Signaling?pathway?impact（SPI）分析本代碼考慮到差異基因數(shù)目和log-fold?change值的同時，也計算了基因對pathway的擾動效應。結(jié)合bootstrap方法計算基因對pathway擾動的顯著性。其優(yōu)點是整合了基因對pathway的多種影響因素而計算差異基因對pathway影響的全局顯著性。輸入的文件為：基因的表達矩陣（預處理后去重的基因表達矩陣文件exprs.txt），樣本的分組信息（樣本的臨床信息p.txt）。輸出的文件為volcano.pdf差異基因火山圖、SPI_Analysis_KEGG.txt差異基因對pathway擾動結(jié)果。

使用方法：

Rscript???SPI_Analysis.R???-exp=???--colselect=??-pdata=??-pvalue=??–logfc=

參數(shù)說明：

USAGE:

-exp=-colselect=-pdata=-pvalue=-logfc=

PARAMETERS:

-exp???the?expression?profile?data?,input?txt?format

-colselect?the?Sample?grouping?column?name

-pdata???the?Sample?grouping?information?data,input?txt?format

-pvalue?the?Differential?expression?gene?screening?threshold?with?FDR?adjusted?p-values

-logfc?the?Differential?expression?gene?screening?threshold?with?log?fold?change

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?SPI_Analysis.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進行設(shè)置。這里，必須輸入參數(shù)有3個，分別是-exp，表示處理好的表達譜數(shù)據(jù)；-p?表示樣本信息文件；-?colselect?表示樣本分組列名稱；可選參數(shù)為pvalue，表示差異基因篩選BH校正后p值閾值，默認值為0.05；logfc表示差異基因篩選差異倍增閾值，默認值為1。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示“Program?execution?is?completed”結(jié)束語。

結(jié)果展示：

DEG.csv（差異基因篩選結(jié)果）

logFC：log2轉(zhuǎn)換后的差異倍增值；P.Value：t檢驗后的p值；adj.P.Val：經(jīng)過校正的p值

volcano.pdf（火山圖）

藍色為下調(diào)差異基因，紅色為上調(diào)差異基因

SPI_Analysis_KEGG.txt（差異基因對pathway擾動結(jié)果）

Name：通路名稱；ID：通路id；pSize：該通路基因數(shù)目，NDE：該通路差異基因數(shù)目；pNDE：通路中隨機挑選的差異基因數(shù)目；tA：每個通路上所有擾動累積的總和；pPERT：抑制或激活的可能性；pG：在所研究的病癥中該通路受到顯著影響值；Status：激活還是抑制。

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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寫在文末：

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