各位小伙伴們好呀，小云來嘍！

小云最近在學習空間轉錄組的流程，那下面就給大家分享一下。

那我們了解到空間轉錄組是一種研究細胞或組織中基因表達的方法。與傳統(tǒng)的RNA測序技術相比，空間轉錄組具有更高的空間解析度，因此可以直接獲得組織中不同細胞和區(qū)域的基因表達信息。

目前常用的空間轉錄組技術包括Spatial Transcriptomics（ST）和Visium等商業(yè)化技術。其中，ST利用基因芯片將樣本位置信息保留在芯片上，然后通過二代測序技術對RNA進行測序，最終生成組織切片上完整的基因表達圖像。Visium則采用空間條碼技術對組織樣本進行分離和測序，從而得到高分辨率的空間基因表達圖像。

劃重點劃重點，空間轉錄組的流程包括樣本準備、芯片/切片制備、測序和數據分析等步驟，主要就要得到圖像數據和測序數據。

1.樣本準備

樣本準備是空間轉錄組研究的第一步，其目的是將細胞或組織樣本保持在原位，并使RNA保持完整性和可靠性。不同的樣本處理方法會影響最終結果的準確性和可靠性，因此需要根據實驗要求和具體操作情況進行選擇。

2.芯片/切片制備

制備芯片/切片是空間轉錄組技術的關鍵步驟之一。對于ST技術，需要將樣本切片后放置在特殊設計的基因芯片上，并在切片上加入對于DNA的探針；對于Visium技術，使用標準的固定和染色技術，包括蘇木精和伊紅(H&E)染色，使用明場顯微鏡觀察載玻片上的組織切片，需要在樣本組織中注入包含空間條形碼的水凝膠，并將其固定于載玻片上。這樣可以在隨后的測序過程中保留每個區(qū)域的位置信息。

3.測序

測序是空間轉錄組研究的核心步驟，目的是確定每個位置上的基因表達信息。目前，高通量測序技術已經成為空間轉錄組研究中主要的測序手段，可以使用Illumina等商業(yè)測序平臺進行測序。

4.數據處理和分析

在測序完成后，需要對數據進行處理和分析。這包括從原始序列數據中去除低質量的序列、對序列進行比對、表達矩陣的構建和重建組織切片圖像等步驟。數據處理和分析的結果可以幫助研究人員發(fā)現組織結構、細胞類型和相互作用，進一步理解生物分子機制。

對于數據分析，空間轉錄組也和scRNA-seq類似，主要包括數據預處理、降維和聚類、檢測空間變量特征等?，F使用seurat進行示范，代碼如下：

小伙伴們是不是對空間轉錄組有了更多的了解，也可以使用我們的小工具進行實踐：MIA(multimodal-intersection-analysis)算法整合單細胞及空間轉錄組（http://www.biocloudservice.com/801/801.php），大家用起來哦。

期待下次與您的相見哦！