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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個(gè)Rstudio賬號(hào)

開啟升級(jí)模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

有時(shí)候我們想要下載別人的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行練習(xí)或分析，可能會(huì)突然發(fā)現(xiàn)無從下手，巧婦難為無米之炊啊，這可怎么辦？

小果本期來分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫下載擬南芥的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)Run Selector :: NCBI (nih.gov)。

SRA Toolkit是由美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的一款用于高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理的軟件包，主要用于存儲(chǔ)和分析NCBI Sequence Read Archive（SRA）中的測(cè)序數(shù)據(jù)。該工具包提供了多個(gè)命令行工具，支持從SRA下載數(shù)據(jù)、將SRA轉(zhuǎn)換為常見的FASTQ格式、將FASTQ文件轉(zhuǎn)換為SRA格式等多種功能。

SRA Toolkit不僅適用于NCBI SRA數(shù)據(jù)庫，也可用于處理其他來源的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。使用SRA Toolkit可以實(shí)現(xiàn)高效的數(shù)據(jù)下載、數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換、數(shù)據(jù)處理和分析等多個(gè)步驟，并且支持多線程和分布式處理，能夠加快數(shù)據(jù)處理速度和提高數(shù)據(jù)處理效率。下面我們一起來看看這個(gè)工具如何使用吧~

1. 安裝SRA Toolkit

2.下載數(shù)據(jù)ls

激活sratollkit環(huán)境，然后就可以用它批量下載數(shù)據(jù)了，因?yàn)閿?shù)據(jù)量太大，而小果只是想作為練習(xí)，因此只下載了9個(gè) 樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)，具體方法如下：

（1）查找需要下載的SRA數(shù)據(jù)的訪問號(hào)（Accession Number）

（2）下載Accession?List，會(huì)下載一個(gè)包含所有Run編號(hào)的文本文檔

?

?

小果這里只保留了9個(gè)樣本（在文檔里刪除其他不需要的run編號(hào)就可以了），需要的話可以全部下載。

（3）在終端中切換到要將SRA文件下載到的目錄

nohup prefetch -O . $(<srr_acc_list.txt) &<="" span="">###將文件下載到當(dāng)前目錄并作為后臺(tái)進(jìn)程運(yùn)行

?

當(dāng)然了，你也可以這樣下載，不過會(huì)比較麻煩：

a?year?later……

好啦，可以看到文件已經(jīng)下載完成了。

?

3.轉(zhuǎn)換格式

如果你下載的文件在同一個(gè)目錄下：

以上就是全部?jī)?nèi)容啦，我們下期見！

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