扒一扒噬菌體展示技術(shù)的前世今生

噬菌體展示技術(shù)其原理在于將展示在其表面上的蛋白質(zhì)/抗體或者小肽的序列與編碼它們的核酸序列進(jìn)行關(guān)聯(lián),利用噬菌體的超強(qiáng)擴(kuò)增能力構(gòu)建小肽或者抗體文庫(kù),多樣性可以達(dá)到109以上;然后利用噬菌體展示技術(shù)通過(guò)多輪淘選得到針對(duì)特定對(duì)象的親和肽或者抗體。
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那么噬菌體展示技術(shù)是如何發(fā)現(xiàn)和發(fā)展的呢?這首先得從噬菌體開(kāi)始說(shuō)起。
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噬菌體是一類(lèi)病毒,顧名思義是吞噬細(xì)菌、真菌、超級(jí)細(xì)菌等微生物的病毒。自然界中,噬菌體無(wú)處不在,以其極端的多樣性持續(xù)顛覆生命領(lǐng)域的“游戲規(guī)則”,被生物科學(xué)家成為生命宇宙的“暗物質(zhì)”,也被開(kāi)發(fā)成為病原微生物防控的“核武器”。除此之外,噬菌體展示是其應(yīng)用的一個(gè)重要領(lǐng)域。
1985年,G. P. Smith教授將EcoR I基因片段插入絲狀噬菌體f1的BamH I位點(diǎn),轉(zhuǎn)化E. coli,通過(guò)與f1噬菌體的結(jié)構(gòu)蛋白融合,成功將EcoR I(“顏值”)展示于噬菌體的表面(1)。此后,隨著大量噬菌體展示文庫(kù)的構(gòu)建、遺傳操作體系的建立以及展示平臺(tái)與體系的拓展,噬菌體展示技術(shù)在不同領(lǐng)域,尤其是蛋白質(zhì)和抗體相關(guān)領(lǐng)域,發(fā)揮了重要作用。噬菌體展示技術(shù)有多種分類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)。根據(jù)噬菌體的不同,可以分為M13、T7、T4、λ等多種體系;根據(jù)載體的不同,可以分為噬菌體載體(True Phage)和噬菌粒載體(Phagemid);根據(jù)文庫(kù)的不同,可以分為隨機(jī)肽庫(kù)、cDNA文庫(kù)、抗體文庫(kù)、蛋白質(zhì)文庫(kù)等。
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M13噬菌體展示系統(tǒng)
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單鏈絲狀噬菌體(M13)屬于絲狀噬菌體,含有單鏈DNA基因組,其衣殼蛋白為管狀,通常由幾千個(gè)拷貝的主要衣殼蛋白(PⅧ)和位于尾端的次要衣殼蛋白(PⅢ)組成。由于該蛋白的分子量很小,只適合用來(lái)展示外源短肽。外源肽段的太大會(huì)影響病毒包裝,不能形成有功能的噬菌體。該系統(tǒng)比較適合用來(lái)篩選低親和力的配體。
T7噬菌體展示系統(tǒng)
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T7 噬菌體基因組為線(xiàn)性雙鏈DNA,其衣殼蛋白通常有兩種形式,即10A(344個(gè)氨基酸殘基)和10B(397個(gè)氨基酸殘基),10B衣殼蛋白區(qū)存在于噬菌體表面,所以被用來(lái)構(gòu)建噬菌體展示系統(tǒng)。與M13系統(tǒng)相比,T7噬菌體直接使宿主菌進(jìn)行裂解,不需經(jīng)過(guò)分泌過(guò)程,廣泛應(yīng)用于篩選不同分子量,不同親和力的蛋白質(zhì)。
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T4噬菌體展示系統(tǒng)
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T4噬菌體基因組DNA為雙鏈線(xiàn)形,呈環(huán)狀排列,噬菌體衣殼的有兩種非必需外殼蛋白SOC(small outer capsid protein,9 ku)和HOC(highly antigenic outer capsid protein,40 ku),因此它表達(dá)的蛋白不需要復(fù)雜的蛋白純化,可展示各種大小的多肽或蛋白質(zhì),很少受到限制。
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λ噬菌體展示系統(tǒng)
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λ噬菌體是長(zhǎng)尾噬菌體科的一種溫和噬菌體,有直徑55nm的二十面體頭部,末端有細(xì)長(zhǎng)尾絲?;蚪M為48.5 kb的線(xiàn)性雙鏈DNA分子,有黏性末端即單鏈延伸12個(gè)核苷酸,感染后線(xiàn)性基因組可立即環(huán)化。噬菌體的頭部由D蛋白和V蛋白構(gòu)成,可以構(gòu)建D蛋白和V蛋白的展示系統(tǒng)。λ噬菌體是在宿主細(xì)胞內(nèi)完成裝配的,無(wú)需將外源肽或蛋白分泌到細(xì)菌胞膜外,可展示有活性的大分子蛋白質(zhì)(100 kDa以上)及宿主細(xì)胞有毒性的蛋白質(zhì),適用范圍極廣。
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