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NAT COMMUN IF>17丨BRD9介導的染色質(zhì)重塑抑制破骨細胞的發(fā)生

2023-06-06 13:12 作者:小恒學術(shù)  | 我要投稿

骨重塑過程是一個由成骨細胞介導的骨形成和破骨細胞介導的骨吸收的連續(xù)循環(huán),一旦骨重塑過程紊亂,會擾亂骨骼結(jié)構(gòu),導致骨質(zhì)疏松癥、骨質(zhì)疏松癥、骨壞死等骨骼衰弱性疾病。

破骨細胞來源于骨髓巨噬細胞(BMDMs),是骨重塑過程的重要細胞,在形成過程中能夠分泌蛋白酶和酸,如酒石酸抗性酸性磷酸酶(TRAP)、cathe- psin K(CTSK)和基質(zhì)金屬肽酶9(MMP9)等,進行骨吸收。已有研究報道BRD9在髓系譜系發(fā)育和巨噬細胞炎癥反應中起著至關(guān)重要的作用,但BRD9介導的染色質(zhì)重塑與骨穩(wěn)態(tài)中破骨細胞譜系分化之間是否存在關(guān)聯(lián)尚未明確。

2023年3月上海交通大學醫(yī)學院上海市第九人民醫(yī)院蔣欣泉教授的團隊在《Nature Communications》期刊發(fā)表題為“BRD9-mediated chromatin remodeling suppresses osteoclastogenesis through negative feedback mechanism(BRD9介導的染色質(zhì)重塑通過負反饋機制抑制破骨細胞形成)”的研究論文。研究證明了BRD9-FOXP1-STAT1軸在骨重塑過程中至關(guān)重要,另外作者設計的一種BRD9局部給藥系統(tǒng)可有效緩解唑來膦酸鈉(ZOL)相關(guān)的頜骨骨壞死(ONJ)和脂多糖(LPS)誘導的局部侵襲性牙周炎的急性骨質(zhì)流失,強調(diào)了BRD9治療骨病的潛力。值得一提的是,該研究中使用了漢恒生物提供的用于過表達STAT1和敲低FOXP1的慢病毒感染RAW264.7,以此來研究BRD9的作用機制。

首先,作者檢測了BRD9在破骨細胞中的表達水平,發(fā)現(xiàn)BRD9在4周齡小鼠股骨遠端骨小梁表面的破骨細胞中具有較高的表達水平(圖1a)。骨微環(huán)境中的破骨細胞形成是由NF-κB受體激活因子配體(RANKL)和巨噬細胞集落刺激因子(M-CSF)啟動的,因此作者使用M-CSF和RANKL處理BMDMs,以進一步評估BRD9在破骨細胞增殖、分化和成熟階段的表達水平(圖1b)。作者發(fā)現(xiàn),在破骨細胞形成過程中,經(jīng)RANKL處理后,BRD9在mRNA和蛋白水平上的表達逐漸上調(diào)(圖1c,d),在體外誘導RANKL后BMDM中BRD9的免疫熒光染色實驗中也呈現(xiàn)出相同的結(jié)果(圖1e)。為了進一步確認BRD9是否在破骨細胞發(fā)生過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用,作者構(gòu)建了特異性敲除了BRD9的小鼠(LysM-Cre;BRD9fl/fl小鼠)。μ顯微CT分析顯示,相比對照小鼠,LysM-Cre;;BrdRD9fl/fl小鼠4周齡時股骨小梁骨量有所減少,骨量/組織體積比(BV/TV)、骨量/組織體積比(BS/TV)、骨小梁厚度(Tb.Th)、骨小梁數(shù)量(Tb.N)、骨密度(BMD)降低,骨表面積/體積比(BS/BV)、骨小梁分離度(Tb.Sp)和孔隙率(Po)增加。LysM-Cre;;BRDrd9fl/f小鼠在4周齡時也表現(xiàn)出皮質(zhì)厚度下降,橫截骨面積(Ct.Ar)和周長(Ct.Pm)減少(圖1f,g)。組織學上,H&E染色(圖1h)和Von Kossa染色(圖1i)結(jié)果顯示,與對照小鼠相比,LysM-Cre;;BrdRD9fl/fl小鼠股骨遠端骨量和礦化減少。以上實驗結(jié)果表明BRD9缺失后會導致骨量減少。



? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖1髓系BRD9的缺失導致骨量減少


確認BRD9缺失后會導致骨量減少后,作者研究了破骨細胞骨吸收和成骨細胞骨形成,發(fā)現(xiàn)LysM-Cre;Brd9fl/fl小鼠在4周齡時破骨細胞數(shù)量和大小增加,骨形成率與對照小鼠相當,但骨表面侵蝕更多,因此作者推斷BRD9缺失后會促進破骨細胞形成。那么BRD9是如何抑制破骨細胞形成的呢?作者先是提取4周齡的LysM-Cre;Brd9fl/fl和對照小鼠的BMDMs,使用RANKL體外誘導破骨細胞,2天后,與對照BMDMs相比,敲除BRD9的BMDMs中TRAP水平升高,破骨細胞的數(shù)量和大小增加(圖2a),破骨特異性基因Acp5、CTSK和MMP9的表達增加(圖2b,c)。

接著作者使用BRD9的化學抑制劑iBRD9誘導破骨細胞形成,經(jīng)過濃度摸索,最終選擇了能夠顯著促進破骨細胞形成的濃度為1 μM(圖2d,e,f)。作者使用M-CSF處理BMDMs,并設置了四組實驗:對照組(M+vector),iBRD9誘導組(M+iBRD9),RANKL誘導組(MR+vector),RANKL和iBRD9同時誘導組(MR+iBRD9),并檢測這4組BMDMs中FOS、CTSK的蛋白水平以及ACP5和MMP9的mRNA水平,結(jié)果顯示抑制劑iBRD9在沒有RANKL誘導的情況下對破骨細胞的形成沒有顯著影響,這表明BRD9發(fā)揮功能依賴于RANKL(圖2g,h)。實驗結(jié)果表明BRD9以負反饋機制對RANKL誘導的破骨細胞分化進行抑制調(diào)控,BMDMs中BRD9基因缺失和抑制均能促進破骨細胞分化。



圖2 BMDMs中BRD9的缺失和抑制導致體外破骨細胞形成過度激活


為了進一步研究BRD9介導的抑制RANKL誘導破骨細胞分化的反饋機制,作者使用M-CSF和RANKL誘導破骨細胞,并分為兩組,一組使用iBRD9(MR + iBRD9),另一組不做處理(MR +vector),1天后進行mRNA seq。結(jié)果顯示,MR + iBRD9組BMDMs中共有211個基因下調(diào)和183個基因上調(diào),如熱圖和散點圖所示(圖3a)。利用GO分析MR + vector和MR + iBRD9實驗組,發(fā)現(xiàn)這些基因在免疫反應、對干擾素-β (IFN-β)和外部刺激的反應、免疫系統(tǒng)過程及其拓撲關(guān)系上都有強烈的富集(圖3b)。基因集富集分析(GSEA)進一步發(fā)現(xiàn),MR+iBRD9組IFN-β反應、乙酰膽堿受體信號傳導、免疫受體活性顯著減弱,而核糖體生物發(fā)生、突觸傳遞和rRNA加工增強(圖3c,d)。

在破骨細胞形成過程中,RANKL激活I(lǐng)FN-β信號,IFN-β、STAT1、STAT2上調(diào)(圖3e),而iBRD9處理后,在RANKL誘導的BMDMs中,IFN-β信號活性下調(diào)(圖3f)。因此,作者推測在BRD9抑制后,BMDMs中轉(zhuǎn)錄下調(diào)的IFN-β信號可能導致破骨細胞過度形成。為了驗證這一假設,我們將IFN-β1細胞因子加入到BRD9抑制的BMDMs中,發(fā)現(xiàn)BRD9抑制后導致的破骨形成增加在IFN-β信號上調(diào)后得到控制,表現(xiàn)為Acp5和Mmp9的破骨生成基因表達下調(diào)(圖3g),TRAP +分化的破骨細胞數(shù)量和大小減少(圖3h)。因此,BMDMs中IFN-β信號的轉(zhuǎn)錄激活可能有助于破骨細胞發(fā)生過程中BRD9介導的負反饋。




圖3 BRD9介導的干擾素- β信號的轉(zhuǎn)錄激活負調(diào)控破骨細胞的形成


為了闡明BRD9在RANKl處理的破骨細胞中的負反饋機制,作者通過chip-seq比較RANKl處理的iBRD9抑制基因轉(zhuǎn)錄與破骨細胞發(fā)生過程中BMDMs中BRD9的結(jié)合譜進行了比較。有717個基因在BRD9受到抑制后表達下調(diào)(圖4a)。對上述基因進行KEGG富集分析,發(fā)現(xiàn)BRD9的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄調(diào)控在信號轉(zhuǎn)導、信號分子、相互作用和免疫應答等通路富集(圖4b)。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)分析進一步確定了基因列表中的幾個關(guān)鍵樞紐基因,是破骨細胞形成的負反饋調(diào)節(jié)過程中BRD9的潛在直接下游靶點(圖4c)。其中,STAT1是相互作用次數(shù)最多的樞紐基因之一,在RNAKl誘導后,STAT1在體內(nèi)和體外的破骨細胞中表達均有上調(diào)(圖3e,4d,e)。而與對照組相比,在RANKl誘導后,LysM- Cre;Brd9fl/fl小鼠BMDMs中STAT1的表達下調(diào)(圖4f),在BRD9抑制后,野生型小鼠BMDMs中STAT1的基因表達也下調(diào)(圖4g和h)。接著作者構(gòu)建了可穩(wěn)定表達STAT1的RAW264.7,以研究iBRD9抑制劑的功能。作者發(fā)現(xiàn),未表達STAT1且未使用iBRD9處理的對照組中,破骨相關(guān)基因MMP4、ACP4、FOS的表達量與表達STAT1且使用iBRD9處理實驗組和表達STAT1但未使用iBRD9處理的實驗組相當,但在未表達STAT1且使用iBRD9處理的RAW264.7中破骨相關(guān)基因的表達量明顯上升(圖4j)。另外作者發(fā)現(xiàn)iBRD9處理后,STAT1啟動子和增強子的轉(zhuǎn)錄活性顯著下降(圖4k)。在破骨細胞誘導的RAW264.7細胞中進行ChIP-qPCR,結(jié)果顯示BRD9可以直接結(jié)合STAT1的啟動子和增強子(圖4l)。以上實驗結(jié)果表明BRD9通過直接調(diào)節(jié)STAT1的啟動子和增強子活性來促進STAT1的轉(zhuǎn)錄。




圖4 STAT1對破骨細胞發(fā)生過程中BRD9介導的負反饋至關(guān)重要


然后,作者進行了染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶開放性高通量測序(ATAC-seq)和基序分析,來研究BRD9的染色質(zhì)重塑功能以及可能促進BRD9對破骨細胞產(chǎn)生負作用的輔助因子。BRD9抑制組染色質(zhì)開放性譜發(fā)生了顯著變化,對照組有12988個峰,BRD9抑制組有10795個峰,其中重疊峰有5092個(圖5a,b)。進一步比較兩組間的差異開放區(qū)域(DARs), BRD9抑制后得到3155個DARs開放性增加,2489個DARs開放性降低(圖5c)。BRD9抑制后染色質(zhì)開放圖譜的變化表明,除了IFN-β信號通路外,BRD9介導的破骨細胞發(fā)生的負調(diào)控也可能被多個過程影響。

為了確定破骨細胞形成過程中BRD9潛在的相互作用轉(zhuǎn)錄因子,作者使用ATAC-seq(圖5e)將BRD9抑制后最富集的缺失基序與ChIP-seq中BRD9結(jié)合位點富集基序進行比較。在BRD9結(jié)合位點富集而BRD9抑制后缺失的基序有:MXI1、SRY、Arid3a、ZNF354C、FOXP1等,這些TF可能與BRD9相互作用(圖5f)。作者發(fā)現(xiàn)FOXP1在股骨遠端生長板下的分泌CTSK的破骨細胞和正常破骨細胞中表達(圖5h,i)。因此,作者推測FOXP1可能在破骨細胞形成過程中參與BRD9的抑制功能。作者先做了IP實驗,發(fā)現(xiàn)BRD9和FOXP1在破骨細胞分化過程中相互作用(圖5j)。為了進一步驗證FOXP1在STAT1上的結(jié)合和轉(zhuǎn)錄調(diào)控功能,作者利用進行了ChIP-qPCR和FOXP1敲低實驗。實驗結(jié)果顯示FOXP1可以直接結(jié)合STAT1啟動子和增強子,而FOXP1在STAT1上的結(jié)合功能在BRD9抑制后減弱(圖5k)。利用慢病毒敲低Foxp1導致Stat1下調(diào),同時與對照慢病毒組相比,破骨細胞分化基因上調(diào),BRD9的調(diào)控功能起效(圖51)。我們進一步排除了BRD9缺失或抑制后Foxp1基因表達下調(diào)導致Stat1結(jié)合和調(diào)節(jié)功能受損的可能性,如在rankl誘導后LysM-Cre;BRD9fl/fl小鼠中Foxp1基因表達與對照小鼠相比相當(圖5m),以及在BRD9抑制后野生型小鼠的BMDMs中Foxp1基因表達水平無明顯變化(圖5n)。以上結(jié)果表明FOXP1是BRD9在STAT1轉(zhuǎn)錄激活及其在破骨細胞分化過程中的負反饋調(diào)控的關(guān)輔助因子之一(圖5o)。



圖5 FOXP1與BRD9相互作用,在破骨細胞形成過程中調(diào)節(jié)STAT1轉(zhuǎn)錄


ZOL相關(guān)的ONJ與拔牙后患者破骨細形成過程受損有關(guān),需要長期服用強抗骨吸收劑。此外,最近的研究也揭示了ONJ的發(fā)病機制也與巨噬細胞過度活化和炎癥有關(guān)。先前有研究證明了化學藥物PROTAC dBRD9(dBRD9降解劑)在滑膜肉瘤和白血病的臨床前模型中的療效,因此,作者推測使用具有促進破骨細胞形成和抗炎反應的dBRD9降解劑(這個降解劑是PROTAC嗎[1]?)進行局部治療可以有效預防或減輕ONJ。為了驗證這一假設,作者給6周齡WT C57BL/6J小鼠注射ZOL(125 μg/kg體重;每周2次)和DEX(糖皮質(zhì)激素/地塞米松)(5mg /kg體重;每周一次)。首次注射ZOL/DEX 2周后,拔除小鼠上頜左第一磨牙。接著,作者構(gòu)建了含有dBRD9降解劑的改良光固化SF(絲素蛋白)材料,在拔牙后立即填充到牙槽骨窩中,并以SF空載為對照組。兩周后,收集各組上頜骨進行評估(圖6a)。

顯微CT成像評估牙槽骨愈合情況顯示,onj對照組小鼠的磨牙拔牙部位骨膜反應嚴重(圖6b,箭頭1),上頜竇底骨過度(圖6b,箭頭2),骨填充量不足充滿骨屑,骨硬化嚴重(圖6b,箭頭3)。而來自ONJ-dBRD9組的小鼠的磨牙拔牙槽內(nèi)長滿了新形成的小梁骨(圖6b),與onj 對照組的小鼠相比,骨壞死和骨膜反應的發(fā)生率降低了60%(圖6c)。組織學檢查結(jié)果顯示,對照小鼠壞死的牙槽骨有空腔隙(圖6d,星號),而dBRD9組無明顯空腔隙,且愈合的拔牙窩骨組織結(jié)構(gòu)組織良好(圖6d,箭頭)。

TRAP染色和定量分析顯示,與對照組相比,dBRD9降解劑處理組在愈合的牙槽骨表面參與骨重塑的破骨細胞局部增加(圖6e,f)。TNF-α(圖6h)和CD66(圖6i)顯示,與對照組相比,dBRD9降解劑治療組拔牙槽愈合后骨表面炎癥反應局部減輕。

應用dBRD9治療ZOL誘導的ONJ效果良好,這一結(jié)果促使作者進一步探索在破骨細胞生成和巨噬細胞激活過程中,BRD9的功能與發(fā)病機制之間的潛在聯(lián)系。在rankl誘導的破骨細胞生成和脂多糖(LPS)誘導的巨噬細胞激活過程中,ZOL處理可導致bmdms中BRD9的表達上調(diào)(圖6j),而STAT1作為BRD9的關(guān)鍵下游靶點之一,在dBRD9降解劑處理組體內(nèi)較對照組下調(diào)(圖6k)。因此將dBRD9應用于zol誘導的ONJ是一種潛在的理想的治療方法,為未來長期服用ZOL的患者預防或有效緩解ONJ提供了一個新的治療方向。





圖6 BRD9降解物減輕拔牙后ZOL相關(guān)的ONJ


我們以LPS誘導的牙周牙槽骨損失為模型,評估brd9缺失小鼠骨組織中炎癥反應和RANKL表達以及破骨細胞活性的變化(圖7a)。與對照小鼠相比,攜帶骨質(zhì)疏松表型(圖7b,c,星號)的Brd9缺失小鼠對LPS/結(jié)扎刺激的牙周牙槽骨局部急性損傷(圖7b-d)和破骨細胞活性(圖7e,f)表現(xiàn)出抵抗性。如TNF-α、iNOS和RANKL的免疫熒光染色結(jié)果所示(圖7g),與對照小鼠相比,LysM-Cre;BRD9fl/fl小鼠對LPS/結(jié)扎刺激的高炎癥反應的抵抗和RNAKL的增加可能緩解了急性局部骨損失,降低了破骨細胞活性。

為了測試dBRD9對LPS/結(jié)扎誘導的急性牙周炎和牙槽骨丟失的預防和治療潛力,作者進一步利用含有BRD9降解物的改性光固化SF,并在LPS/結(jié)扎誘導時將其注射到牙周組織中,對側(cè)含有SF的載體(圖7h),5 d后收集各組牙槽骨進行評估。結(jié)果顯示,與對照組相比,dBRD9組LPS/結(jié)扎刺激的牙周牙槽骨急性局部骨丟失(圖7i-k)、破骨細胞活性(圖7l,m)以及巨噬細胞激活和RANKL表達(圖7n,o)明顯減弱。這些結(jié)果表明,在感染刺激的情況下,骨組織中BRD9缺失或降解的抗炎作用可能比在基礎(chǔ)條件下更為突出。




圖7 BRD9缺失/降解物減輕脂多糖誘導的骨吸收

綜上,該研究確定了BRD9-FOXP1-STAT1軸,BRD9與轉(zhuǎn)錄因子FOXP1相互作用,激活STAT1轉(zhuǎn)錄和IFN-β信號轉(zhuǎn)導,這對維持破骨細胞負反饋循環(huán)和骨重塑的穩(wěn)態(tài)是不可或缺的。同時,作者設計了BRD9局部給藥系統(tǒng),小鼠實驗結(jié)果顯示該給藥系統(tǒng)可有效減輕ZOL相關(guān)的ONJ和減輕脂多糖誘導的局部侵襲性牙周炎的急性骨質(zhì)流失。以上結(jié)果闡明了BRD9在破骨細胞中的功能及其對骨病的治療潛力,為未來開發(fā)破骨細胞相關(guān)骨病的治療策略提供了新的見解。

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