曼哈頓圖和QQ圖是GWAS分析結(jié)果的重要部分，而相對(duì)于qqman包，CMplot包繪制的圖更加美觀些，下面展示的就是CMplot繪制結(jié)果

代碼也很簡(jiǎn)單，小云直接放在下面了

library(CMplot)

setwd("D://rstudy/")#設(shè)置工作目錄

res = read.csv('hnlmmv.assoc.csv', header = T)

CMplot(res, plot.type="m", multracks=TRUE,

? ? ? threshold=4.32e-07,threshold.lty=1, #threshold=0.05/N，N為SNP數(shù)量

? ? ? threshold.lwd=1, threshold.col="black",

? ? ? amplify=TRUE,bin.size=1e6,

? ? ? chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),

? ? ? signal.col="violet",signal.cex=1,

? ? ? file="jpg",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(res, plot.type="q", multracks=TRUE,

? ? ? threshold=4.32e-07,threshold.lty=1,

? ? ? threshold.lwd=1, threshold.col="black",

? ? ? amplify=TRUE,bin.size=1e6

? ? ? #chr.den.col=c("violet", "yellow", "blue"),

? ? ? #signal.col=c("violet", "yellow", "blue"),signal.cex=1,

? ? ? ,file="pdf",memo="",dpi=600,file.output=TRUE,verbose=TRUE

)

至此結(jié)束

特別說明：本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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寫在文末：

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