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gromacs教程-15-wsl2.0安裝

2023-08-22 14:17 作者:邱新龍分子模擬小破屋  | 我要投稿

1.0版本好像不可以加速

2.0版本好像可以GPU加速

我都沒試過,聽說而已

自己可以去試試


wsl安裝

一、安裝WSL2.0

WSL2.0相比WSL1.0具備完整的Linux內(nèi)核、托管VM和完全的系統(tǒng)調(diào)用兼容性,所以我們這里使用WSL2.0

1.啟用適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng):打開powershell并輸入:

dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart

文章來源:https://zhuanlan.zhihu.com/p/386590591


2. 檢查WSL2的要求:win+R打開運(yùn)行,然后輸入winver檢查windows版本

4. 啟用虛擬化:以管理員打開powershell輸入下列命令

dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart

5. 下載X64的WSL2 Linux內(nèi)核升級包并安裝

6. 設(shè)置WSL默認(rèn)版本

wsl --set-default-version 2


二、安裝Ubuntu20.04LTS

  1. 打開Microsoft Store



2. 一般Windows都會將ubuntu加入到我的軟件庫中,如果沒有可以自行搜索ubuntu然后安裝,搜索到商店的有可能安裝不了


3. 找到Ubuntu 20.04LTS點(diǎn)擊安裝即可,這里我已經(jīng)安裝好了直接點(diǎn)擊啟動就行

4. 打開后設(shè)置初始的用戶名和密碼即可,如果出現(xiàn)參考的對象類型不支持嘗試的操作,請重置下網(wǎng)絡(luò)net winsock reset

5. 設(shè)置root密碼

sudo passwd


三、配置ssh

修改配置文件/etc/ssh/sshd_config,開啟下列選項(xiàng)

PermitRootLogin yes #允許root認(rèn)證登錄

PasswordAuthentication yes #允許密碼認(rèn)證

RSAAuthentication yes #秘鑰認(rèn)證

PubkeyAuthentication yes

2. 由于自帶的openssh-server沒有生成密鑰所以需要生成密鑰文件,否則會出現(xiàn)sshd: no hostkeys available -- exiting.


ssh-keygen -t dsa -f /etc/ssh/ssh_host_dsa_key

ssh-keygen -t rsa -f /etc/ssh/ssh_host_rsa_key

3. 啟動ssh


service ssh start

4. 開機(jī)啟動ssh:win+R打開運(yùn)行,輸入shell::startup進(jìn)入開機(jī)啟動項(xiàng),創(chuàng)建wsl_ssh_start.bat,其內(nèi)容為


C:\Users\用戶名\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps\ubuntu2004.exe run "sudo service ssh restart"

5. 設(shè)置默認(rèn)root登錄:以管理員打開powshell,輸入以下命令,

注意:用戶名需要替換掉,版本頁需要替換掉,如果wsl的路徑不在這里可以去C:\Program Files\WindowsApps\XXX.UbuntuXXX\ubuntu版本.exe


C:\Users\用戶名\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps\ubuntu版本.exe config --default-user root


四、設(shè)置分發(fā)版本

檢查分配給已安裝Linux的WSL版本wsl -l -v


wsl --list --verbose

設(shè)置分發(fā)版本為某個wsl版本


wsl --set-version <distribution name> <versionNumber>



五、常見問題解決

5.1 安裝失敗并出現(xiàn)錯誤 0x80070003

適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng)只能在系統(tǒng)驅(qū)動器(通常是 C: 驅(qū)動器)中運(yùn)行。 請確保分發(fā)版存儲在系統(tǒng)驅(qū)動器上:打開“設(shè)置”->“系統(tǒng)”-->“存儲”-> “更多存儲設(shè)置”: 更改新內(nèi)容的保存位置”


5.2 WslRegisterDistribution 失敗并出現(xiàn)錯誤 0x8007019e

未啟用“適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng)”可選組件:


打開“控制面板” -> “程序和功能” -> “打開或關(guān)閉 Windows 功能”-> 選中“適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng)”,或使用本文開頭所述的 PowerShell cmdlet。


5.3 安裝失敗,出現(xiàn)錯誤 0x80070003 或錯誤 0x80370102

請確保在計(jì)算機(jī)的 BIOS 內(nèi)已啟用虛擬化。 有關(guān)如何執(zhí)行此操作的說明因計(jì)算機(jī)而異,并且很可能在 CPU 相關(guān)選項(xiàng)下。WSL2 要求 CPU 支持二級地址轉(zhuǎn)換 (SLAT) 功能,后者已在 Intel Nehalem 處理器(Intel Core 第一代)和 AMD Opteron 中引入。 即使成功安裝了虛擬機(jī)平臺,舊版 CPU(例如 Intel Core 2 Duo)也無法運(yùn)行 WSL2。


5.4 嘗試升級時出錯:Invalid command line option: wsl --set-version Ubuntu 2

請確保已啟用適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng),并且你使用的是 Windows 內(nèi)部版本 18362 或更高版本。 若要啟用 WSL,請?jiān)?PowerShell 提示符下以具有管理員權(quán)限的身份運(yùn)行此命令:Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux。

5.5 由于虛擬磁盤系統(tǒng)的某個限制,無法完成所請求的操作。虛擬硬盤文件必須是解壓縮的且未加密的,并且不能是稀疏的

取消選中“壓縮內(nèi)容”(如果已選中“加密內(nèi)容”,請一并取消選中),方法是打開 Linux 發(fā)行版的配置文件文件夾。 它應(yīng)位于 Windows 文件系統(tǒng)上的一個文件夾中,類似于:USERPROFILE%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited...

在此 Linux 發(fā)行版配置文件中,應(yīng)存在一個 LocalState 文件夾。 右鍵單擊此文件夾可顯示選項(xiàng)的菜單。 選擇“屬性”>“高級”,然后確保未選擇(未勾選)“壓縮內(nèi)容以節(jié)省磁盤空間”和“加密內(nèi)容以保護(hù)數(shù)據(jù)”復(fù)選框。 如果系統(tǒng)詢問是要將此應(yīng)用到當(dāng)前文件夾還是應(yīng)用到所有子文件夾和文件,請選擇“僅此文件夾”,因?yàn)槟阒皇且宄龎嚎s標(biāo)志。 完成此操作后,wsl --set-version 命令應(yīng)正常工作。

5.6 無法將詞語“wsl”識別為 cmdlet、函數(shù)、腳本文件或可運(yùn)行程序的名稱

請確保已安裝“適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng)”可選組件。 此外,如果你使用的是 ARM64 設(shè)備,并從 PowerShell 運(yùn)行此命令,則會收到此錯誤。 請改為從 PowerShell Core 或從命令提示符運(yùn)行 wsl.exe。


5.7 錯誤:此更新僅適用于裝有適用于 Linux 的 Windows 子系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)

若要安裝 Linux 內(nèi)核更新 MSI 包,需要 WSL,應(yīng)先啟用它。 如果失敗,將看到以下消息:This update only applies to machines with the Windows Subsystem for Linux。

出現(xiàn)此消息有三個可能的原因:

你仍使用舊版 Windows,不支持 WSL 2。 有關(guān)版本要求和要更新的鏈接,請參閱步驟 #2。

未啟用 WSL。 需要返回到步驟 #1,并確保在計(jì)算機(jī)上啟用了可選的 WSL 功能。

啟用 WSL 后,需要重新啟動才能使其生效,請重新啟動計(jì)算機(jī),然后重試。

5.8 錯誤:WSL 2 要求對其內(nèi)核組件進(jìn)行更新

如果 %SystemRoot%\system32\lxss\tools 文件夾中缺少 Linux 內(nèi)核包,會遇到此錯誤。 若要解決此問題,請?jiān)诎惭b說明的步驟 #4 中安裝 Linux 內(nèi)核更新 MSI 包。 可能會需要從添加或刪除程序卸載 MSI,然后重新安裝。


六、忘記WSL密碼

如果忘記了 Linux 分發(fā)版的密碼:


請打開 PowerShell,并使用以下命令進(jìn)入默認(rèn) WSL 分發(fā)版的根目錄:wsl -u root

如果需要在非默認(rèn)分發(fā)版中更新忘記的密碼,請使用命令:wsl -d Debian -u root,并將 Debian 替換為目標(biāo)分發(fā)版的名稱。

在 PowerShell 內(nèi)的根級別打開 WSL 發(fā)行版后,可使用此命令更新密碼:passwd <WSLUsername>,其中 <WSLUsername> 是 DISTRO 中帳戶的用戶名,而你忘記了它的密碼。

系統(tǒng)將提示你輸入新的 UNIX 密碼,然后確認(rèn)該密碼。 在被告知密碼已成功更新后,請使用以下命令在 PowerShell 內(nèi)關(guān)閉 WSL:exit


wsl安裝gromacs

一.安裝gcc、g++、cmake


sudo apt-get update

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

sudo apt-get install cmake

sudo apt-get update


二.安裝cuda(需要nVidia顯卡)


查看顯卡驅(qū)動版本最高支持的cuda版本

在終端中輸入

nvidia-smi


在官網(wǎng)下載CUDA Toolkit,選擇不高于顯卡驅(qū)動支持的最高版本的CUDA Toolkit。

選擇Linux -> x86_64 -> WSL-Ubuntu -> 2.0 -> deb(local)。

原文鏈接:https://blog.csdn.net/linjw1923/article/details/130936725

復(fù)制下面的代碼,將其粘貼到終端中,回車執(zhí)行。


wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin

sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.8.0/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local_11.8.0-1_amd64.deb

sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local_11.8.0-1_amd64.deb

sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/

sudo apt-get update

sudo apt-get -y install cuda

配置環(huán)境變量


echo 'export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc


查看cuda版本

nvcc -V


?tar xfz gromacs-2023.1.tar.gz

? ?cd gromacs-2023.1

? ?mkdir build

? ?cd build

? ?cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.8

? ?make -j4

? ?make check

? ?sudo make install

? ?source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC? ?當(dāng)然也可以手動改~/.bashrc,在exprot最后一行修改


gmx -h 進(jìn)行測試,看是否有這個命令


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