小果教你快速優(yōu)雅使用Genecards數(shù)據(jù)庫
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各位小伙伴大家好，小果和大家又見面了，前面呢小果有分享果關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)下載、轉(zhuǎn)錄因子的一些數(shù)據(jù)庫，但是都是僅僅提到了一些，今天呢小果來和大家聊一聊Genecard數(shù)據(jù)庫。小果下面的內(nèi)容從以下方面展開：
一是Genecard數(shù)據(jù)庫簡介
二是簡單使用Genecard數(shù)據(jù)庫。
一、Genecards數(shù)據(jù)庫簡介
GeneCards是一個可搜索的集成人類基因組數(shù)據(jù)庫，提供有關(guān)所有注釋和預(yù)測的人類基因的全面、用戶友好的信息。該知識庫會自動集成來自約150個網(wǎng)絡(luò)來源的以基因為中心的數(shù)據(jù)，包括基因組、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、遺傳、臨床和功能信息。該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)站是：https://www.genecards.org。首頁是這樣的：
二、簡單使用Genecard數(shù)據(jù)庫。
1.在這里小果以tp35基因進行數(shù)據(jù)集的查詢，首先我們進入到Genecard數(shù)據(jù)庫的首頁，在Search?GeneCards中輸入tp53基因名，也就是小果在下圖中紅色標出tp53基因的地方，然后點擊放大鏡進行搜索，達到數(shù)據(jù)查詢的目的。
2.點擊查詢后的結(jié)果如下圖，genecard數(shù)據(jù)庫的查詢的結(jié)果所有的都顯示到了一個頁面上，總體來說對用戶比較友好，小伙伴可以在Jump?to?section與Research?Product上找到自己所查詢基因?qū)?yīng)的結(jié)果條目，Jump?to?section有18個小條目，Research?Product有13個。
3.比如說小伙伴們需要查詢該基因的基因別名，那么小伙伴可以點擊Jump?to?section下的Aliases就會直接跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的界面，通過下面的圖片可以看出tp53基因的別名有P53，LSF1等，此外還會列舉出其他數(shù)據(jù)中的id信息。
4.小果這里呢主要是查看下該基因的信號通路有哪些，這時只需要點擊下Jump?to?section中的Pathways就會自動跳轉(zhuǎn)到通路頁面，此時只需要要找到小果想要查詢信號通路就好了，結(jié)果如下，可以看到結(jié)果顯示有六個信號通路，點擊感興趣的條目就可以查看詳細信息了。
到這里呢，小果的分享就到此結(jié)束了，小伙伴有什么問題可以私信小果，小果定會及時回復(fù)的，期待與小伙伴再會哦。
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