和前一個(gè)系列《生信入門書籍推薦系列1》一樣，這一系列繼續(xù)介紹一些筆者讀過的書。雖然有些內(nèi)容已經(jīng)有些陌生，比如unix環(huán)境高級編程，筆者在日常工作中基本上用不到，但是還是寫在這里，供大家按需了解吧。最后，還是那句話：雖然不能說一定能夠?qū)Ω魑蛔x者有用，但是至少可以幫大家避雷吧！

一?書籍推薦還是和上一篇推文一樣，對于一本書的了解而言，作者說第二，那么應(yīng)該很少有人說第一吧。所以下面每本書的介紹都會包含兩個(gè)部分，一個(gè)是作者在書籍中的導(dǎo)讀介紹，另一個(gè)則是本人的閱讀感受。不過，每個(gè)人對于想要從書籍中獲得的知識的側(cè)重點(diǎn)不一定一致，對于書籍的評價(jià)也各有觀點(diǎn)，因此個(gè)人推薦環(huán)節(jié)也僅限個(gè)人。

作者導(dǎo)讀節(jié)選：Java領(lǐng)域最有影響力和價(jià)值的著作之一，由擁有20多年教學(xué)與研究經(jīng)驗(yàn)的資深Java技術(shù)專家撰寫(獲Jolt大獎)，與《Java編程思想》齊名，10余年全球暢銷不衰，廣受好評。第10版根據(jù)Java SE 8全面更新，同時(shí)修正了第9版中的不足，系統(tǒng)全面講解了Java語言的核 心概念、語法、重要特性和開發(fā)方法，包含大量案例，實(shí)踐性強(qiáng)。。推薦理由：對筆者而言，本書堪稱java的入門書籍吧，涵蓋了很多使用java的示例。相較于其他語言，Java有一個(gè)很好的優(yōu)點(diǎn)，就是他的跨平臺特性，這點(diǎn)允許開發(fā)者們可以實(shí)現(xiàn)一次開發(fā)，多平臺運(yùn)行，如windos、linux和android（移動端有部分差異，讀者可自行了解）。筆者開發(fā)的小軟件?Multi-omics Hammer?軟件所用的語言就是java，可以在windows和linux上直接運(yùn)行。只是，目前java語言的熱度有點(diǎn)下降，并且Oracle似乎有意將java商業(yè)化（個(gè)人觀點(diǎn)，并無詳細(xì)了解過這點(diǎn)，讀者可去官網(wǎng)自行查閱）。但是如果商業(yè)化的話，大家是否還想要繼續(xù)了解這門語言，就見仁見智啦。

作者導(dǎo)讀節(jié)選：《UNIX環(huán)境高級編程（第3版）》是被譽(yù)為UNIX編程“圣經(jīng)”的Advanced Programming in the UNIX Environment一書的第3版。在本書第2版出版后的8年中，UNIX行業(yè)發(fā)生了巨大的變化，特別是影響UNIX編程接口的有關(guān)標(biāo)準(zhǔn)變化很大。本書在保持前一版風(fēng)格的基礎(chǔ)上，根據(jù)最新的標(biāo)準(zhǔn)對內(nèi)容進(jìn)行了修訂和增補(bǔ)，反映了最新的技術(shù)發(fā)展。書中除了介紹UNIX文件和目錄、標(biāo)準(zhǔn)I/O庫、系統(tǒng)數(shù)據(jù)文件和信息、進(jìn)程環(huán)境、進(jìn)程控制、進(jìn)程關(guān)系、信號、線程、線程控制、守護(hù)進(jìn)程、各種I/O、進(jìn)程間通信、網(wǎng)絡(luò)IPC、偽終端等方面的內(nèi)容，還在此基礎(chǔ)上介紹了眾多應(yīng)用實(shí)例，包括如何創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫函數(shù)庫以及如何與網(wǎng)絡(luò)打印機(jī)通信等。此外，還在附錄中給出了函數(shù)原型和部分習(xí)題的答案。

推薦理由：做大數(shù)據(jù)開發(fā)的人，應(yīng)該都繞不開unix系統(tǒng)吧，比如，redhat、Fedora、Debian、SUSE等。實(shí)際上，這些系統(tǒng)的起源都是unix。通過上述這本書，相信大家會對unix系統(tǒng)有個(gè)深度的了解。但是，該書比較偏學(xué)術(shù)，看起來也會比較累，而且現(xiàn)如今很多unix系統(tǒng)除非是運(yùn)維人員，大概率不需要了解非常底層的內(nèi)容。所以，本人的建議是按需了解，或者是按興趣了解。不過，看完這本書之后的人應(yīng)該會有個(gè)感覺，unix操作系統(tǒng)其實(shí)就是一個(gè)包羅萬象的文件管理系統(tǒng)。

作者導(dǎo)讀節(jié)選：在有關(guān)算法的書中，有一些敘述非常嚴(yán)謹(jǐn)，但不夠全面；另一些涉及了大量的題材，但又缺乏嚴(yán)謹(jǐn)性。本書將嚴(yán)謹(jǐn)性和全面性融為一體，深入討論各類算法，并著力使這些算法的設(shè)計(jì)和分析能為各個(gè)層次的讀者接受。全書各章自成體系，可以作為獨(dú)立的學(xué)習(xí)單元；算法以英語和偽代碼的形式描述，具備初步程序設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)的人就能看懂；說明和解釋力求淺顯易懂，不失深度和數(shù)學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)性。

推薦理由：這本書介紹了許多習(xí)以為常的算法，比如說排序、最短路徑、深度搜索、廣度搜索等。其中大部分算法對于我們來說并不需要重新實(shí)現(xiàn)，因?yàn)楝F(xiàn)如今都有許多包已經(jīng)將這些算法囊括進(jìn)去了，因此，對于絕大部分的生信開發(fā)者而言，可能并不實(shí)用吧。但是，如果涉及到底層架構(gòu)的編程吧，這些算法或許能夠起到觸類旁通的作用。筆者本人也在是在看完這些算法后，第一次了解到許多我們在計(jì)算機(jī)上習(xí)以為常的便捷其實(shí)都是各類經(jīng)典算法的集成，也都是前人知識積累的結(jié)晶。如果部分讀者希望在計(jì)算機(jī)領(lǐng)域繼續(xù)深入研究的話，個(gè)人建議可以了解，不建議對算法進(jìn)行實(shí)現(xiàn)（有包調(diào)用不香嗎？）。

作者導(dǎo)讀節(jié)選：人類和模式生物全基因組序列的獲得對各領(lǐng)域生物學(xué)家現(xiàn)有的科研方式產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響。對浩瀚的基因圖譜的探索需要開發(fā)多種新的實(shí)驗(yàn)技術(shù)和方法，傳統(tǒng)的克隆手冊必然會過時(shí)，已建立的方法也會被淘汰，這都是《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》一書全新版本問世的主要推動力。（略….）。然而我們的兩個(gè)指導(dǎo)原則是：第一，《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》是“以核酸為中心”的實(shí)驗(yàn)室手冊，因而總體上我們沒有選取非直接涉及 DNA或 RNA的實(shí)驗(yàn)方法。所以，盡管本書中有分析蛋白質(zhì)之間相互作用的酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)操作的章節(jié)，但并不包括許多其他的不直接涉及核酸的蛋白質(zhì)間相互作用研究方法。第二，本著 John Lockean“為盡可能多的人們做多的善事”的思想，我們嘗試囊括盡可能多的廣泛用于分子和細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室的以核酸為基礎(chǔ)的方法。對我們而言，較為困難的任務(wù)是決定哪些材料應(yīng)該被刪除，而這個(gè)任務(wù)在與冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社協(xié)商之后難度大大降低，他們同意把較陳舊的方法放在冷泉港方案網(wǎng)站上。

推薦理由：之前筆者在做濕實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)其實(shí)很多人只是照著試劑盒的說明指導(dǎo)進(jìn)行操作，并不熟悉每一個(gè)步驟的含義。當(dāng)然，在結(jié)果能夠復(fù)現(xiàn)的時(shí)候，我們或許可以直接在引用中將試劑盒的CAS名加上就可以了。然后，許多具有前瞻性的實(shí)驗(yàn)常常不是那么容易成功了，其中會涉及到方方面面的改進(jìn)與優(yōu)化，而這需要的就是讀者對于每一步驟的詳細(xì)了解了。因此，本書就提供了一個(gè)系統(tǒng)性的實(shí)驗(yàn)指南，幫助用戶了解實(shí)驗(yàn)步驟，其中的技術(shù)原理等。不過，相信做過實(shí)驗(yàn)的人都了解，那就是即學(xué)即用原則，許多實(shí)驗(yàn)可能我們整個(gè)研究生涯中都無需涉及，那么我們了解也是一種浪費(fèi)時(shí)間，因而，筆者建立根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)進(jìn)度進(jìn)行了解，沒必要大而全，要做到小而細(xì)，專精個(gè)別領(lǐng)域。

二 慣例小結(jié)

本次推薦的書籍，該怎么說呢，有用，但是又不那么有用。能夠幫助做生信的小伙伴拓展自己的視野，但是能夠在流程開發(fā)方面起到多大的作用，就很難說了。所以呢，各位讀者按需了解，然后按需閱讀，這可能才是這些書的正確打開方式吧。后面，也會不定期分析筆者閱讀到有益的書籍，這個(gè)系列也會不定期更新，歡迎持續(xù)關(guān)注（也可后臺推薦您喜歡的書，我會酌情考慮到添加到這個(gè)系列中）。

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另外，怎么說呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。