隨著生信分析的文章越來越多，雜志社也是逐年加碼，返回的審稿意見讓補實驗的概率直接翻倍。

首先，審稿人讓補實驗，其實是個好事，說明心水你的paper呀，只要驗證下，接收還不是分分鐘的事。

但是有條件補充實驗的小伙伴，往往是心有余而力不足，有時候沒辦法做到面面俱到，總是這里或那里出現(xiàn)一點bug。

其實，有bug也完全沒必要擺爛，實驗不完美才是科學研究的常態(tài)，關鍵是寫SCI時如何揚長避短，拉高自己論文的level！今天給大家分享一篇生信+簡單驗證的文章，雖然設計不完美，但不影響人家發(fā)1區(qū)8分+的雜志呀~

（瀏覽全文時間有限的小伙伴，可以直接拉到文末，看精華部分的問答式總結哈~）

窺一斑而知全貌，處一隅而觀全局，下面我們就從流程圖中了解下文章的整體思路。（嘮叨一句，一個漂亮的流程圖可是高分文章的標配，有需要優(yōu)化流程圖的小伙伴，聯(lián)系咨詢哦~）

文章總共分為3個部分，分別是：

1、篩選吉非替尼耐藥相關的肺腺癌差異表達基因：研究利用吉非替尼耐藥細胞的GEO數(shù)據集，篩選了耐藥和非耐藥細胞的差異表達基因，與肺腺癌差異表達基因取交集后，即獲得了吉非替尼耐藥相關的肺腺癌差異表達基因。

2、構建預后模型，進行生存分析和功能分析：對以上基因進行Cox回歸分析，篩選出3個預后基因（FSCN1、DDIT4和OAS3）進行預后模型構建，并對模型基因進行生存分析、藥物敏感性分析、免疫表型分析、免疫浸潤分析和通路富集分析等。

3、關鍵基因FSCN1的表達驗證：HE染色驗證目的基因的蛋白表達水平；構建FSCN1敲低的肺腺癌細胞，觀察細胞活力、細胞增殖、侵襲、遷移等功能的變化；小鼠移植瘤模型觀察FSCN1下調對腫瘤的抑制作用。

整體思路非常清晰，生信分析的部分結果也很豐滿，但眼尖的小伙伴已經發(fā)現(xiàn)了本文實驗驗證部分的兩個重大BUG，接下來就讓我們一起來找茬，并且看下作者寫作的小心思吧~?

第一個問題是，研究篩選到了三個關鍵基因，但為什么只驗證了FSCN1？

這點作者在討論中進行了解釋，說另兩個基因的功能已經被研究過了，但FSCN1在腫瘤發(fā)生中的作用及其臨床意義尚不清楚。因此他們進一步開展了與FSCN1敲低相關的細胞功能實驗。

然而FSCN1在肺腺癌中真的沒有研究嗎？并不是，反而是相關研究還不少。以FSCN1和lung cancer為關鍵詞，可以在Pubmed上檢索到33個相關的研究。

給我們的提示是，選擇驗證基因時，被報道的越多驗證出來的可能性也就更大，但是寫作時，我們可以說該基因在腫瘤中的功能仍有待探索。這么說也沒錯，畢竟科學研究總是沒有盡頭的，但是卻可以一定程度上掩蓋設計邏輯上的小缺陷，并且體現(xiàn)研究的創(chuàng)新性。

第二個問題是，本文篩選了吉非替尼耐藥相關的基因，但是最后驗證時卻沒有用耐藥細胞系。

這點可以理解，畢竟直接用現(xiàn)成的細胞系，比構建耐藥細胞系，難度降低了一檔，省時省錢又省勁。但是在寫作時，要緊緊和耐藥關聯(lián)上。

比如本文的作者，不管是在前言還是討論部分，都不斷強調了吉非替尼耐藥相關基因，以及影響吉非替尼抵抗的基因，雖然這些基因是否真的會影響耐藥，并沒有被驗證。

此外，在討論部分，作者也是緊扣耐藥的主題，將關鍵預后基因、免疫微環(huán)境和耐藥進行了關聯(lián)，并展開了深度討論。

給我們的提示是，寫作時強化耐藥相關基因的概念，雖然無法通過實驗驗證，但是可以重點討論耐藥相關的機制，并和生信分析的其它結果進行結合，增加候選基因耐藥相關性的可信度。

問答式總結：

1、? 問：純生信讓補實驗怎么辦？

答：想辦法補，補了就是一條好漢，接收概率直線UP！

2、? 問：實驗經費有限，沒辦法驗證所有基因怎么辦？

答：選其中有代表性的進行驗證，作為結果重點。記得闡明該基因的選擇邏輯。要是實在沒有選擇邏輯，就借助之前已發(fā)表的文獻，強調該基因在疾病研究中的未知性，同時也能體現(xiàn)本研究的創(chuàng)新性。

3、? 問：實驗條件有限，沒辦法補充復雜的機制實驗怎么辦？

答：不用關注目的基因別的功能，就只關注該基因在腫瘤中的表達情況，同時用不同的簡單實驗去反復驗證。比如要驗證基因的表達水平，那就qPCR、WB、HE染色全都整起來。有條件的順便看下敲低/過表達該基因后，腫瘤細胞增殖、遷移、侵襲等功能的變化。這些也都是目前實驗室里常規(guī)的操作了。此外，寫作時不以討論基因的表達為重點，而是重點討論目的基因在疾病中的機制，比如基因是耐藥相關基因，就討論基因潛在的耐藥機制，并和生信分析中的其它結果進行結合。這樣可以隱藏實驗驗證部分的不足，并且增加文章的深度。

所以說，要補實驗不可怕，實驗設計有bug更不可怕，可怕的是不會隱藏這些缺陷，不懂得揚長避短，而最最最可怕的是自己不會解決還不來找小編！

大家要是遇到審稿意見不會處理，或者不知道怎么完善自己的文章，都可以發(fā)給我們，讓小編給你們的文章把把脈，有問題的地方及時調整理順，或許還可以沖一沖意想不到的高分吶！