大家好，歡迎觀看《時空日報》第42期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計6篇。以下是應用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、ERECTA信號通路對雌性生殖細胞發(fā)育的表觀遺傳調控

Epigenetic regulation of female germline development through ERECTA signaling pathway

New Phytologist; IF:9.400; DOI: 10.1111/nph.19217

內容概要：研究了擬南芥中兩個表觀遺傳因子SWI2/SNF2-RELATED 1（SWR1）和SET DOMAIN GROUP 2（SDG2）與ERECTA（ER）信號通路的遺傳相互作用，發(fā)現(xiàn)SWR1-SDG2-ER信號模塊通過限制卵原細胞命運，確保只有單個細胞經(jīng)歷減數(shù)分裂和隨后的巨孢子退化，從而調控雌性生殖細胞系的發(fā)育。

2、祖先基因差異與紅斑狼瘡活動的免疫表型相關

Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity

JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.169584

內容概要：該研究使用多組學方法，探究了黑人和白人系統(tǒng)性紅斑狼瘡（systemic lupus erythematosus，SLE）患者及健康對照者之間的免疫表型差異。結果發(fā)現(xiàn)，黑人患者的CD8+?T細胞、B細胞、單核細胞和樹突狀細胞的活性均較高，且TLR3/4/7/8/9相關基因表達水平升高。此外，黑人患者的免疫細胞對TLR7/8/9和IFN-α的磷酸化信號和細胞因子反應也更強烈。

3、關鍵患者人口統(tǒng)計學特征塑造非危重缺氧性COVID-19肺炎的先天免疫形態(tài)

Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia

JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.166110

內容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)高齡患者的中性粒細胞成熟度發(fā)生改變，男性患者的單核/樹突狀細胞（monocyte/dendritic cell，Mo/DC）的細胞因子反應增強。這些先天免疫細胞的變化可能會導致與這些風險因素相關的不同結果。這也強調了在COVID-19免疫治療研究中患者隊列多樣化的重要性。

4、AINTEGUMENTA與AINTEGUMENTA-LIKE 5和AINTEGUMENTA-LIKE 7的表達和蛋白活性差異對其不同功能的貢獻

Differences in both expression and protein activity contribute to the distinct functions of AINTEGUMENTA compared with AINTEGUMENTA-LIKE 5 and AINTEGUMENTA-LIKE 7

Plant Molecular Biology; IF:5.100; DOI: 10.1007/s11103-023-01374-0

內容概要：研究了擬南芥AINTEGUMENTA-LIKE/PLETHORA（AIL/PLT）轉錄因子家族的三個成員AIL5/PLT5、AIL6/PLT3和AIL7/PLT7與AINTEGUMENTA（ANT）在花的發(fā)育中的部分重疊作用。通過在ANT啟動子的控制下表達AIL5和AIL7，發(fā)現(xiàn)只有ANT:gAIL5系列能夠彌補ANT功能的喪失，而ANT:gAIL7系列只能部分地恢復ant突變體表型。研究表明，ANT與AIL5和AIL7之間的功能特異性差異不僅僅是由于表達差異，還包括蛋白活性的差異。

5、空間轉錄組學揭示先天性膈疝遠端肺部的分子機制

Molecular insights using spatial transcriptomics of the distal lung in Congenital Diaphragmatic Hernia

American Journal of Physiology. Lung Cellular and?Molecular Physiology; IF:4.900; DOI: 10.1152/ajplung.00154.2023

內容概要：使用空間轉錄組學技術對先天性膈疝（congenital diaphragmatic hernia，CDH）患者的肺部進行分析，發(fā)現(xiàn)CDH患者肺部細胞亞群的轉錄組特征與正常肺部有所不同，正常組肺部表現(xiàn)出更高的肺泡上皮相關基因和血管生成相關基因表達，而CDH患者肺部則表現(xiàn)出凝血級聯(lián)異常和TNF-α信號通路異常。此外，男性CDH患者的COL1A1（細胞外基質重塑，ECM remodeling）和CD163表達更高。

6、基因表達與帕金森病功能代謝結構的關聯(lián)

Association between gene expression and functional-metabolic architecture in Parkinson's disease

Human Brain Mapping; IF:4.800; DOI: 10.1002/hbm.26443

內容概要：通過使用偏最小二乘（partial least squares，PLS）回歸，將艾倫（Allen）腦科學研究所的轉錄組數(shù)據(jù)引入，發(fā)現(xiàn)帕金森病（Parkinson's disease，PD）組中視覺、體感運動、背側注意、前頂葉、默認模式和皮層下網(wǎng)絡的功能梯度變化顯著高于對照組。空間相關性分析顯示功能梯度和代謝模式持續(xù)受到影響。PLS分析和基因本體分析進一步揭示了代謝、分解、細胞對離子的反應以及DNA轉錄和RNA生物合成的基因富集。

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