前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測(cè)序（snRNA-seq）相對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢(shì)，包括細(xì)胞類(lèi)型多樣性，酶解偏好性，樣本類(lèi)型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。

其實(shí)，snRNA測(cè)序還有其他的優(yōu)勢(shì)，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線(xiàn)粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測(cè)；以及可以識(shí)別更多的lncRNAs。

那么今天小編再跟大家分享兩篇關(guān)于snRNA-Seq在胰腺癌和肺組織中的應(yīng)用。

文章展示

眾所周知，胰腺癌樣本與其他類(lèi)型的組織樣本相比，其核酸酶含量高、間質(zhì)致密，導(dǎo)致RNA質(zhì)量降低、活細(xì)胞數(shù)量減少，因此很難制備質(zhì)量合格的細(xì)胞懸液。

2020年8月來(lái)自哈弗大學(xué)，麻省理工學(xué)院等多所研究機(jī)構(gòu)的研究人員對(duì)接受新輔助化療和放射治療以及未接受以上治療病人的冷凍保存的PDAC標(biāo)本（個(gè)別樣本保存長(zhǎng)達(dá)7年）進(jìn)行了單細(xì)胞核測(cè)序。結(jié)果共獲得138,547個(gè)高質(zhì)量的細(xì)胞核數(shù)據(jù)，其中包含惡性腫瘤細(xì)胞，不同的免疫細(xì)胞，內(nèi)分泌細(xì)胞和腺泡細(xì)胞等。研究發(fā)現(xiàn)，SnRNA-seq可以很好的檢測(cè)到惡性細(xì)胞，基質(zhì)細(xì)胞的組成在治療前后的差異，基底樣惡性細(xì)胞和分化狀態(tài)的細(xì)胞的富集。snRNA-seq數(shù)據(jù)也有助于確定PDAC外分泌樣細(xì)胞和ADEX亞型是否真實(shí)存在，是否是來(lái)自正常組織的污染。

此外，作者使用多路離子束成像(MIBI，Multiplexed Ion Beam Imaging)進(jìn)一步評(píng)估了snRNA-seq的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)snRNA-seq可以檢測(cè)到PDAC代表性的細(xì)胞類(lèi)型及其相對(duì)比例。

2020年8月來(lái)自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)系肺科和危重護(hù)理科的研究團(tuán)隊(duì)同時(shí)做了scRNA-seq，以及兩種不同方法提取的細(xì)胞核的snRNA測(cè)序，結(jié)果共得到16,110個(gè)單細(xì)胞核數(shù)據(jù)和11,934個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。在同時(shí)考慮內(nèi)含子和外顯子的序列時(shí)，snRNA-seq和scRNA-seq基因檢出率相似，snRNA-seq的解離偏值降低。snRNA-seq可以提高間充質(zhì)細(xì)胞，上皮細(xì)胞類(lèi)型包括基底細(xì)胞和神經(jīng)內(nèi)分泌細(xì)胞的檢出率。相反，snRNAseq在免疫細(xì)胞的檢測(cè)方面要低于scRNA-seq。

本研究還指出，由于核RNA質(zhì)量難以評(píng)估，因此抑制RNA酶的活性是一種有效的方法，但是不同的組織中RNA酶的含量不一樣，因此在制備單細(xì)胞懸液時(shí)，要考慮RNA酶抑制劑的量，處理時(shí)間，溫度等因素。

參考文獻(xiàn)：

1、Hwang W L, Jagadeesh K A, Guo J A, et al. Single-nucleus and spatial transcriptomics of archival pancreatic cancer reveals multi-compartment reprogramming after neoadjuvant treatment[J]. bioRxiv, 2020.

2、Koenitzer J R, Wu H, Atkinson J J, et al. Single nucleus RNASeq profiling of mouse lung: reduced dissociation bias and improved detection of rare cell types compared with single cell RNASeq[J]. bioRxiv, 2020.