生信緊跟社會(huì)熱點(diǎn)— —新冠+纖維肌痛，4分+雙疾病分析思路新鮮出爐，分析超簡(jiǎn)單，一起
要說，近期社會(huì)輿論熱潮最中心的話題是什么？那必須是新冠后遺癥和新冠康復(fù)
想必多數(shù)人都體驗(yàn)過了陽了以后的身體各種酸痛，只能躺在床上，靠意志硬抗（ps：小云也深刻領(lǐng)教了渾身酸痛的厲害，這個(gè)新冠后遺癥持續(xù)了2個(gè)月，相當(dāng)難熬?。?/strong>，那小伙伴們有沒有在體驗(yàn)酸痛的時(shí)候想到這個(gè)后遺癥可以聯(lián)合新冠做生信分析呢？
其實(shí)小云想到過類似的，就是新冠與病毒性心肌炎聯(lián)合分析，這次又看到新發(fā)表的新冠與纖維肌痛的雙疾病分析，是時(shí)候趕緊把這個(gè)分析方向給朋友們推薦一下了（ps：畢竟新冠最明顯的兩個(gè)后遺癥已經(jīng)做了雙疾病分析，其他后遺癥也得抓緊了，慢一步這個(gè)方向就可能被別人搶先發(fā)表了?。?/strong>
下面就來一起看看這個(gè)4分+的雙疾病分析純生信文章，雖然分?jǐn)?shù)不是很高，但勝在思路簡(jiǎn)單好實(shí)現(xiàn)，很適合生信小白或不要求高分的小伙伴哦~?~
對(duì)新冠方向生信分析或者其他方向有意向的小伙伴，歡迎留言或私信小云哦，總有一款創(chuàng)新性思路適合你
l?題目：血液轉(zhuǎn)錄組和機(jī)器學(xué)習(xí)識(shí)別新冠肺炎和纖維肌痛之間的串?dāng)_:一項(xiàng)初步研究
l?雜志：Clinical and Experimental Rheumatology.
l?影響因子：IF=4.862
l?發(fā)表時(shí)間：2023年2月
研究背景
由新型冠狀病毒引起的新冠肺炎疫情已嚴(yán)重威脅人類健康。越來越多的證據(jù)表明，新冠肺炎患者康復(fù)后會(huì)持續(xù)出現(xiàn)纖維肌痛(FM)癥狀。然而，新冠肺炎和FM之間的共同分子機(jī)制仍不清楚。
數(shù)據(jù)來源
研究流程
主要結(jié)果
1. COVID-19和FM之間共享基因的識(shí)別和功能富集分析
在FM數(shù)據(jù)集中總共鑒定了2505個(gè)差異表達(dá)基因（圖1A）。在COVID-19數(shù)據(jù)集中通過WGCNA分析確定了243個(gè)基因與新冠肺炎的病理過程密切相關(guān)（圖1E）。隨后，在新冠肺炎和FM之間篩選出50個(gè)共同基因（圖1B），對(duì)這些共同基因進(jìn)行功能富集分析（圖1C，D）。
圖1?COVID-19和FM之間共享基因的識(shí)別和功能富集分析
2. 機(jī)器學(xué)習(xí)篩選關(guān)鍵基因
利用隨機(jī)森林算法和LASSO分析，篩選出3個(gè)診斷新冠肺炎相關(guān)FM的關(guān)鍵基因（圖2B, D，E）。分析關(guān)鍵基因與FM已有診斷模型FIQR的相關(guān)性（圖2?F）。利用ROC曲線評(píng)估3個(gè)關(guān)鍵基因整合的診斷模型對(duì)COVID-19相關(guān)的 FM的預(yù)測(cè)性能（圖3A）。最后開發(fā)了一個(gè)診斷列線圖來預(yù)測(cè)FM發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)，該圖顯示了良好的預(yù)測(cè)性能（圖3B-D）。
圖3?關(guān)鍵診斷基因的評(píng)價(jià)
3. 免疫浸潤(rùn)分析和藥物預(yù)測(cè)
利用ssGSEA分析FM和健康對(duì)照組之間的免疫浸潤(rùn)情況（圖4A），并分析關(guān)鍵基因與免疫細(xì)胞的Spearman相關(guān)性（圖4B）。最后利用藥物特征數(shù)據(jù)庫DSigDB工具篩選出與關(guān)鍵基因相互作用的藥物（表1）。
圖4 免疫浸潤(rùn)分析
表1?潛在藥物預(yù)測(cè)
文章小結(jié)
看完這篇文章有沒有覺得接近5分的生信分析特別簡(jiǎn)單呀？那是因?yàn)榉治龇较蜻x的好，新冠大熱門加上與后遺癥的雙疾病分析思路，最基本的分析內(nèi)容就能撐起4分+的文章，性價(jià)比相當(dāng)可以了。新冠后遺癥或者新冠長(zhǎng)期癥狀還有味覺嗅覺喪失、睡眠障礙、腦霧、肺纖維化等等，感興趣的小伙伴快去嘗試分析一下吧！
