在前面小編帶大家了解了轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子相互作用的研究策略，相信大家已經(jīng)對(duì)相關(guān)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和方法已經(jīng)有所認(rèn)識(shí)。在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的過(guò)程中，可行性依據(jù)是重點(diǎn)要考慮的因素之一，轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)則是驗(yàn)證前的重要依據(jù)。即當(dāng)確定好待驗(yàn)證的轉(zhuǎn)錄因子和靶基因啟動(dòng)子后，首先要獲取靶基因啟動(dòng)子，然后通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)去預(yù)測(cè)二者結(jié)合的可能性及作用位點(diǎn)。下面給大家分享下具體的預(yù)測(cè)操作過(guò)程。

1.?????? 獲取靶基因啟動(dòng)子

這里我們主要使用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)查找基因啟動(dòng)子序列，一般認(rèn)為啟動(dòng)子位于基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游2000bp的范圍，這里以人源的CD274為例，查詢操作如下：

在NCBI搜索CD274的基因信息。

點(diǎn)進(jìn)去后下拉到“genomic context”看到CD274在基因組中的方向?yàn)?strong>正向。這里需要注意基因轉(zhuǎn)錄方向是正向還是反向，這一點(diǎn)與啟動(dòng)子序列的查詢正確與否直接相關(guān)。

然后點(diǎn)擊進(jìn)入“FASTA”或“GenBank”，即可按照下面的方法計(jì)算查找啟動(dòng)子序列信息：

正向：from：起始位點(diǎn)（較小數(shù)值）-2000；to：起始位點(diǎn)（較小數(shù)值）-1；

反向：from：起始位點(diǎn)（較大數(shù)值）+1；to：起始位點(diǎn)（較大數(shù)值）+2000；

2.?????? 轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動(dòng)子結(jié)合預(yù)測(cè)

JASPAR是目前比較常用的轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子結(jié)合預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)，我們以轉(zhuǎn)錄因子STAT3為例，預(yù)測(cè)人源STAT3與CD274基因啟動(dòng)子的結(jié)合位點(diǎn)。操作如下：

在JASPAR首頁(yè)查詢STAT3，然后勾選相應(yīng)的物種（homo sapiens）。

? ?點(diǎn)擊右側(cè)的“Scan”，即會(huì)展開(kāi)一個(gè)框框，把前面查詢到的啟動(dòng)子序列的fasta格式復(fù)制進(jìn)去，再點(diǎn)擊右下角的“Scan”即可獲取預(yù)測(cè)結(jié)果。

不同的預(yù)測(cè)位點(diǎn)會(huì)有相應(yīng)的評(píng)分“Score”，評(píng)分越高，轉(zhuǎn)錄因子與預(yù)測(cè)位點(diǎn)結(jié)合可能性越大。結(jié)果中的“-”表示反向互補(bǔ)序列，需要先把反向互補(bǔ)的序列寫(xiě)出來(lái)，再與靶序列比對(duì)匹配。

以上便是轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的基本操作及數(shù)據(jù)庫(kù)，大家get到方法了嗎？關(guān)注漢恒生物，可為大家提供轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子結(jié)合驗(yàn)證服務(wù)，歡迎咨詢！