【ROSALIND】【練Python，學(xué)生信】72 從譜圖推測多肽

2023-10-04 21:17 作者:未琢 0人讀過 | 我要投稿

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題目：

從譜圖推測多肽（Using the Spectrum Graph to Infer Peptides）

?

Given: A list L (of length at most 100) containing positive real numbers.

所給：不超過100個(gè)正實(shí)數(shù)的列表L。

Return: The longest protein string that matches the spectrum graph of L (if multiple solutions exist, you may output any one of them).

需得：根據(jù)L能得到的最長蛋白序列（如果有多個(gè)結(jié)果，只返回任意一個(gè)即可）。

?

測試數(shù)據(jù)

3524.8542

3623.5245

3710.9335

3841.974

3929.00603

3970.0326

4026.05879

4057.0646

4083.08025

測試輸出

WMSPG

?

生物學(xué)背景

? ? ? ?在58 從全譜推測多肽序列中，我們假設(shè)每種b離子和y離子都可以存在。但在實(shí)際情況中，并非每一種斷裂方式都會(huì)出現(xiàn)，且往往具有誤差。因此，很難從單一的質(zhì)譜結(jié)果中得到完整的多肽。我們需要從實(shí)驗(yàn)結(jié)果中推斷出盡量長的多肽序列。

?

思路

? ? ? ?很不幸，這題我沒有看懂，在網(wǎng)上搜索大神的代碼（ttps://github.com/fedeoliv/Rosalind-Problems/blob/master/sgra.py）并運(yùn)行后，我才大致弄明白解答思路。讓我們以題目所給數(shù)據(jù)為示例，來用畫圖的方法理解一下解題思路。

? ? ? ?首先，題目給了由9個(gè)實(shí)數(shù)組成的列表L，且從小到大排列，我們用下圖來表示：

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

? ? ? ?本題的最終目的就是從這9個(gè)數(shù)中得到最長的多肽，為了實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的，大神從后往前遍歷這個(gè)列表，方法是用一個(gè)數(shù)后面的每個(gè)數(shù)依次減這個(gè)數(shù)，假如差值對(duì)應(yīng)了一個(gè)氨基酸，且能使現(xiàn)有序列最長，就保留。不懂？我們來用圖看一下。

? ? ? ?從最后一個(gè)數(shù)開始，當(dāng)用第9個(gè)數(shù)減去第7個(gè)數(shù)時(shí)，我們第一次得到了一個(gè)對(duì)應(yīng)氨基酸的差值，我們可以在第7個(gè)數(shù)下面標(biāo)記“G”，記錄下此時(shí)的多肽序列。如下圖。

? ? ? ?繼續(xù)向前遍歷，當(dāng)用第8個(gè)數(shù)減去第6個(gè)數(shù)時(shí)，我們又得到了一個(gè)對(duì)應(yīng)氨基酸的差值，我們可以在第6個(gè)數(shù)下面標(biāo)記“S”。如下圖。

? ? ? ?繼續(xù)，當(dāng)被減數(shù)是第5個(gè)數(shù)時(shí)，出現(xiàn)了兩種情況。既可以用第7個(gè)數(shù)減去第5個(gè)數(shù)，也可以用第8個(gè)數(shù)減去第5個(gè)數(shù)。但我們只選擇前者，為什么？因?yàn)榍罢呖梢宰岆亩蔚拈L度變成2（“PG”）。如下圖。