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Party Again!轉(zhuǎn)錄組+LC代謝組=899/組!

2023-05-06 09:21 作者:凌恩生物  | 我要投稿

轉(zhuǎn)錄組+代謝組,是基于代謝組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),開展表達(dá)基因(mRNA)與代謝物的相關(guān)性分析??蓪?shí)現(xiàn)差異代謝物與時(shí)序表達(dá)的差異基因的共表達(dá)分析,構(gòu)建核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)機(jī)制,找出其中的關(guān)鍵候選基因,揭示表型現(xiàn)象的內(nèi)在調(diào)控分子機(jī)制,闡述生物學(xué)現(xiàn)象。

作為與表型連接最為緊密的代謝組,代謝物能反映生物體的真實(shí)生理狀態(tài),代謝物的變化直接導(dǎo)致表型的變化。有了代謝組學(xué)的“加持”,通過轉(zhuǎn)錄組+代謝組的多組學(xué)研究策略,可為我們挖掘重要代謝相關(guān)功能基因提供一個(gè)有效、快捷手段,為基因組研究提供新思路新方案以及豐富研究結(jié)果。兩組學(xué)可互相驗(yàn)證,彼此補(bǔ)充。?

下面我們來看一篇凌恩生物客戶高分paper的案例~

譯名:暴露在SER環(huán)境對黃顙魚的行為模式和生長狀態(tài)的影響

時(shí)間:2021-5

期刊:Journal of Hazardous materials

影響因子:14.224

DOI:10.1016/j.jhazmat.2020.124974

人類藥物已經(jīng)成為全球性的水生污染物,由于藥物設(shè)計(jì)具有特定的作用機(jī)制,接觸這些化學(xué)品會對水生生物產(chǎn)生不利影響,舍曲林(SER)屬于選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑(SSRI)類抗抑郁藥,是治療臨床抑郁癥和選擇性強(qiáng)迫癥最常用的抗抑郁藥之一,也是水生環(huán)境中最常檢測到的藥物之一,但其對魚類行為和生長的影響仍知之甚少。本研究對黃顙魚暴露與SER環(huán)境中后,通過對黃顙魚腦、肝組織的轉(zhuǎn)錄組分析,以及對肌肉組織的SER靶向代謝分析,深入探究SER對黃顙魚的行為模式和生長狀態(tài)的影響。

總結(jié)

1、在暴露后,隨環(huán)境中SER濃度增加可觀察到異常淺游現(xiàn)象增加,食物消耗和生長減少,自相殘殺增加以及尾長減少,高濃度下死亡率有增加。

2、乙酰膽堿酯酶?(AChE)?活性和轉(zhuǎn)錄物測定表明,暴露于?10?和?100 μg/L SER?的魚的?AChE?活性增加。暴露于?SER?后,大腦中神經(jīng)肽?Y、生長抑素、生長激素和胰島素生長因子?1?的轉(zhuǎn)錄水平降低。

3、腦組織和肝臟的?RNA-seq?顯示,與進(jìn)食和生長相關(guān)的基因(即大腦中的瘦素表達(dá)網(wǎng)絡(luò)和肝臟中的胰島素信號通路)發(fā)生了改變,可能與食物攝入減少和生長有關(guān)。大腦還積累了?SER,這可能與神經(jīng)行為反應(yīng)有關(guān)。

4、在肝臟中檢測到?SER?的主要代謝物去甲舍曲林,這表明?SER在魚的肝臟中被代謝。

文章解讀鏈接:https://mp.weixin.qq.com/s/n6cp7_oQqQAHXN_Gpkc64g

看完文章有沒有思如泉涌想做的分析一套一套的?快來把意向告訴我們吧,資深團(tuán)隊(duì)助你發(fā)高分paper!


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