1.國家政策依據(jù)不同

國家高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》，國家知識產(chǎn)權(quán)戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織（wto）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規(guī)劃、引導(dǎo)企業(yè)的生產(chǎn)、科研、日常制度等規(guī)范化，符合國家相關(guān)戰(zhàn)略思路。

軟件企業(yè)認(rèn)定管理辦法是關(guān)于貫徹國務(wù)院鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策實施意見，進(jìn)一步推動本市軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，結(jié)合本市實際情況，制定的相關(guān)政策。

軟件產(chǎn)業(yè)是知識經(jīng)濟時代的主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)，對推動經(jīng)濟發(fā)展具有極其重要的戰(zhàn)略意義。運用市場機制，優(yōu)化資源配置，鼓勵自主創(chuàng)新，通過在政策、資金上予以特別支持，推動軟件產(chǎn)業(yè)的跨越式發(fā)展，保持軟件產(chǎn)業(yè)在全國的領(lǐng)先地位，并盡快達(dá)到或接近國際先進(jìn)水平。

2.審批部門不同

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務(wù)部門聯(lián)合評審。

軟件企業(yè)由軟件協(xié)會負(fù)責(zé)評審。

3.有效年限和年審規(guī)定不同

高新技術(shù)企業(yè)有限期為三年，三年復(fù)審，第六年重新認(rèn)定。擬認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)每年按照相關(guān)規(guī)定申報統(tǒng)計和科委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所在地辦理減免備案。

軟件企業(yè)實行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標(biāo)和資料，提供相關(guān)資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢。如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能再享受企業(yè)所得稅減免。

4.所享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定后，在地方稅務(wù)局備案后，企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%。企業(yè)需要每年在稅務(wù)局做高新技術(shù)企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。

軟件企業(yè)認(rèn)定，在稅務(wù)局備案后，自獲利年度起，年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。

企業(yè)先申請哪一項認(rèn)證呢？

建議企業(yè)先申請雙軟認(rèn)定。以軟件產(chǎn)品認(rèn)定為例，軟件產(chǎn)品經(jīng)登記生效后，自年6月24日起至年底以前，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產(chǎn)的軟件產(chǎn)品，17%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負(fù)超過3%的部分實行即征即退政策。所退稅款由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產(chǎn)品和擴大再生產(chǎn)，不作為企業(yè)所得稅應(yīng)稅收入，不予征收企業(yè)所得稅。軟件產(chǎn)品登記的有效期為五年，五年的稅收優(yōu)惠期滿后，再申請高新，這樣成本比較低。如果是為了增加企業(yè)資質(zhì)，用于招投標(biāo)，則可以同時申請。