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【知識(shí)摘抄】真核生物蛋白質(zhì)的定向運(yùn)輸*

2023-07-18 17:43 作者:開紫花的地丁  | 我要投稿

真核生物蛋白質(zhì)的定向運(yùn)輸又稱定向轉(zhuǎn)運(yùn)、靶向輸送(targeting)、分選(sorting),是指新合成的蛋白質(zhì)從合成場(chǎng)所定向運(yùn)輸?shù)?span id="s0sssss00s" class="color-blue-03">功能場(chǎng)所的過程。


真核細(xì)胞中合成的蛋白質(zhì)可分為三類,其中兩類涉及定向運(yùn)輸:

①游離核糖體合成的細(xì)胞質(zhì)蛋白和線粒體、葉綠體核糖體合成的蛋白質(zhì),不涉及定向運(yùn)輸。

②游離核糖體合成的細(xì)胞核蛋白、線粒體蛋白、過氧化物酶體蛋白及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)核糖體合成的溶酶體蛋白、膜整合蛋白,經(jīng)歷細(xì)胞內(nèi)定向運(yùn)輸。

③內(nèi)質(zhì)網(wǎng)核糖體合成的分泌蛋白(secretory protein),經(jīng)歷定向運(yùn)輸和分泌。


例如,酵母有6000多種蛋白質(zhì)(包括5000種可溶性蛋白質(zhì)、1000種膜蛋白),其中有1/2為細(xì)胞質(zhì)蛋白,1/4為細(xì)胞核蛋白,1/4為線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、高爾基體蛋白。


蛋白質(zhì)的定向運(yùn)輸可分為兩個(gè)階段:

①蛋白質(zhì)向相關(guān)區(qū)室運(yùn)輸,通常在蛋白質(zhì)合成過程中或合成結(jié)束時(shí)進(jìn)行。不同的蛋白質(zhì)在這一階段分別進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體或細(xì)胞核等。

②運(yùn)輸?shù)絻?nèi)質(zhì)網(wǎng)的蛋白質(zhì)進(jìn)一步進(jìn)入分泌途徑。高爾基體蛋白、溶酶體蛋白和細(xì)胞膜蛋白都以運(yùn)輸小泡形式通過分泌途徑運(yùn)輸。


一、進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔


分泌蛋白的合成是在游離核糖體上開始的,后由信號(hào)肽引導(dǎo)核糖體錨定于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜胞質(zhì)面并繼續(xù)合成,且新生肽直接進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔,即合成與運(yùn)輸同時(shí)進(jìn)行,該過程稱為共翻譯運(yùn)輸(cotranslational translocation),例如胰腺細(xì)胞分泌的酶、漿細(xì)胞分泌的抗體、小腸杯細(xì)胞分泌的黏蛋白、內(nèi)分泌腺分泌的多肽類激素、各組織細(xì)胞分泌的細(xì)胞外基質(zhì)成分。游離核糖體和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)核糖體是一樣的,新生肽進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔由四種其他成分決定。


1.信號(hào)肽(signalpeptide) 經(jīng)歷定向運(yùn)輸?shù)牡鞍踪|(zhì)的特點(diǎn)是都含有信號(hào)肽(又稱信號(hào)序列。Blobel因于1971年提出闡明蛋白質(zhì)運(yùn)輸和定位的信號(hào)學(xué)說而獲得1999年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng))。溶酶體、線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白前體的信號(hào)肽通常位于肽鏈的N端,功能是引導(dǎo)這些蛋白前體向相應(yīng)場(chǎng)所運(yùn)輸,之后被切除。細(xì)胞核蛋白的信號(hào)肽位于肽鏈的內(nèi)部,功能是引導(dǎo)其運(yùn)輸入核,之后不被切除。


信號(hào)肽(signalpeptide)、信號(hào)序列(signalsequence) 蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)中決定其去向或歸宿的一段氨基酸序列。


前導(dǎo)肽(leaderpeptide)?

①同信號(hào)肽。

②原核生物操縱子前導(dǎo)序列編碼產(chǎn)物,參與基因表達(dá)調(diào)控。


轉(zhuǎn)運(yùn)肽(transitpeptide) 由染色體基因編碼的細(xì)胞器(線粒體、過氧化物酶體、頂置體、葉綠體、藍(lán)色小體等)蛋白的信號(hào)肽。


前肽(propeptide) 在翻譯后修飾時(shí)被切除的氨基酸序列,如胰島素C肽。部分中文文獻(xiàn)也譯作前導(dǎo)肽。


控制共翻譯運(yùn)輸?shù)男盘?hào)肽長(zhǎng)13~36AA,位于(或靠近)新生肽N端,有以下特征:

①有的信號(hào)肽N端有1~2個(gè)帶正電荷的堿性氨基酸。

②中間有10~15個(gè)疏水性氨基酸。

③C端為蛋白酶剪切位點(diǎn),含極性氨基酸,靠近剪切位點(diǎn)處為小分子量氨基酸。分泌蛋白信號(hào)肽的功能是引導(dǎo)新生肽進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng),之后被切除,所以成熟的分泌蛋白沒有信號(hào)肽(圖4-17)。


圖4-17 人分泌蛋白信號(hào)肽


雞卵清蛋白例外,其mRNA翻譯成的新生肽386AA,信號(hào)肽是His22~Asp48,不在N端,最后也未被切除。卵清蛋白的另一個(gè)特點(diǎn)是其Ser165、237、321會(huì)緩慢改變L-構(gòu)型為D-構(gòu)型,并賦予其熱穩(wěn)定性。


2.信號(hào)識(shí)別顆粒(signalrecognitionparticle,SRP) 是控制共翻譯運(yùn)輸信號(hào)肽受體蛋白。信號(hào)識(shí)別顆粒可與信號(hào)肽結(jié)合,從而與含該信號(hào)肽的新生肽結(jié)合。新生肽一旦與信號(hào)識(shí)別顆粒結(jié)合,便向運(yùn)輸通道(channel)移動(dòng),穿過運(yùn)輸通道進(jìn)入細(xì)胞器。許多新生肽的運(yùn)輸過程不可逆,即不會(huì)再回到細(xì)胞質(zhì),因?yàn)檫\(yùn)輸過程與釋能過程(如ATP水解)偶聯(lián),且運(yùn)輸?shù)轿恢笮盘?hào)肽通常被切除。


信號(hào)識(shí)別顆粒是一種核蛋白

①人信號(hào)識(shí)別顆粒由六種蛋白質(zhì)(SRP54、SRP19、SRP68、SRP72、SRP14、SRP9)和一種7S RNA構(gòu)成。其中7S RNA也記作7SL RNA,屬于胞質(zhì)小RNA,長(zhǎng)度為300nt;SRP54是一種GTPase,含兩個(gè)結(jié)構(gòu)域:G結(jié)構(gòu)域結(jié)合GTP,M結(jié)構(gòu)域結(jié)合7SRNA(需SRP19協(xié)助)和信號(hào)肽。

②原核生物信號(hào)識(shí)別顆粒由一種蛋白質(zhì)和一種4.5S RNA(平均長(zhǎng)度為100nt)構(gòu)成。

③信號(hào)識(shí)別顆粒的功能是在結(jié)合GTP時(shí)與新合成的信號(hào)肽及核糖體結(jié)合,引導(dǎo)它們向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)轉(zhuǎn)移,與停靠蛋白結(jié)合。


3.??康鞍祝╠ockingprotein) 又稱信號(hào)識(shí)別顆粒受體(SRP receptor),是一種內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜整合蛋白、一種αβ二聚體,其α亞基有GTPase活性。停靠蛋白的功能是在結(jié)合GTP時(shí)募集信號(hào)識(shí)別顆粒-新生肽-核糖體-mRNA復(fù)合物,引導(dǎo)它們向轉(zhuǎn)運(yùn)體轉(zhuǎn)移。


4.轉(zhuǎn)運(yùn)體(translocator) 又稱易位子(translocon)、易位蛋白質(zhì),是一種內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜蛋白,跨膜異三聚體,記作SEC61αβγ,功能是作為新生肽通道,在與核糖體結(jié)合時(shí)開放,介導(dǎo)新生肽進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔。


5.分泌蛋白共翻譯運(yùn)輸機(jī)制 

核糖體合成信號(hào)肽。

核糖體通過信號(hào)肽募集信號(hào)識(shí)別顆粒。

信號(hào)識(shí)別顆粒GTP結(jié)合并中止肽鏈合成(因?yàn)榉忾]了延伸因子結(jié)合位點(diǎn)),此時(shí)新生肽長(zhǎng)約70AA(肽鏈過長(zhǎng)不利于運(yùn)輸);mRNA-核糖體-新生肽-信號(hào)識(shí)別顆?!TP內(nèi)質(zhì)網(wǎng)移動(dòng),被內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜??康鞍?/span>(結(jié)合有GTP)募集。

核糖體核糖體受體、貫穿內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜的轉(zhuǎn)運(yùn)體結(jié)合,轉(zhuǎn)運(yùn)體開放,信號(hào)肽引導(dǎo)新生肽通過,同時(shí)信號(hào)識(shí)別顆粒??康鞍?/span>水解各自的GTP,信號(hào)識(shí)別顆粒釋放。

新生肽繼續(xù)合成,并通過轉(zhuǎn)運(yùn)體進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔(消耗ATP),信號(hào)肽被內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中與轉(zhuǎn)運(yùn)體結(jié)合的信號(hào)肽酶(signal peptidase,又稱前導(dǎo)肽酶。人信號(hào)肽酶是一種跨膜五聚體)切除。

新生肽繼續(xù)合成,直到終止。

核糖體解聚,轉(zhuǎn)運(yùn)體關(guān)閉,新生肽在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中修飾(圖4-18)。


圖4-18 共翻譯運(yùn)輸


分泌蛋白在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中修飾后,以運(yùn)輸小泡(transport vesicle)形式向高爾基體順面(順面高爾基網(wǎng))運(yùn)輸,在高爾基體內(nèi)進(jìn)一步修飾(包括O-糖基化、N-寡糖加工),再以分泌小泡形式離開高爾基體反面(反面高爾基網(wǎng)),運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞膜,通過胞吐作用分泌到細(xì)胞外。


二、插入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜


內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜、高爾基體膜、溶酶體膜細(xì)胞膜跨膜蛋白都是在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上完成合成的,合成之后的運(yùn)輸途徑與分泌蛋白的運(yùn)輸途徑一致。跨膜蛋白在整個(gè)運(yùn)輸過程中始終呈跨膜狀態(tài),不會(huì)改變與膜的相對(duì)取向。因此,跨膜蛋白最終的跨膜取向早在插入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜時(shí)就確定了

跨膜蛋白分為四類(圖4-19),這里以Ⅰ型單次跨膜蛋白為例介紹其嵌膜機(jī)制。


圖4-19 四類跨膜蛋白


所有Ⅰ型跨膜蛋白(如LDL受體)都含N端信號(hào)肽和一段約22AA的內(nèi)部疏水肽段(稱為信號(hào)錨定序列,signal-anchor sequence,停止轉(zhuǎn)移序列,stop transfer sequence,即跨膜區(qū)序列),N端信號(hào)肽引導(dǎo)跨膜蛋白內(nèi)質(zhì)網(wǎng)移動(dòng),信號(hào)錨定序列則為跨膜α螺旋。Ⅰ型跨膜蛋白N端信號(hào)肽分泌蛋白信號(hào)肽一樣,通過信號(hào)識(shí)別顆粒??康鞍?/span>結(jié)合,啟動(dòng)共翻譯運(yùn)輸

新生肽N端進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔,信號(hào)肽被切除。

新生肽繼續(xù)合成并進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔

信號(hào)錨定序列進(jìn)入轉(zhuǎn)運(yùn)體通道,跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)終止。

信號(hào)錨定序列轉(zhuǎn)運(yùn)體的亞基之間擠出,插入雙層膜結(jié)構(gòu)。

新生肽繼續(xù)合成,核糖體仍然與轉(zhuǎn)運(yùn)體結(jié)合,但轉(zhuǎn)運(yùn)體已經(jīng)關(guān)閉。

⑥合成終止,核糖體脫離轉(zhuǎn)運(yùn)體,跨膜蛋白C端位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)表面(圖4-20)。之后跨膜蛋白所在膜片出芽形成運(yùn)輸小泡,最終運(yùn)輸?shù)?span id="s0sssss00s" class="color-blue-03">功能場(chǎng)所。


圖4-20?、裥蛦未慰缒さ鞍走\(yùn)輸


三、進(jìn)入線粒體


人心肌線粒體蛋白質(zhì)組有615種蛋白質(zhì),僅13種由mtDNA編碼,其余均由染色體DNA編碼,在細(xì)胞質(zhì)中翻譯合成,合成之后才向線粒體內(nèi)運(yùn)輸,稱為翻譯后運(yùn)輸(post-translational transport)。


1.線粒體蛋白信號(hào)肽 又稱轉(zhuǎn)運(yùn)肽(transit peptide),對(duì)于在細(xì)胞質(zhì)中合成的線粒體前體蛋白,其轉(zhuǎn)運(yùn)肽位于N端,長(zhǎng)20~55AA,并無(wú)序列保守性,但有以下特征:

①富含疏水性氨基酸、堿性氨基酸(特別是精氨酸)和羥基氨基酸絲氨酸、蘇氨酸),幾乎不含酸性氨基酸

②有兩親性α螺旋(又稱兩親螺旋)構(gòu)象,即疏水性氨基酸和堿性氨基酸分別位于α螺旋的兩個(gè)側(cè)面。

③沒有特異性,可以引導(dǎo)其他蛋白質(zhì)進(jìn)入線粒體。


2.線粒體蛋白運(yùn)輸機(jī)制 

①新合成的線粒體前體蛋白分子伴侶?Hsp70(或MSF)結(jié)合,呈伸展?fàn)顟B(tài)(否則不能運(yùn)輸)。

線粒體前體蛋白線粒體外膜上的內(nèi)運(yùn)受體結(jié)合。

內(nèi)運(yùn)受體(Tom20/22)將線粒體前體蛋白線粒體內(nèi)外膜接觸點(diǎn)(contact point)轉(zhuǎn)移。

線粒體前體蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)肽引導(dǎo),穿過外膜TOM復(fù)合體(translocase of the outermembrane,TOM complex)Tom40TIM復(fù)合體(translocase of the innermembrane,TIM complex)Tim23/17。

⑤結(jié)合在內(nèi)膜?Tim44?上的分子伴侶?Hsp70線粒體前體蛋白結(jié)合,通過水解ATP提供能量促使其內(nèi)運(yùn)。內(nèi)運(yùn)動(dòng)力還來(lái)自跨線粒體內(nèi)膜的質(zhì)子動(dòng)力。

線粒體前體蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)肽線粒體加工肽酶(mitochondrial processing peptidase,MPP,αβ二聚體)切除。

線粒體蛋白形成活性構(gòu)象(多數(shù)需要線粒體伴侶蛋白協(xié)助)(圖4-21)。


圖4-21 線粒體蛋白運(yùn)輸


線粒體蛋白線粒體基質(zhì)蛋白為主,此外還有內(nèi)膜蛋白、外膜蛋白、膜間隙蛋白。后三類蛋白質(zhì)均含相應(yīng)的靶向序列,由相關(guān)運(yùn)輸系統(tǒng)通過各自的運(yùn)輸機(jī)制完成運(yùn)輸。


四、進(jìn)入細(xì)胞核


真核生物每分鐘都有上百萬(wàn)個(gè)大分子進(jìn)出細(xì)胞核。細(xì)胞核細(xì)胞質(zhì)之間的物質(zhì)運(yùn)輸涉及大分子穿孔

RNA細(xì)胞核細(xì)胞質(zhì)。

新生核糖體蛋白細(xì)胞質(zhì)細(xì)胞核

③在細(xì)胞核內(nèi)組裝的核糖體亞基細(xì)胞核細(xì)胞質(zhì)。

此外,在細(xì)胞質(zhì)中合成并向細(xì)胞核轉(zhuǎn)運(yùn)的還有其他細(xì)胞核蛋白,如DNA聚合酶、RNA聚合酶組蛋白非組蛋白(特別是轉(zhuǎn)錄因子)等。


真核生物細(xì)胞分裂時(shí)發(fā)生核膜破裂重建(remodeling),細(xì)胞核蛋白也發(fā)生彌散再聚,因此細(xì)胞核蛋白的信號(hào)肽——核定位信號(hào)(又稱核定位序列,NLS)并不切除。NLS可以位于一級(jí)結(jié)構(gòu)的不同位點(diǎn),差異很大,多數(shù)含4~8AA,富含(連續(xù)的)堿性氨基酸(表4-13)。


表4-13 細(xì)胞核蛋白核定位信號(hào)核輸出信號(hào)

表注在上


有些蛋白質(zhì)會(huì)因代謝條件變化而在細(xì)胞核細(xì)胞質(zhì)之間穿梭,這種蛋白質(zhì)還需要核輸出信號(hào)(NES),例如人糖皮質(zhì)激素受體、E3泛素連接酶Mdm2(表4-13)。


1.參與細(xì)胞核蛋白運(yùn)輸?shù)牡鞍滓蜃?/strong> 種類繁多,其中包括:

輸入蛋白(importin):又稱輸入因子、核轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,一類αβ二聚體,是細(xì)胞核蛋白可溶性受體,其α亞基可識(shí)別細(xì)胞核蛋白核定位信號(hào)。

Ran:一種小分子GTPase(215AA,信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的分子基礎(chǔ))。

2.細(xì)胞核蛋白運(yùn)輸機(jī)制 

①在細(xì)胞質(zhì)中,輸入蛋白與細(xì)胞核蛋白核定位信號(hào)結(jié)合,形成細(xì)胞核蛋白-輸入蛋白復(fù)合物。

細(xì)胞核蛋白-輸入蛋白復(fù)合物通過核孔復(fù)合體(nuclear pore complex,NPC)進(jìn)入細(xì)胞核

Ran·GTP促使輸入蛋白細(xì)胞核蛋白分離。

Ran·GTP-輸入蛋白通過核孔復(fù)合體回到細(xì)胞質(zhì)。

⑤位于核孔復(fù)合體?胞質(zhì)面GTP酶激活蛋白(GAP,信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的分子基礎(chǔ))激活Ran·GTP,使其水解GTP,成為Ran·GDP,從而與輸入蛋白分離,輸入蛋白繼續(xù)運(yùn)輸細(xì)胞核蛋白。

Ran·GDP返回細(xì)胞核內(nèi),由鳥苷酸交換因子(GEF,信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的分子基礎(chǔ))協(xié)助釋放GDP,結(jié)合GTP(圖4-22)。



圖4-22 細(xì)胞核蛋白運(yùn)輸


*唐炳華,鄭曉珂.分子生物學(xué)(第3版)[M].北京:中國(guó)中醫(yī)藥出版社,2016.?

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