反應(yīng)力場 reaxff計算
ReaxFF是新一代的分子力場,除傳統(tǒng)力場的基本性質(zhì)之外,可以模擬體系中的化學(xué)反應(yīng)。ReaxFF具有模擬速度快的優(yōu)點,能夠處理較大體系的化學(xué)反應(yīng)過程。在材料科學(xué)中有著極大的應(yīng)用前景,幫助設(shè)計和開發(fā)新材料。
結(jié)合案例以反應(yīng)力場計算所需的文件、力場驗證、命令解讀、程序獲取與選擇、結(jié)果計算與可視化;進階部分以溶液中的質(zhì)子轉(zhuǎn)移、碳化硅表面石墨烯的生長為例,帶大家走通整個ReaxFF反應(yīng)力場應(yīng)用的過程。
ReaxFF基礎(chǔ)理論
1 ?ReaxFF反應(yīng)力場理論概述
1.1 ReaxFF反應(yīng)力場的發(fā)展歷程
1.2 ReaxFF反應(yīng)力場的理論基礎(chǔ)
1.3 ReaxFF反應(yīng)力場參數(shù)分枝與詳解
1.4 ReaxFF反應(yīng)力場的應(yīng)用領(lǐng)域
ReaxFF基礎(chǔ)入門
2 ?ReaxFF反應(yīng)力場基礎(chǔ)入門
2.1 所需輸入重要文件詳解包括 control, ?geo, ffield等文件
2.2 結(jié)合實例,講解輸入文件命令行,輸出文件
2.3 ReaxFF反應(yīng)力場簡單實例操作及結(jié)果查看
2.4 ReaxFF反應(yīng)力場開發(fā)所需文件,力場驗證方法(參數(shù)或反應(yīng)路徑掃描)
2.5 ReaxFF反應(yīng)力場運行軟件(standalone ReaxFF, ADF,LAMMPS)和程序獲取
2.6 ReaxFF 反應(yīng)力場的選取和準備
ReaxFF計算軟件
3 分子建模,可視與計算軟件
3.1 建模軟件gview, material studio
3.2 可視軟件molden, VMD, OVITO
3.3 ReaxFF計算軟件 standalone ReaxFF, ADF, LAMMPS
3.4 ADF運行文件設(shè)置
3.5 LAMMPS運行設(shè)置
ReaxFF特殊功能
4 ReaxFF特殊功能介紹(主要針對adf和standalone ReaxFF程序)
4.1 改變體系溫度或體積tregime.in, vregime.in, 加電場 eregime.in等
4.2 隨機產(chǎn)生給定比例的混合物
4.3 geo文件的產(chǎn)生, 設(shè)定電荷, 限制鍵長鍵角和掃描等
4.4 指定時間在體系中添加和刪除特定分子
4.5 產(chǎn)物化學(xué)組分分析與結(jié)果可視化
4.6 巨正則蒙特卡洛模擬gcmc設(shè)置
4.7 偏執(zhí)勢蒙特卡洛模擬fbmc設(shè)置
ReaxFF進階實例?
5 ReaxFF進階實例操作,理解計算模擬的過程及物理意義
:?實例操作:溶液中的質(zhì)子轉(zhuǎn)移(JPCB,JPCL文獻)
1. 建立初始模型:重點注意事項(minimization->nvt->compress->npt->nvt)
2. 輸入文件設(shè)置, 開啟輸出unfolded坐標文件
3. 模擬步驟:能量最小化,壓縮,系綜平衡等
4. VMD查看結(jié)果分析:msd,擴散系數(shù),rdf,sdf, 質(zhì)子追蹤等
ReaxFF進階實例?
:?實例操作:?碳化硅表面石墨烯的生長(Chem. Mater文獻)
1.?建模與輸入文件,表面選取與準備
2.?熱分解法生長石墨烯,刪除表面硅
3.?cvd法生長石墨烯,添加乙炔分子
4.?可視評估石墨烯質(zhì)量 (模擬結(jié)果統(tǒng)計與可視化)