2022年9月Science雜志背靠背連發(fā)了兩篇關(guān)于溶酶體的研究。第一篇使用基因組CRISPR篩選技術(shù)來識別溶酶體酶轉(zhuǎn)運(yùn)因子(LYSET)，該因子對組織蛋白酶依賴性病毒(包括SARS-CoV-2)的感染至關(guān)重要，是溶酶體酶轉(zhuǎn)運(yùn)所必需的。

第二篇發(fā)現(xiàn)LYSET缺陷細(xì)胞的溶酶體酶被耗盡，大胞飲作用和自噬底物的轉(zhuǎn)運(yùn)受損，證實(shí)LYSET是溶酶體酶轉(zhuǎn)運(yùn)途徑的核心成分。

連發(fā)2篇Science是不是足以說明溶酶體是研究的熱點(diǎn)呢？

還記得小云之前跟你們分享過為什么要關(guān)注溶酶體？

以及如何從生信分析的角度切入溶酶體？

既然是熱點(diǎn)，我們肯定要抓緊時間先進(jìn)行公共數(shù)據(jù)的挖掘，做生信分析，為后續(xù)的課題思路打基礎(chǔ)。

沒有思路、不知道怎么分析的找小云，超多個性化、創(chuàng)新性高的分析思路供你選擇！

雖然目前還沒有單純分析溶酶體的生信文章發(fā)表，但小云還是在茫茫文章中找到了已發(fā)表的、少量的、多多少少與溶酶體關(guān)聯(lián)的生信文章。。。

1、通過KEGG分析發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因（DEGs）在溶酶體相關(guān)通路富集

這篇文章常規(guī)分析了疾病組和對照組的DEGs，然后進(jìn)行GO和KEGG分析，KEGG途徑富集分析顯示，DEGs主要富集于溶酶體途徑。

那么，如果你的生信分析結(jié)果也與之類似，發(fā)現(xiàn)一些DEGs富集到溶酶體通路，那么完全可以針對這些溶酶體相關(guān)的基因進(jìn)行深入分析。

2、分析溶酶體相關(guān)的基因作為疾病的診斷標(biāo)志物

比如這篇文章分析出溶酶體相關(guān)跨膜蛋白5 (LAPTM5)是高血壓左室肥厚的潛在診斷標(biāo)志物。

還分析了LAPTM5的表達(dá)與活性氧(ROS)和自噬相關(guān)基因的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)LAPTM5的表達(dá)與大多數(shù)ROS和自噬相關(guān)基因呈顯著正相關(guān)。

3、分析溶酶體相關(guān)的基因與疾病的關(guān)系

這篇文章分析了溶酶體相關(guān)跨膜蛋白4B (LAPTM4B)的表達(dá)與與樣本類型(正常/原發(fā)腫瘤)的相關(guān)性、與腫瘤分期的相關(guān)性、與腫瘤組織學(xué)(腺癌、鱗狀細(xì)胞癌和正常)的相關(guān)性。

4、分析溶酶體相關(guān)的基因作為疾病的預(yù)后標(biāo)志物

這篇文章分析出溶酶體谷氨酰胺轉(zhuǎn)運(yùn)體SLC38A7作為肺鱗癌的預(yù)后標(biāo)志物，根據(jù)SLC38A7蛋白高表達(dá)(紅色)或低表達(dá)(藍(lán)色)，繪制鱗癌患者總生存期(OS)的Kaplan Meier曲線。

文章小結(jié)

近期連續(xù)發(fā)表的多篇CNS文章都證明溶酶體是一個研究熱點(diǎn)，那么溶酶體也會很快成為下一個生信分析熱點(diǎn)！

趁著現(xiàn)在溶酶體相關(guān)的生信分析思路還沒涌現(xiàn)，可分析的空間非常大，我們可以查找溶酶體相關(guān)的基因集，進(jìn)行生信分析，腫瘤和非腫瘤疾病都可以分析?？梢允欠治鋈苊阁w相關(guān)基因、溶酶體相關(guān)signature、溶酶體相關(guān)非編碼RNA等與疾病的相關(guān)性，還可以將溶酶體相關(guān)基因與其他熱點(diǎn)（比如鐵死亡、代謝等）關(guān)聯(lián)分析。如果有單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)也可以分析哦?