì)于輸出圖片而言，我們需要的是確定輸出圖片的長(zhǎng)、寬、像素、邊界的大?。ó?dāng)然，讀者可以自行設(shè)定調(diào)節(jié)參數(shù)用于繪制符合自己要求的數(shù)據(jù)），本文則將參數(shù)寫(xiě)到對(duì)應(yīng)的參數(shù)文件中，再以參數(shù)文件的解析獲取對(duì)應(yīng)的圖片輸出數(shù)據(jù)

再次，通過(guò)相應(yīng)的代碼完成圖片的繪制。這里的繪圖參數(shù)都是ggplot2的常見(jiàn)參數(shù)，讀者可以從官方文檔中得到詳細(xì)解答，筆者在這里就不進(jìn)行贅述了。至于輸入文件的內(nèi)容及其意義詳見(jiàn)本文開(kāi)端中的‘劃重點(diǎn)’部分。

最后，一張完美的共線性圖隨即誕生（手動(dòng)鼓掌）。

三?慣例小結(jié)

其實(shí)這一圖片繪制充分體現(xiàn)了可視化的理念吧，也就是所見(jiàn)即所得。雖說(shuō)這一圖片的實(shí)現(xiàn)并不是特別困難，但是能夠想到使用這一形式表示圖片，已經(jīng)是在可視化的方向上前進(jìn)了一大步了。

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PS：因?yàn)楸拒浖怯胮ython腳本撰寫(xiě)，調(diào)用了部分依賴包，用戶首次使用需要安裝python以及對(duì)應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

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另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。